Islamische Organisationen entstanden in Deutschland sowohl durch Aktivitäten von Missionaren, Konvertiten als auch durch die Immigration von sogenannten Arbeitsmigranten, Akademikern, Händlern und muslimischen Flüchtlingen, die an ihren jeweiligen Wohnorten Gebetsstätten einrichteten. Sie haben sich überwiegend in Moscheevereinen nach dem deutschen Vereinsrecht zusammengeschlossen, die sich zumeist an den religiösen Strömungen und Institutionen in ihren Herkunftsländern orientieren. Im Laufe der Zeit haben sich weitere Interessengruppen und Organisationen von Muslimen in Deutschland (z. B. Frauen, Jugend, Bildung) herausgebildet.
Organisationen nach dem Vereinsrecht In Deutschland sind islamische Lokalgemeinschaften bzw. Moscheen durch eine bemerkenswerte Vielfalt geprägt, die sich nicht nur auf die ethnische Herkunft ihrer Mitglieder, sondern auch auf unterschiedliche religiöse Traditionen und theologische Ausrichtungen sowie Organisationsweisen erstreckt. Die meisten Moscheen in Deutschland gehören ethnisch geprägten Dachverbänden an, wobei die Türkisch-Islamische Union der Anstalt für Religion e. V., bzw. DİTİB, mit etwa einem Drittel den größten Anteil der in solchen Verbänden organisierten Vereinen stellt, gefolgt von der Islamischen Gemeinschaft Millî Görüş e. V. (IGMG), der Ahmadiyya Muslim Jamaat K.d.ö.R. (AMJ) und dem Verband der Islamischen Kulturzentren e. V. (VIKZ). Hinzu kommt eine fortschreitende organisatorische Ausdifferenzierung, indem islamische Dachverbände Landesverbandsstrukturen aufgebaut haben. In einigen Bundesländern finden sich zudem dachverbandsübergreifende islamische Landesverbände, wie etwa die Schura Hamburg oder Schura Bremen.
Sunnitischer Islam Verbände türkischer Sunniten Die Türkisch-Islamische Union der Anstalt für Religion e. V. (DİTİB) ist der mitgliederstärkste islamische Verein in Deutschland. Sie wurde 1984 als Ableger der türkischen Religionsbehörde Diyanet in Deutschland gegründet, ihr Sitz ist in Köln-Ehrenfeld. Die genaue Zahl der Mitglieder ist nicht bekannt. Schätzungen gehen davon aus, dass weniger als 13 % aller Türkischen Muslime überhaupt einem Verband zugehörig isthttp://www.idea.de/gesellschaft/detail/nur-jeder-siebte-muslim-gehoert-einem-islamischen-verband-an-87976.html. Die Imame und Religionslehrer ihrer Moscheegemeinden werden aus der Türkei entsandt. Da der türkische Staat in den 1970er- und 1980er-Jahren finanziell in einer sehr angespannten Situation war, mussten diese Funktionär anfangs mit Geldern der Islamischen Weltliga bezahlt werden, was von kemalistischer Seite heftig kritisiert wurde. Die Fixierung auf die Türkei und die türkische Sprache erwies sich als Nachteil, als andere islamische Organisationen sich bewusst in deutscher Sprache an die Öffentlichkeit wandten und so stärker dialogorientiert erschienen.Unter ihrem Vorsitzenden Rıdvan Çakır (2003–2007) (Religionsattaché der türkischen Botschaft) war die Vereinigung bestrebt, sich stärker als Teil der deutschen Gesellschaft zu präsentieren. DİTİB war z. B. Initiatorin der Veranstaltung „Gemeinsam für Frieden und gegen Terror“. Über 20.000 muslimische Gläubige nahmen am 21. November 2004 an der Demonstration in Köln teil, auf der auch Claudia Roth, Günther Beckstein und Fritz Behrens sprachen. DITIB wurde aus dem sonstigen islamischen Spektrum sehr stark dafür kritisiert, dass sie bei dieser Demonstration nicht die Zusammenarbeit mit den anderen islamischen Organisationen gesucht hat.Mit dem Ziel, ein Zeichen der Distanzierung von Gewalt im Namen des Islam zu setzen, war es die erste größere Aktion dieser Art in der Bundesrepublik. DİTİB lehnte jahrelang – im Gegensatz zu allen anderen islamischen Organisationen – islamischen Religionsunterricht in deutscher Sprache ab. DITIB versucht sich in den letzten Jahren mehr und mehr als alleinige Vertretung der Muslime auszugeben und zu profilieren. Sie wird von den deutschen staatlichen Behörden und den Kirchen oftmals als privilegierter Gesprächspartner behandelt. Die Rolle der DITIB ist umstritten, da mit ihr ein ausländischer Staat, nämlich die Türkei, direkten Einfluss auf das islamische Leben in Deutschland nimmt. Islamische Gemeinschaft Millî Görüş: Der ehemalige deutsche Ableger der türkischen religiös-islamischen Partei unter Necmettin Erbakan (zunächst Milli Selâmet Partisi, später Refah Partisi, Fazilet Partisi, Saadet Partisi) wurde 1976 in Köln gegründet und trägt seit 1995 den Namen Milli Görüş.Sitz der europaweiten Organisation ist Kerpen. In Deutschland bestehen 16 regionale Sektionen, in Frankreich vier, in Österreich und den Niederlanden jeweils zwei, im Vereinigten Königreich, in Belgien, der Schweiz, Schweden, Dänemark und Norwegen jeweils eine. Mehrere Landesämter für Verfassungsschutz beobachten diese Vereinigung und berichten über verfassungsfeindliche Tendenzen, die vom Verfassungsschutz jedoch nicht näher spezifiziert werden. Auch die Verfassungsschutzämter betonen jedoch, dass es sich nicht um eine Organisation gewaltbereiter Islamisten handele. Die Organisationsstruktur ist schwer zu durchschauen, worin Kritiker eine bewusste Verschleierungsstrategie erkennen wollen. Vielfach tritt Milli Görüş heute in Form von „islamischen Föderationen“ auf Landesebene auf, die – wie auch Milli Görüş selbst – dem Islamrat für die Bundesrepublik Deutschland angehören. ATİB – Avrupa Türk-Islam Kültür Dernekleri Birliği / Union Türkisch-Islamischer Kulturvereine in Europa e. V. ist ein nationalistischer Dachverband von Kulturvereinen, welche sich 1987 zusammenschlossen, um von der türkischen Tagespolitik Abstand zu gewinnen und sich von den Interessen der in Türkei beheimateten Parteien/Organisationen/Bewegungen abzukoppeln. Der Gründer der Organisation, Musa Serdar Celebi, war vorher Vorsitzender der Föderation der Türkisch-Demokratischen Idealistenvereine in Europa. ATIB hat im Gegensatz zur Mehrheit der sonstigen Dachverbände keine Abhängigkeiten von Institutionen oder Personen in der Türkei. Historisch gesehen, sind die meisten angeschlossenen Vereine von der Türkischen Föderation abgespaltene Vereine, die sich mit der Entwicklung der Idealisten-Bewegung in der Türkei nicht mehr identifizieren konnten.Gründungsziel der ATIB war das Finden von Lösungen für die jahrzehntelang angehäuften Probleme der türkischen Migrantengesellschaft, welche bis dato nicht ernsthaft realisiert wurden. Diese sollten ins Bewusstsein der Gesellschaft gerückt werden und Lösungsansätze sollten erarbeitet werden.Der Sitz der ATIB-Zentrale ist Köln. Die Imame und Religionslehrer ihrer Moscheegemeinden werden hauptsächlich aus der Türkei geworben, jedoch ist man hierbei stark bemüht, Wege zu finden, um hier aufgewachsene Muslime in diesen Berufszweigen auszubilden.Als eine der ersten Organisationen von Migranten arbeitete die ATIB gegen die Fixierung der Gedanken auf die Türkei und positionierte sich dialogorientiert. Diese Haltung mündete in einige Projekte, welche auch die anderen islamischen Organisationen bewegen sollten, sich auf die hiesigen Probleme der Migranten zu konzentrieren. Die ATIB ist Mitbegründer und Mitglied im Zentralrat der Muslime in Deutschland (ZMD) und im Rat Türkeistämmiger Staatsbürger (RTS). Zum Thema „Islamischer Religionsunterricht“ hat ATIB neben dem Bekenntnis zum Unterricht in deutscher Sprache auch eine Publikation veröffentlicht. Auch zu Themen wie „Muttersprachlicher Unterricht“, dem „Recht auf Glaubensfreiheit und Berufsausübung für Lehrerinnen mit Kopftuch“ bezieht ATIB Position auf Seiten der freiheitlich-demokratischen Grundrechte.ATIB Mehrere Organisationen sind den Lehren von Said Nursî (Nur-Schüler) verpflichtet. Dazu gehören die Lichtstraße in Köln, das Risale-i Nur-Institut in Stuttgart und EuroNur in Ahlen. Vertreten sind sie im Dachverband ERNA.ERNA Die Islamische Gemeinschaft Jama' at-un Nur vertritt das Gedankengut Said Nursis, wie es von Fethullah Gülen (* 1938) weitervertreten wurde (vgl. Gülen-Bewegung). Die Nur-Schüler sind im interreligiösen Dialog sehr aktiv. Der Verband der Islamischen Kulturzentren (VIKZ) ist der islamische Verband, der auf den Lehren von Süleyman Hilmi Tunahan (1888–1959) beruht. Der Verband wurde 1973 gegründet und ist damit die älteste dauerhaft existierende türkisch-islamische Vereinigung in Deutschland. Im Mittelpunkt der Aktivitäten steht religiöse Meditation und dhikr (Rezitation des Namens Gottes), unmittelbar politisch aktiv ist die Bewegung nicht. Verband der Islamischen Vereine und Gemeinden e. V. (Islami Cemaat ve Cemiyetler Birligi/ICCB): Diese Organisation war eine radikale Abspaltung von Millî Görüş, die 1984 von Cemalettin Kaplan (bekannt als Khomeini von Köln oder Kalif von Köln) gegründet wurde. Sie propagierte den Umsturz der laizistischen Staatsordnung der Türkei, die Errichtung eines „Kalifatstaates“ sowie die Abschottung von der deutschen Mehrheitsgesellschaft. Nach dem Tod Kaplans 1995 spaltete sich die Bewegung, weil nicht alle Anhänger dessen Sohn Metin Kaplan als Nachfolger anerkannten. Die Anhängerschaft war gering, Schwerpunkte waren Köln, Bayrisch-Schwaben und Ostwürttemberg. 2002 wurde die Organisation wegen verfassungsfeindlicher Zielsetzung durch den Bundesminister des Innern verboten. Der Verband der Türkischen Kulturvereine in Europa ist die Europaorganisation der extrem nationalistischen Büyük Birlik Partis. Die türkische Bezeichnung lautet Avrupa Türk Birliği, (Abk. ATB). Die ATB entstand 2002 als Nachfolgerin der Avrupa Nizam-ı Alem Ocakları Federasyonu (ANOF). Der gegenwärtige Vorsitzende ist Recep Yıldırım.
Verbände arabischer Sunniten Das Bündnis Malikitische Gemeinde Deutschland (BMG) vertritt einen traditionell-sunnitischen Islam nordafrikanischer Prägung. Deutschlandweit gehören ihm ca. 120 Moscheegemeinden an. Das BMG wurde 2018 gegründet und arbeitet unabhängig von jedweder ausländischer Einflussnahme oder Finanzierung. Die Islamische Gemeinschaft in Deutschland wurde 1958 in München als Moscheebaukommission e. V. gegründet und zwei Jahre darauf in Islamische Gemeinschaft in Süddeutschland umbenannt. Ihren jetzigen Namen trägt die Organisation seit 1982. Die Islamische Gemeinschaft in Deutschland gehört zur fundamentalistischen Muslimbruderschaft. Die IGD bemüht sich seit Jahren aktiv um die Entwicklung einer deutschen islamischen Identität. Nach ihrem Selbstverständnis geht es um die Schaffung einer „Heimstätte“ für einen deutschsprachigen Islam. Lokale Verbände finden sich in den meisten deutschen Bundesländern. Eine Partnerorganisation der IGD, die Gründungsmitglied des Zentralrats der Muslime in Deutschland e. V. ist, ist die in Frankfurt am Main ansässige Muslim Studentenvereinigung in Deutschland e. V. (M.S.V.), deren Ableger an zahlreichen Universitäten aktiv sind. Hizb ut-Tahrir wurde 2002 wegen ihrer verfassungsfeindlichen Zielsetzung verboten. Der NPD-Vorsitzende Udo Voigt und Horst Mahler nahmen 2002 an einer Tagung der Gruppe teil, um ein Bündnis Islamismus-Rechtsextremismus zu schmieden.
Verbände europäischer Sunniten Vereinigung islamischer Gemeinden der Bosniaken in Deutschland – Islamska zajednica Bošnjaka u Njemačkoj: Gemeinden der in Deutschland lebenden Muslime aus Bosnien-Herzegowina schlossen sich 1994 in diesem Verband mit Sitz in Kamp-Lintfort zusammen. Er ist Mitglied im Zentralrat der Muslime in Deutschland. Bosnische Muslime leben vor allem in Nordrhein-Westfalen, Bayern und Baden-Württemberg. Die Union der Islamisch Albanischen Zentren in Deutschland hat ihren Sitz in Hamburg. Über Mitgliederzahl und Organisationsstruktur ist wenig bekannt. Die Organisation gehört dem Zentralrat der Muslime in Deutschland an.
Schiitischer Islam Zwölfer-Schiiten Islamisches Zentrum Hamburg: Bis zum Verbot 2024 einflussreichste zwölferschiitische Institution Europas. Es galt als Verbindungszentrum zur Islamischen Republik Iran. Islamischer Rat der Ahl-ul-Bayt GemeinschaftenIslamischer Rat der Ahl-ul-Bayt (IRAB)