Das Christentum spielt in Japan eine untergeordnete Rolle, denn die Vorstellung eines einzigen allmächtigen Gottes zeigt mit den traditionellen religiösen Vorstellungen des Shintō und des Buddhismus wenig Übereinstimmung. War während der Missionierung im Japan des 16. Jahrhunderts noch ein Drittel der japanischen Bevölkerung zum Katholizismus übergetreten, bekennt sich in der Gegenwart laut offiziellen Quellen nur noch ein Prozent der Japaner zum Christentum in seinen verschiedenen Ausprägungen. Eine Umfrage des Meinungsforschungsinstituts Gallup ergab jedoch, dass bis zu sechs Prozent der Japaner dem christlichen Glauben offen gegenüberstehen. Sieben der japanischen Premierminister waren bekennende Christen: Hara Takashi, Takahashi Korekiyo, Yoshida Shigeru, Katayama Tetsu, Hatoyama Ichirō, Ōhira Masayoshi und Tarō Asō.
Zwischen 1614 und 1873 war die Verbreitung des Christentums in Japan verboten sowie härtesten Verfolgungen und Repressionen ausgesetzt. Dennoch hielten sich einzelne christliche Gruppen im Untergrund, die als Kakure kirishitan (), „versteckte Christen“, oder auch Sempuku kirishitan (), „verborgene Christen“, bezeichnet werden. Nach der Öffnung des Landes in religiöser Hinsicht bekannten sich zahlreichere Christen zur römisch-katholischen Kirche, einige blieben im Untergrund und werden gelegentlich Hanare kirishitan (), „Separat-Christen“, genannt.
Die römisch-katholische Kirche zählt in Japan zurzeit etwa 450.000 Mitglieder. Die von dem russischen Missionar Nikolai von Japan im 19. Jahrhundert gegründete orthodox-christliche Kirche in Japan hat etwa 30.000 Mitglieder. Die evangelischen Kirchengemeinden in Japan haben etwa 600.000 Glaubensangehörige. Sie wurden im 19. und 20. Jahrhundert von Missionaren aus westlichen Ländern gegründet. Die ersten Gemeinden waren presbyterianisch und kongregationalistisch geprägt. Heute gehören die meisten japanischen Protestanten der Vereinigten Kirche Christi in Japan (etwa 155.000 Gläubige) an, einer Unionskirche. Die nächstgrößere Kirche ist die anglikanische Nippon Sei Ko Kai mit rund 32.000 Mitgliedern.
Christen in Japan betreiben einen im Vergleich zu ihrem Bevölkerungsanteil hohen Anteil an Schulen, Hochschulen (von landesweit rund 700 Hochschulen sind 75 christlich) und sonstigen Bildungseinrichtungen. Von den Schülern und Studenten wird kein Bekenntnis zum Christentum verlangt.Makoto Mizutani: Interkulturelle Perspektiven des Christentums in Japan. Im Anschluss an Schleiermachers ,Reden‘. In: Michael Pietsch und Dirk Schmid (Hrsg.). Geist und Buchstabe. Interpretations- und Transformationsprozesse innerhalb des Christentums. Festschrift für Günter Meckenstock zum 65. Geburtstag. De Gruyter, Berlin 2013, ISBN 978-3-11-031133-4 (Theologische Bibliothek Töpelmann. 164), S. 519–532, hier S. 520, 521, 526. In den 1930er Jahren bekannten sich einige hundert Japaner zu den Zeugen Jehovas. Ihre Religionsgemeinschaft war während des Zweiten Weltkrieges, als Japan und die USA Kriegsgegner waren, verboten. Seit Ende des Krieges erhöhte sich die Anzahl der bekennenden Gläubigen der Zeugen Jehovas auf etwa 213.000 Mitglieder (Stand: 2024).
Bezeichnung Die heutige japanische Bezeichnung für das Christentum bzw. den christlichen Glauben lautet Kirisuto-kyō (), wobei kirisuto die japanische Wiedergabe von „Christ“ bzw. „christo“ und kyō ein Suffix mit der Bedeutung „Lehre“ oder „Doktrin“ ist. Bis in die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts lautete der Terminus Yaso-kyō (), was „Jesus-Lehre“ bedeutete. Angehörige der Lehre Jesu Christi hatten in Anlehnung an das portugiesische Wort Cristão die Bezeichnung kirishitan ().
Die zur Schreibung des Wortes verwendeten chinesischen Schriftzeichen variierten nach Zeitalter der Niederschrift und Schreibstil des Verfassers des Textes, geben die Lautung kirishitan wieder und enthalten durch die jeweils verwendeten Schriftzeichen einen erweiterten Sinn. Dieser veränderte sich im Zeitalter der Verfolgungen der römisch-katholischen Kirche in Japan negativ und transportierte Hinweise, so enthält etwa die Schreibweise die Schriftzeichen für „schneiden“ () und „Tod“ () oder die Schreibweise die für „Teufel“/„Dämon“/Oni (, ki gelesen) und „Tod“. Die Schreibform wurde während der Regierungszeit des 5. Shōgun Tsunayoshi () aufgegeben, da das Schriftzeichen („Glück“) auch in dessen Namen vorkam. Nach seiner Regierungszeit entwickelte sich die Schreibform zu . Heute wird kirishitan i. d. R. bedeutungsneutral in Katakana geschrieben.
Ein heute sehr gebräuchliches Wort für „Christ“ (Person, die dem Christentum angehört) ist von .
Römisch-Katholische Kirche mini|Abbildung Franz Xaver (17. Jhd.); Wegbereiter der Mission in Japan
Die Zeit des christlichen Jahrhunderts Die Geschichte der römisch-katholischen Kirche und damit des Christentums in Japan begann im Jahre 1549, als der Jesuit Franz Xaver (Francisco de Xavier y Jassu) in Japan an Land ging. Die darauf folgende Zeit der Mission, die bis in die erste Hälfte des 17. Jahrhunderts dauerte, wird in der westlichen Historiographie in Anlehnung an das Buch The Christian Century in Japan (1951) von Charles Ralph Boxer als das „christliche Jahrhundert“ Japans bezeichnet, wenngleich diese Bezeichnung – so Wolfgang Schwentker – zu einer Überschätzung des Einflusses des Christentums führen könnte.Wolfgang Schwentker: Geschichte Japans. C.H. Beck, München 2022, ISBN 978-3-406-75159-2, S. 488. Diese Zeitepoche in der Religionsgeschichte Japans endete im Jahr 1639 nach der Niederschlagung des Shimabara-Aufstands mit der Ausweisung der Handelsherren der Portugiesen und der Missionare der römisch-katholischen Kirche.George Elison: Deus Destroyed. The image of Christianity in early in modern Japan. Harvard University Press, Cambridge, Mass. 1973.
Zu Beginn dieser Zeit lernte im Dezember 1547 der Mitbegründer des Jesuitenordens Xaver in Malakka den Japaner Anjirō kennen, von dem er genauere Nachrichten über das fernöstliche Inselreich erhielt. Bis zu jener Zeit war das Inselreich Japan in Europa nur aus Marco Polos Erzählungen als Goldland „Zipangu“ bekannt, das Christoph Kolumbus auf seiner Fahrt nach Indien und China über den Atlantischen Ozean unter spanischer Flagge anzusteuern gedachte. Da dessen Seereise mit der Entdeckung der dazwischenliegenden Landgebiete Amerikas eine staunenerregende historische Entwicklung genommen hatte, tat sich für den Jesuiten Xaver die Möglichkeit auf, dieses sagenhafte „Goldland“ zu erreichen. Im August 1549 landete er mit drei Ordensangehörigen und dem Japaner Anjirō in Kagoshima auf der südlichen Insel Kyushu. Der lokale Fürst Shimazu Takahisa gewährte ihm Unterstützung. Xavier war tief beeindruckt von Land und Leuten und warb in begeisterten Sendbriefen um personelle und finanzielle Unterstützung, um das Land dem Katholizismus zuzuführen. Während seiner Missionsreisen in Kyushu und im westlichen Honshu hatte er erste Erfolge bei der Gewinnung von Gläubigen. Im Jahr 1550 reiste er nach Kyōto, bat beim Tennō um Audienz, wurde aber abgewiesen. 1551 erreichte er Goa, einen der Missionsstützpunkte des Jesuitenordens in Indien. In den folgenden Jahren zogen Ordensangehörige nach Japan und bauten die von Xaver begonnene Mission aus. Unter diesen erwarben João Rodrigues, Luís Fróis und Luís de Almeida bleibende kirchengeschichtliche Verdienste.mini|Japanischer Votiv-Altar, Ende des 16. JahrhundertsDie römisch-katholische Mission in Japan war von handelspolitischen Bestrebungen der Herkunftsländer begleitet. Portugiesen und Spanier, die damals vorherrschenden Kolonialmächte, versuchten ihren Einfluss geltend zu machen und rangen um Handelsgewinne. Über diese Europäer gelangte unter anderem die technische Neuerung der Schusswaffe nach Japan, die den Verlauf der folgenden Jahrzehnte der Zeit der streitenden Reiche beeinflussen sollte, in welcher japanische Regionalherrscher (Daimyō) um die Vorherrschaft im Inselreich kämpften. Gute Beziehungen zu den katholischen Missionaren und den ihnen folgenden portugiesischen Kaufleuten brachten ökonomische Vorteile. Einige der Daimyō ließen sich taufen. In der historischen Überlieferung werden sie kirishitan daimyō () genannt. Mit der Duldung bzw. Förderung des Katholizismus wurde auch versucht, ein Gegengewicht zu den buddhistischen Klöstern zu etablieren, die mit eigenen Truppen politische, religiöse und wirtschaftliche Machtzentren waren und die Interessen der gewinnstrebenden Regionalherrscher beeinträchtigten.
Die schnelle Ausbreitung des Christentums vor allem in Kyūshū und im Südwesten von Honshū war nur in zweiter Linie das Werk von Europäern, auch deshalb, weil es nur sehr wenige Missionare gab: 1579 lebten lediglich 23 Jesuiten in ganz Japan, bei rund 100.000 – weit verstreut lebenden – Christen.Klaus Schatz: Die ersten 50 Jahre Jesuitenmission. In: Stimmen der Zeit, Bd. 220 (2002), S. 383–396, hier S. 394. Die Mission vollzog sich vielmehr als „Kapillarmission“ (Michael Sievernich): Japanische christliche Familien der ersten Generation gewannen andere Familien für ihren Glauben.
Im Laufe der blutigen Reichseinigung unter Toyotomi Hideyoshi wurde die Macht der buddhistischen Klöster gebrochen. In der Folge gewann die Beruhigung und Befriedung des Landes an Bedeutung. Dem standen der theologische Ausschließlichkeitsanspruch der christlichen Missionare und das dominierende und preisbestimmende Verhalten der portugiesischen Kaufleute bei dem Import von Rohseide und Seidenstoffen im Wege. Bei der Reichseinigung sollten die in den südwestlichen Landesteilen sitzenden Regionalherrscher vom Fernhandel ferngehalten werden. Dessen horrende Gewinne ermöglichten den Ankauf von Feuerwaffen und die Aufstellung von Truppen, um eigene Pläne durchzusetzen. mini|Hinrichtung von Christen in den heißen Quellen des Vulkans Unzen (Kyushu) im frühen 17. Jahrhundert. Der Stich entstand auf der Grundlage schriftlicher Berichte aus Japan (Arnoldus Montanus: Gedenkwaerdige Gesantschappen der Oost-Indische Maetschappy in't Vereenigde Nederland, aen de Kaisaren van Japan, 1669)
Im Jahre 1587 erließ Hideyoshi das „Pater-Ausweisungsedikt“ (, Pateren [= von port. padre] tsuihōrei), das erste einer Reihe von Edikten zur Unterdrückung der römisch-katholischen Kirche und der Eindämmung der Mission in Japan. Dies war kein Resultat einer langfristigen Strategie, sondern eine Ad-hoc-Reaktion auf Widerstand von Seiten der Missionare und der Handelsleute. Die Durchsetzungsmöglichkeiten des Edikts waren räumlich und zeitlich begrenzt. Nach und nach wurde die Verfolgung der römisch-katholischen Gläubigen in Japan verstärkt und systematisiert. Am 5. Februar 1596 wurden in Nagasaki 26 Christen, neun Missionare, darunter sechs Angehörige des Ordens der Franziskaner und drei des Jesuitenordens, sowie 17 japanische Laien (Franziskaner-Tertiaren) gekreuzigt. Unter den Hingerichteten war auch der Japaner Paul Miki. Diese Märtyrer von Nagasaki, die ersten römisch-katholischen Märtyrer Japans, wurden 1862 vom Vatikan in Rom unter Papst Pius IX. heiliggesprochen. Bei weiteren Verfolgungen wurden römisch-katholische Glaubensangehörige in kochend heiße Quellen ( jigoku, „Hölle“) der Vulkanregion Unzen geworfen. Eine auf Briefe aus Japan hin entstandene Illustration findet sich bei Montanus (1669). Der Herrscher Hideyoshi forderte von den ihm untergebenen Vasallen die Abkehr vom Christentum. Die meisten folgten seiner Forderung. Der Daimyō Takayama Ukon verweigerte dies, verlor seinen Rang und wurde außer Landes verbannt.
Das 1602 entstandene Tokugawa-Shōgunat in Edo behielt gegenüber dem Christentum die gleiche ablehnende Verhaltensweise bei. Damals missionierten Ordensangehörige der Franziskaner, Jesuiten und Dominikaner in Japan, schließlich wurden alle Ausländer, meist Europäer, im Rahmen der Abschließungspolitik (sakoku) des Landes verwiesen. Dominikaner in Kyushu wurden 1609 verhaftet, nach Nagasaki verbracht, einige öffentlich hingerichtet und die übrigen des Landes verwiesen.