San Tommaso war eine Kirche und ein Kloster auf der Insel Torcello, die vom Hochmittelalter bis weit in die Neuzeit eine bedeutende Rolle spielten, ebenso wie die dicht besiedelte Insel. Die Insel besteht, so lautet eine Erklärung, aus mehreren Teilinseln, wobei San Tommaso sich auf Borgognoni befand, daher ihr ebenfalls häufig erscheinender Namen San Tommaso dei Borgognoni. Nach einer anderen Erklärung geht der Name auf die Herkunft der dortigen Zisterzienser zurück. Immer wieder kam es zu heftigen Auseinandersetzungen um das Recht der Abtswahl, das sowohl die Mönche als auch der Papst, der venezianische Senat und die Familie Trevisan beanspruchten. Die Äbte von San Tommaso stellten mehrfach apostolische Legaten und erlangten dadurch erheblichen Einfluss und wirtschaftliche Mittel. Das Kloster ging schließlich, bedingt durch die immer schwieriger werdenden Lebensverhältnisse auf der Insel, zugrunde. Die letzten Mönche wurden im 17. Jahrhundert umgesiedelt.
Geschichte Das Kloster geht auf die Gemeindekirche San Tommafo Apostolo zurück. Einer ihrer Pfarrer, ein Rodolfo, wünschte, so berichtet Flaminio Corner, die Übertragung auf einen Orden, eine Idee, die der venezianische Patrizier Marco Trevisan, genannt il Grande, unterstützte. Dieser überließ seinen Erben im Rahmen des Ius patronatus das Recht, den Abt zu bestimmen. Auch verfügte er testamentarisch, dass nicht nur eine Inschrift an seine Gründerrolle erinnern sollte, sondern er wünschte auch, im Kloster beigesetzt zu werden.
Die ersten Bewohner waren um 1190 Regularkanoniker der Augustiner, doch gaben sie das Kloster aus unbekannten Gründen wenige Jahre später wieder auf. Um das Gebäude nicht völlig aufgeben zu müssen, rief man im Jahr 1200 Zisterzienser „dalla Borgogna“ herbei, also aus Burgund, woher das Haus seinen Namen San Tommaso dei Borgognoni erhielt. Ab 1205 durfte es sich Kloster nennen und beherbergte 25 Mönche unter Leitung des Abtes Lorenzo Priore. Zur Ausstattung kam 1209 durch Ottaviano Quirini, einen Podestà in der Romania, Landbesitz bei Konstantinopel. Kurz danach starb Abt Lorenzo. Dessen Nachfolger Bernardo erhielt, diesmal vom Dogen Pietro Ziani, gleichfalls Landbesitz bei der Hauptstadt des Lateinischen Kaiserreichs. Hinzu kamen weitere Zuwendungen, so dass eine größere Zahl von Mönchen dort leben konnte. Ziani unterstellte San Tommaso zudem ein reiches Kloster auf der Insel Kreta, die die Venezianer zu besiedeln begonnen hatten, im Jahr 1217. Im selben Jahr unterstellte Papst Honorius III. das Kloster seinem Schutz und übereignete ihm 1223 weitere Privilegien. Zianis Nachfolger im Amt des Dogen, Jacopo Tiepolo, übereignete dem Haus 1230 ein weiteres Kloster, diesmal in der Hauptstadt Candia (heute Iraklio). Im selben Jahr starb Abt Aimone I. von San Tommaso. Ihm folgte ein Pietro im Amt, der jedoch nach wenigen Monaten starb, worauf ihm Aimone II. folgte. Wie schon zu Zeiten seiner Vorgänger erlangte auch er für das Kloster Privilegien in Capodistria auf Istrien, aber auch um Treviso.
Im Zusammenhang mit den Kämpfen im Heiligen Land wurde Aimone II. für drei Jahre bis zu seinem Tod zum Legaten erhoben, der die Fürsten zum Kampf gegen die Muslime aufrufen sollte, wozu er nach Ungarn und nach Frankreich reiste, wie der Papst 1235 hervorhob. Ihm folgte sowohl im Amt des päpstlichen Legaten als auch des Klosters San Tommaso ein Conrado. Er reiste nach Konstantinopel zum dortigen Kaiser. 1240 trat er von seiner Abtswürde zurück und ihm folgte Lamberto für neun Jahre im Amt. Derweil erhielt das Kloster weitere Ländereien im Raum Padua und Treviso, aber auch Immobilien in Venedig.
Unter Papst Nikolaus III. wurde Abt Aimone III. zum Legaten erhoben, um erneut zum Kreuzzug anzutreiben. Flaminio Corner nennt eine Reihe weiterer Äbte, wie etwa Ugone, der nur neun Monate im Amt war, oder Bartolommeo († 1305), auf den Pietro IV. folgte. Letzterer wurde 1308 zum päpstlichen Legaten erhoben, wobei er nicht nur, wie üblich, an die Höfe reiste, sondern auch das Konzil von Vienne aufsuchte. Er trat 1327 als Abt zurück. An seiner Stelle wählten die Mönche einen Religiosen namens Niccolò. Ihn holte Papst Johannes XXII. zum Kampf gegen die Fraticelli, doch starb er nach seiner Rückkehr nach Torcello. Zum letzten Mal wählten die Mönche ihren Abt frei.
Der Papst ersetzte Ugone II. nach zwei Jahren durch Pietro de Pasqua, einen Zisterziensermönch. Diesem folgte ein anderer Zisterzienser namens Giacomo Furetto. Er wurde allerdings zum Kollektor der Zehnten im Bistum Candia ernannt. Er starb nach mehr als drei Jahrzehnten im Amt im Jahr 1376.
Danach kam es zu einer mehrjährigen Auseinandersetzung um die Frage der Wahl des Abtes. Die Mönche wählten den Karmeliter Giovanni Lombardo zu ihrem Abt, woraufhin der Senat Empfehlungsschreiben an den Papst und die Kardinäle schickte. Da jedoch die von Clemens VI. verhängte und von Gregor XI. verlängerte Vorbehaltsklausel noch immer Bestand hatte, wollte Urban VI., der neue Papst, die Abtei nach eigenem Ermessen übertragen. So kam San Tommaso als Kommende an Bischof Francesco von Faenza. Nachdem er erfahren hatte, dass es sich um ein Konventualkloster handelte, versetzte er den Bischof in das Erzbistum Benevent und behielt sich selbst die Wahl des Abtes vor. Doch die dortigen Mönche wählten erneut Giovanni Lombardo zu ihrem Abt, und der Senat stimmte dem 1383 zu. Da Urban jedoch der Ansicht war, dass es für die Regularen von Nutzen sei, einen Superior aus den Reihen ihres Ordens zu ernennen, bestimmte er Giovanni, den Abt von Acqualonga, der dem Zisterzienserorden angehörte, zum neuen Abt von San Tommaso auf Torcello. Dieser wurde vom Senat im Namen des Papstes wohlwollend aufgenommen und im Jahr 1384 in sein Kloster eingesetzt.
Nach dem Tod des Abtes im Jahr 1390 wählten die Mönche erneut entsprechend ihrer Consuetudo ihren Abt selbst. Diesmal war es Giacomo Girardi. Die Mönche widersetzten sich damit erneut unter Berufung auf ihre Privilegien und den alten Brauch. während sich die Streitigkeiten weiter verschärften, starb Abt Giacomo, woraufhin der Senat im Jahr 1399 beschloss, den neuen Abt zu wählen. So wurde Pietro Spirito, Kanoniker von San Marco, bestimmt, der später vom Papst in der Abtei bestätigt wurde.
Nun erhielten die Trevisan durch ein günstiges Urteil bei künftigen Wahlen eine dominierende Rolle. Dies zeigte sich, als Abt Pietro nach zwei Jahren starb. Auf ihn folgte Giacomo, Kanoniker und Prior von San Clemente in Isola. Er erhielt von Papst Bonifatius IX. die Bestätigung und wurde anschließend vom Dogen Michele Steno feierlich im Markusdom eingesetzt. Bonifatius setzte den Abt anschließend als Apostolischer Gesandter zum König von England. Giacomo starb kurz nach seiner Rückkehr.
Der Adlige Pietro Belleano aus dem Trevisanischen wurde im Jahr 1405 zum Abt von San Mattia di Murano gewählt und durch Innozenz VII. bestätigt. Der Papst empfahl ihn im selben Jahr in seinen Schreiben dem Zisterzienserabt von La Colomba im Bistum Piacenza. Der Ordensbruder nahm diese Ehre nur widerwillig an, doch bat er Kardinal Pietro Filargio, den Apostolischen Legaten in Venedig, dass dieser ihn davon freistelle, da die Einsamkeit bevorzugte. Nun bekräftigte die Familie Trevisan ihre Absicht eine Neuwahl durchzuführen, bei der Fra Batista aus Siena vom Predigerorden 1406 zum Abt von San Tommaso ernannt wurde; diese Ernennung wurde vom Senat anerkannt und so dem Papst vorgelegt. Bei dem Treffen äußerten die Zisterziensermönche den Wunsch, ihre alte Freiheit, ihren Abt selbst zu wählen, wiederzuerlangen. Sie versammelten sich und bestimmten Baronzio da Pisa, der einige Zeit zuvor mit Genehmigung des Kardinallegaten das Zisterziensergelübde in Torcello abgelegt hatte, und legten die Wahl zur Bestätigung Kardinal Filargio vor, dem päpstlichen Legaten. Dieser forderte alle Beteiligten dazu auf, vor ihm zu erscheinen, doch da niemand auftauchte, erklärte er Abt Baronzio für rechtmäßig gewählt und weihte ihn mit seinem Ring.
Doch da Papst Innozenz VII. erst kurz zuvor Wahl des Abtes von San Tommaso für sich reserviert hatte, erklärte sein Nachfolger Gregor XII. die Ernennung der Mönche und die anschließende Bestätigung durch den Legaten für nichtig, setzte jedoch den verbannten Baronzio, dessen Verdienste dem Papst bekannt waren, erneut zum Abt ein. Baronzio wurde daraufhin vom Kardinallegaten in den Kreis seiner hauseigenen Kapläne aufgenommen, dem er später, als dieser in Pisa unter dem Namen Alexander V. zum Papst proklamiert wurde, ebenso treu diente wie Johannes XXIII. Dieser gewährte ihm im Jahr 1414 aus Hochachtung gegenüber dem Kloster weitreichende Privilegien und gestattete ihm zudem die ewige Nutzung der Mitra und des päpstlichen Rings.
Baronzio starb 1428, und zu seinem Nachfolger bestimmten die Adligen von Treviso Girolamo aus ihrer Familie, einen gelehrten Mann. Er reformierte das Kloster im Sinne der Ordensregel, die wieder strenger angewandt wurde. Mehr als 44 Jahre amtierte Abt Girolamo im Kloster, Sein Nachfolger wurde Michiele Trevisan, Regularkanoniker von San Salvatore, der nach vierjähriger Amtszeit die Abtei für Girolamo Trevisan, den gleichnamigen Sohn, frei machte, der von seiner Familie gewählt worden war, um das Amt zu übernehmen. 1477 stellte Papst Sixtus IV. die Bedingung, dass der neue Abt innerhalb von sechs Monaten das Ordensgewand empfangen und die Regeln des Zisterzienserordens übernehmen müsse.
Das inzwischen stark verfallene und von vielen Mönchen verlassene Kloster überantwortete der Abt der Zisterzienserkongregation der Lombardei zu übergeben, die im Ruf der regelkonformen Observanz stand. Nachdem er einen beträchtlichen Teil der Einkünfte für den Unterhalt der Mönche bestimmt hatte, übergab er ihnen die Kireche sowie das Kloster. Die Vereinbarungen wurden im Jahr 1497 von Alexander VI. akzeptiert, und so gelang es den Zisterziensern, wieder in den Besitz eines Ortes zu gelangen, der für sie verloren gegangen war. 1507 erhielt Abt Girolamo von Julius II. das Bistum Cremona und erlangte zugleich die Erlaubnis, die Kommendatarabtei von Torcello fünf Jahre lang zu behalten, bis er mit deren Einkünften die noch nicht fertiggestellten Gebäude der Kirche und des Klosters wiederhergestellt hatte. Papst Leo X. bestätigte die Vorrechte des Abtes.
So kamen die Mönche unter die Leitung von Esaia Gallarate, Abt und erster Klosterprior, der daraufhin gemeinsam mit einem weiteren Kollegen beauftragt wurde, die Aufteilung der Einkünfte gemäß der Vereinbarung abzuschließen. Dies gelang bis 1518. In der Zwischenzeit hatte Kardinal Francesco Pisani von Papst Leo X. die Abtei erhalten, die er für eine freie päpstliche Besetzung hielt; diese wurde durch den Tod des Abtes Velcovo frei, der Ende des Jahres 1522 verstorben war. Da die Familie Trevisan Domenico, den Bruder des verstorbenen Bischofs, zum Abt gewählt hatte, beschloss der Senat, an den Papst zu schreiben, um die Bestätigung des gewählten Abtes zu erwirken. Daraufhin bat der Kardinal um die Entlassung und verzichtete auf jeden Anspruch, den er auf diese Abtei gehabt haben mochte. Hadrian VI. setzte dort Sebastiano Trevisan zum Kommendatarabt ein.