mini|Staphylococcus aureus (nachträglich kolorierte REM-Aufnahme)
Die taxonomische Aufteilung der Bakterien und Archaeen ist umstritten. Anfangs nur durch Aussehen und Physiologie klassifiziert, wird heute aufgrund neuer Möglichkeiten allgemein die Einteilung mittels phylogenetischer Analyse akzeptiert, wie es Carl Woese (1977, 1990) vorgeschlagen hat.
Die Erstbeschreibung von Bakteriengattungen, -arten und Taxa höherer Rangstufen hat nach einer festgelegten Prozedur zu erfolgen. Ein Taxon bzw. dessen Name erlangt nur Gültigkeit durch Erstpublikation oder Revision im International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM). Der aktuelle Stand, welche Taxa bzw. deren Namen diesbezüglich anerkannt sind, kann in der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), gepflegt durch Jean P. Euzéby und seit Juli 2013 weitergeführt durch Aidan C. Parte, eingesehen werden. Diese Namen entsprechen den Anforderungen des 1980 reformierten Internationalen Codes der Nomenklatur von Bakterien (ICNB), d. h. jeder dieser Namen benennt ein eindeutig anhand seines hinterlegten Typusmaterials identifizierbares Taxon. Diese Namen werden generell nicht in Anführungszeichen gesetzt.
mini|Phylogenetischer Baum basierend auf rRNA-Genen nach Carl Woese, (1990) mini|Phylogenetischer Baum basierend auf 27 Markergenen (Moody et al., 2022).Terrabacteria = Reich Bacillati,Gracilicutes = Reich PseudomonadatiFusobacteria = Reich Fusobacterati.
Darüber hinaus wurde die globale Einteilung (siehe Phylogenetischer Baum) innerhalb der Bakterien reformiert: Die Taxonomie orientiert sich nunmehr auch an Erkenntnissen, die mittels phylogenetischer Analyse, basierend auf Vergleichen von Bakterienerbgut gewonnen werden. Anfangs wurden hierfür die Nukleotide der 16S rRNA, ein für Prokaryoten typischer Vertreter der ribosomalen RNA, sequenziert und verglichen, mittlerweile werden zusätzlich bisweilen weitere phylogenetische Markergene hinzugezogen. Durch den ICNB wird ein Minimalstandard für die Beschreibung neuer Arten empfohlen, der von den jeweiligen Experten festgelegt wird (Recommendation 30b). Ein derartiger Minimalstandard beinhaltet neben genetischen auch phänotypische und ökologische Merkmale.
Eine aktuelle Zusammenstellung der Taxa aus dieser und zahlreichen weiterführenden Publikationen erscheint in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Einige dieser Taxa haben ihre Berechtigung, sind aber bis heute nicht valide publiziert oder anderweitig nicht gemäß den Anforderungen des ICNB definiert. Diese Namen, sowie alle Synonyme, die aktuell gültigen Namen eindeutig zugeordnet werden können, werden in Anführungszeichen gesetzt.
Diese Referenzliste höherer Taxa enthält die Taxa der Rangstufen Domäne (für die Bakterien insgesamt), sowie Phylum (oder Stamm im Sinn einer taxonomischen Rangstufe wie bei Eukaryoten) bis Familie (in Ausnahmen auch darunter). Bei manchen Taxa gibt es widersprüchliche Einträge. Diese wurden auf Stichhaltigkeit geprüft, anhand der Originalliteratur und einer phylogenetischen Analyse. Daher sind einige Abweichungen innerhalb der und von den oben beschriebenen relevanten Veröffentlichungen möglich. Ursachen dafür sind vielfältig und haben ihre Gründe. Eine Änderung einzelner Taxa sollte zunächst diskutiert werden und dann nur mit Angabe der Quelle erfolgen.
Grundlagen Bakterien und Archaeen können im Gegensatz zu größeren mehrzelligen Eukaryoten nicht leicht in das klassische System der Taxonomie eingefügt werden. Einerseits gibt es keine sexuelle Vermehrung, weshalb der biologische Artbegriff (Ernst Mayr) nicht anwendbar ist, andererseits sind sie so klein, dass eine optische Beschreibung nicht immer wesentliche Erkenntnisse beisteuert, sodass ein phänetischer/morphologischer Artbegriff nur bedingt anwendbar ist. Eine physiologische Beschreibung trug zwar bald zur Klassifizierung bei, konnte jedoch mangels geeigneter Methoden nur eine unvollständige Einteilung bewerkstelligen. Nach der Erfindung der PCR (Polymerase-Kettenreaktion) waren Teile der genetischen Information der einzelnen Organismen zugänglich. Dabei wurde insbesondere die Sequenz der Gene für die RNA-Untereinheiten der ubiquitären Ribosomen als sinnvoller Marker für phylogenetische Analysen entdeckt. Jedes Lebewesen benötigt die in ihrer Entwicklung äußerst konservativen Ribosomen zum Zusammenbau der Proteine. Am erfolgreichsten, wenn auch nicht perfekt, war die Analyse mit Hilfe des Gens der 16S rRNA, Hauptbestandteil der kleinen Untereinheit des Ribosoms. Dadurch eröffneten sich nun ungeahnte Möglichkeiten zur phylogenetischen Analyse der Organismen, zusätzlich zu den bisherigen Methoden. Die Taxonomie der Mikroorganismen konnte überprüft werden – natürlich nicht ohne Auswirkungen. So sind viele bekannte Begriffe in Frage gestellt, aber derzeit noch nicht ganz von neuen abgelöst oder modifiziert, da meist deutlich mehr Arbeit damit verbunden ist, als ein paar Sequenzierungen. Die Systematik der Archaeen ist direkt in den Artikel der Archaeen integriert.
Taxa der Domäne Bakterien, deren Benutzung empfohlen wird Die folgende Liste folgt LPSN (mit Stand vom 22. Oktober 2020). Taxa sind vom Rang des Phylums bis herunter zur Familie aufgegliedert (mit einigen wenigen Ausnahmen):LPSN: Domain, §"Bacteria"
Phylum „Abditibacteriota“ Klasse Abditibacteria Ordnung Abditibacteriales Familie Abditibacteriaceae
Phylum „Acidobacteria“ Klasse „Acidobacteriia“ Ordnung Acidobacteriales Familie Acidobacteriaceae Ordnung Bryobacterales Familie Bryobacteraceae Klasse Blastocatellia Ordnung Blastocatellales Familie Arenimicrobiaceae Familie Blastocatellaceae Familie Pyrinomonadaceae Klasse Holophagae Ordnung Acanthopleuribacterales Familie Acanthopleuribacteraceae Ordnung Holophagales Familie Holophagaceae Ordnung Thermotomaculales Familie Thermotomaculaceae Klasse Thermoanaerobaculia Ordnung Thermoanaerobaculales Familie Thermoanaerobaculaceae Klasse Vicinamibacteria Ordnung Vicinamibacterales Familie Vicinamibacteraceae
Phylum Actinomycetota Klasse Acidimicrobiia Ordnung Acidimicrobiales Unterordnung „Acidimicrobineae“ Familie Acidimicrobiaceae Familie Iamiaceae Klasse Actinobacteria Ordnung Acidothermales Familie Acidothermaceae Ordnung Actinomycetales Unterordnung Actinomycineae Familie Actinomycetaceae Unterordnung Actinopolysporineae Familie Actinopolysporaceae Unterordnung Catenulisporineae Familie Actinospicaceae Familie Catenulisporaceae Unterordnung Corynebacterineae Familie Corynebacteriaceae Familie Dietziaceae Familie Mycobacteriaceae Familie Nocardiaceae Familie Segniliparaceae Familie Tsukamurellaceae Unterordnung Glycomycineae Familie Glycomycetaceae Unterordnung Jiangellineae Familie Jiangellaceae Unterordnung Micromonosporineae Familie Micromonosporaceae Unterordnung Propionibacterineae Familie Nocardioidaceae Familie Propionibacteriaceae Unterordnung Pseudonocardineae Familie Pseudonocardiaceae Unterordnung Streptomycineae Familie Streptomycetaceae Unterordnung Streptosporangineae Familie Nocardiopsaceae Familie Streptosporangiaceae Familie Thermomonosporaceae Ordnung Actinopolysporales Familie Actinopolysporaceae Ordnung Bifidobacteriales Familie Bifidobacteriaceae Ordnung Catenulisporales Familie Actinospicaceae Familie Catenulisporaceae Ordnung Cryptosporangiales Familie Cryptosporangiaceae Ordnung Frankiales (alternativ: Motilibacterales) Familie Frankiaceae Familie Motilibacteraceae Ordnung Geodermatophilales Familie Antricoccaceae Familie Geodermatophilaceae Ordnung Glycomycetales Familie Glycomycetaceae Ordnung Jatrophihabitantales Familie Jatrophihabitantaceae Ordnung Jiangellales Familie Jiangellaceae Ordnung Kineosporiales Familie Kineosporiaceae Ordnung Micrococcales Familie Beutenbergiaceae Familie Bogoriellaceae Familie Brevibacteriaceae Familie Cellulomonadaceae Familie Demequinaceae Familie Dermabacteraceae Familie Dermacoccaceae Familie Dermatophilaceae Familie Intrasporangiaceae Familie Jonesiaceae (inklusive ehemaliger Sanguibacteraceae) Familie Kytococcaceae Familie Microbacteriaceae Familie Micrococcaceae Familie Ornithinimicrobiaceae Familie Promicromonosporaceae Familie Rarobacteraceae Familie Ruaniaceae Familie Tropherymataceae Familie Yaniellaceae Ordnung Micromonosporales Familie Micromonosporaceae Ordnung Mycobacteriales (alternativ: Corynebacteriales) Familie Corynebacteriacea Familie Dietziaceae Familie Gordoniaceae Familie Lawsonellaceae Familie Mycobacteriaceae Familie Nocardiaceae Familie Segniliparaceae Familie Tsukamurellaceae Ordnung Nakamurellales Familie Nakamurellaceae Ordnung Propionibacteriales Familie Actinopolymorphaceae Familie Kribbellaceae Familie Nocardioidaceae Familie Propionibacteriaceae Ordnung Pseudonocardiales Familie Pseudonocardiaceae Ordnung Sporichthyales Familie Sporichthyaceae Ordnung Streptosporangiales Familie Streptomycetaceae Klasse Coriobacteriia Ordnung Coriobacteriales Unterordnung „Coriobacterineae“ Familie Atopobiaceae Familie Coriobacteriaceae Ordnung Eggerthellales Familie Eggerthellaceae Klasse Nitriliruptoria Ordnung Egibacterales Familie Egibacteraceae Ordnung Egicoccales Familie Egicoccaceae Ordnung Euzebyales Familie Euzebyaceae Ordnung Nitriliruptorales Familie Nitriliruptoraceae Klasse Rubrobacteria Ordnung Gaiellales Familie Gaiellaceae Ordnung Rubrobacterales Unterordnung „Rubrobacterineae“ Familie Rubrobacteraceae Ordnung Solirubrobacterales Familie Baekduiaceae Familie Conexibacteraceae Familie Paraconexibacteraceae Familie Parviterribacteraceae Familie Patulibacteraceae Familie Solirubrobacteraceae Klasse Thermoleophilia Ordnung Thermoleophilales Familie Thermoleophilaceae
Phylum „Aminicenantes“ Familie „Saccharicenantaceae“
Phylum „Aquificae“ Klasse Aquificae Ordnung Aquificales Familie Aquificaceae Familie Desulfurobacteriaceae Familie Hydrogenothermaceae
Phylum Atribacterota Klasse Atribacteria Ordnung Atribacterales
Phylum „Armatimonadetes“ Klasse Armatimonadia Ordnung Armatimonadales Familie Armatimonadaceae Klasse Chthonomonadetes Ordnung Chthonomonadales Familie Chthonomonadaceae Klasse Fimbriimonadia Ordnung Fimbriimonadales Familie Fimbriimonadaceae
Phylum „Bacteroidetes“ Klasse Bacteroidia Ordnung Bacteroidales Familie Bacteroidaceae Familie Balneicellaceae Familie Lentimicrobiaceae Familie Marinifilaceae Familie Marinilabiliaceae Familie Odoribacteraceae Familie Porphyromonadaceae Familie Prevotellaceae Familie Prolixibacteraceae Familie Rikenellaceae Ordnung Marinilabiliales Familie Salinivirgaceae Klasse Chitinophagia Ordnung Chitinophagales Familie Chitinophagaceae Familie Hymenobacteraceae Klasse Cytophagia Ordnung Cytophagales Familie Bernardetiaceae Familie Catalimonadaceae Familie Cyclobacteriaceae Familie Cytophagaceae Familie Flammeovirgaceae Familie Microscillaceae Familie Mooreiaceae Familie Persicobacteraceae Familie Thermonemataceae Klasse Flavobacteria Ordnung Flavobacteriales Familie Blattabacteriaceae Familie Crocinitomicaceae Familie Cryomorphaceae Familie Flavobacteriaceae Familie Ichthyobacteriaceae Familie Schleiferiaceae Klasse Saprospiria Ordnung Saprospirales Familie Saprospiraceae Klasse Sphingobacteriia Ordnung Sphingobacteriales Familie Crenotrichaceae Familie Filobacteriaceae Familie Sphingobacteriaceae
Phylum „Balneolaeota“ Klasse Balneolia Ordnung Balneolales Familie Balneolaceae Familie Soortiaceae
Phylum „Caldiserica“ Klasse Caldisericia Ordnung Caldisericiales Familie Caldisericiaceae
Phylum „Calditrichaeota“ Gattung Calorithrix
Phylum „Chlamydiae“ Klasse Chlamydiae Ordnung Chlamydiales Familie „Actinochlamydiaceae“ Familie Chlamydiaceae Familie „Criblamydiaceae“ Familie Parachlamydiaceae Familie „Parilichlamydiaceae“ Familie „Piscichlamydiaceae“ Familie „Rhabdochlamydiaceae“