De Gambrinus liga 1998/99 was het zesde seizoen van het Tsjechisch nationaal voetbalkampioenschap. Het ging van start op 2 augustus 1998 en eindigde op 30 mei 1999.
Stand ClubWGWGVDVDTP1.AC Sparta Praag1301794622360Eerste groepsfase UEFA Champions League 1999/002.FK Teplice301677553055Derde voorronde UEFA Champions League 1999/003.SK Slavia Praag33015105513155Eerste ronde UEFA Cup 1999/004.SK Sigma Olomouc3012117423447Voorronde UEFA Cup 1999/005.FC Baník Ostrava30101553926456.FK Chmel Blšany230126124844427.FC Boby Brno3011811373341Tweede ronde Intertoto Cup 19998.SK Hradec Králové3011613334039Eerste ronde Intertoto Cup 19999.FC Slovan Liberec309111033343810.FK Viktoria Žižkov301151431473811.FC Petra Drnovice309101135443712.FK Jablonec 9730981337463513.FC Dukla Příbram30891328413314.SFC Opava30881440543215.FC Viktoria Pilsen308814264332Degradatie naar de Druhá liga16.FC Karviná2306519285523 1 AC Sparta Praag was in dit seizoen de titelverdediger. 2 FK Chmel Blšany en FC Karviná waren in dit seizoen nieuwkomers, zij speelden in het voorgaande seizoen niet op het hoogste niveau van het Tsjechische voetbal. 3 SK Slavia Praag was de winnaar van de Tsjechische beker van dit seizoen.
Topscorers thumb|200px|rechts|Horst Siegl 18 doelpunten Horst Siegl (AC Sparta Praag) 13 doelpunten Pavel Verbíř (FK Teplice) 12 doelpunten Robert Vágner (SK Slavia Praag) 11 doelpunten František Koubek (SK Hradec Králové) Vratislav Lokvenc (AC Sparta Praag) Vítězslav Tuma (FC Petra Drnovice) 10 doelpunten Luděk Zelenka (FK Viktoria Žižkov 9 / SK Slavia Praag 1) 9 doelpunten Tomáš Došek (FC Viktoria Pilsen) Marek Heinz (SK Sigma Olomouc) Roman Hogen (FK Chmel Blšany) Radim Holub (FK Jablonec 97) Lazzaro Liunni (FC Slovan Liberec) Milan Pacanda (FC Boby Brno) Radomír Prasek (SFC Opava) Milan Seman (FC Dukla Příbram)
Tsjechie 1 1999