Die Geschichte Ugandas ist die Geschichte des modernen Staates Uganda und der Vorgängerreiche auf seinem Gebiet. Während die Reiche der Bantu und Hima aufgrund ihrer Schriftlosigkeit noch zur Vorgeschichte zu zählen sind, setzt die schriftlich überlieferte Geschichte etwa um die Mitte des 19. Jahrhunderts ein. Die bedeutendsten Mächte dieser Zeit sind die Reiche Buganda und Bunyoro. Zuerst gerät Buganda unter britischen Einfluss und 1896 wird ganz Uganda britisches Protektorat. 1962 wird dieses in die Unabhängigkeit entlassen. Die folgende Zeit kann grob in die Regierungszeiten der Diktatoren Milton Obote (1962 bis 1971 sowie 1980 bis 1985) und Idi Amin (1971 bis 1979) sowie des gemäßigteren Präsidenten Yoweri Museveni (seit 1986) unterteilt werden.
Vor der Unabhängigkeit Frühe Geschichte Zahlreiche fossile Funde in verschiedenen Regionen des Ostafrikanischen Grabenbruchs legen den Schluss nahe, dass maßgebliche Prozesse der Menschwerdung sich im ostafrikanischen Raum abgespielt haben. So gilt für viele Anthropologen das Gebiet von Uganda und den Nachbarstaaten als die „Wiege der Menschheit“.
Man nimmt an, dass Uganda einst einen geschlossenen tropischen Regenwald aufwies, der von Pygmäenstämmen besiedelt war, die als Jäger und Sammler ihr Auskommen fanden. Vor etwa 2000 Jahren wurden diese Stämme durch die Einwanderung von kuschitische Sprachen sprechenden Hirtenvölkern im Norden und schließlich von Ackerbau betreibenden Bantuvölkern immer weiter zurückgedrängt. Etwa um 100 n. Chr. soll es zu einer erneuten Einwanderung von Hirtenvölkern im Westen Ugandas gekommen sein.
Es entwickelten sich Gesellschaften, die sich auf den Stamm als wichtigstes Element stützten.
Ab dem 9. Jahrhundert bildeten sich umfassendere Bantu-Gemeinwesen heraus. Später hinzukommende Hima übernahmen die Führung dieser Gemeinwesen und bauten auf ihnen auf. Da die Bevölkerungsgruppen divers und sehr mobil sowie kulturell relativ flexibel waren, setzte im Laufe der Zeit eine Überlagerung und gegenseitige Ergänzung von ackerbauender Bantukultur und viehzüchtender Himakultur ein.
Zeit der Königreiche Ab dem 10./11. Jahrhundert bildete sich unter den Batembuzi das Reich Kitara. Seine Hauptstadt war Bigo Bya Mugenyi. Die Dynastie der Batembuzi wurde gefolgt von den Bachwezi, die mit ihrer Einwanderung im 14. Jahrhundert einige Neuerungen wie Kaffee-Anbau, Eisenproduktion und das Ankolerind nach Bunyoro brachten. Das Reich erlebte im 14./15. Jahrhundert seinen Höhepunkt und zerfiel danach langsam und ging im Reich Bunyoro auf, das mitunter auch Bunyoro-Kitara genannt wird.
Etwa ab dem 15. Jahrhundert entstand im Westen Ugandas im Bereich des Albertsees das Königreich von Bunyoro, das von nilotischen Hirten begründet wurde und das erste der fünf größeren Reiche Ugandas darstellte. Ab dem 17. Jahrhundert begann Buganda am Nordwestufer des Victoriasee an Einfluss zu gewinnen, erreichte im 18. Jahrhundert die Vormachtstellung gegenüber Bunyoro und wurde das bedeutendste der ugandischen Reiche. Die Könige Bugandas, die sich Kabaka nannten, stärkten ihr Reich insbesondere durch ihre Raubzüge und den Handel mit Elfenbein, das in den Handel mit den damals an der Küste des späteren Kenia ansässigen Arabern ging. Weitere, kleinere Reiche stellten Ankole im Südwesten, Busoga im Südosten und Toro, das zwischen Ankole und Bunyoro lag, dar. Toro war eine Provinz Bunyoros, bevor es sich 1822 von diesem lossagte (endgültige Unabhängigkeit von Bunyoro 1891).
Der weniger fruchtbare Norden Ugandas, der von Niloten besiedelt war, war zu dieser Zeit noch immer recht wenig entwickelt und in kleine Stammesbezirke unterteilt, die häufigen Wanderbewegungen unterlagen.
In Buganda lag der Grundbesitz in Händen des Kabaka mit Sitz in Kampala. Er stellte an die Spitze der Sazas, der einzelnen Distrikte Bugandas, Chiefs, die für die Aufrechterhaltung der Ordnung, für die Steuererhebung, die Rechtsprechung und die Landverteilung an die Bauern in ihren Sazas verantwortlich waren. Sie gehörten dem Bakungu an, dem höheren Adel, und konnten einen Teil ihrer Privilegien an die Angehörigen des Batongole, des niederen Adels, delegieren. Diese Adelsposten waren nicht primär erblich, sondern konnten vom Kabaka bestimmt werden. Dem Kabaka zur Seite stand der Lukiko, ein Rat hoher Adliger, der zwar kein festgesetztes Mitbestimmungsrecht hatte, aber durchaus Einfluss auf Entscheidungen. Schließlich besaß der Kabaka auch ein starkes Kriegsvolk und eine Flotte von einigen hundert Kriegsbooten sowie ein vergleichsweise gutes Straßensystem.
Bunyoro wurde vom Omukama geleitet, der ebenfalls über Chiefs das Land verwaltete. Er hatte im Gegensatz zum Kabaka keinen festen Sitz (Gräber der letzten Omukama in der Nähe von Hoima).
Wachsender Einfluss fremder Mächte Etwa ab 1840 intensivierten sich die direkten Handelsbeziehungen Bugandas mit den Arabern, die Sklaven und Elfenbein abnahmen. Auch die kleineren Reiche von Kitara, das wieder eine gewisse Autonomie von Bunyoro gewonnen hatte, und Karagwe im Osten unterhielten Kontakte zu Arabern. Einzelne Regionen wurden zu diesem Zeitpunkt islamisiert.
Unter dem Kabaka Mutesa I., der seit 1856 das Amt innehatte, erreichte Buganda den Höhepunkt seiner Macht. Es kam nun zu ersten Kontakten mit europäischen Afrikaforschern. Dies geschah vor allem in Buganda, das sich den Fremden stärker öffnete als Bunyoro und die anderen Reiche. 1862 empfing der Kabaka John Hanning Speke und James Augustus Grant sowie 1875 Henry Morton Stanley. In den 1860er und 1870er Jahren begann die Expansion der Khediven von Ägypten unter anderem durch Ismail Pascha und Emin Pascha den Norden Ugandas zu erreichen, die auch Samuel White Baker nach Uganda sandten. 1877 gelangten erstmals anglikanische und 1879 katholische Missionare nach Uganda, die auf Wunsch des Kabakas ins Land kamen, da dieser den wachsenden islamischen Einfluss begrenzen wollte, der von Norden und Westen her sich auf das Gebiet Ugandas ausbreitete. Teile des Hofs und des Rats, des Lukikos, traten zum Christentum über. Allerdings beschränkte er zunächst die Arbeit der Missionare auf die Hauptstadt. Bald darauf trafen auch erste Gesandte des Deutschen Reichs, Frankreichs und Großbritanniens ein. Kurze Zeit später begannen die vermehrt auftretenden Europäer auch in anderen Gebieten zu missionieren und rasch das bisherige Herrschaftssystem zu destabilisieren, da viele lokale Führer versuchten, ihren Einfluss zu vergrößern, indem sie sich den Europäern annäherten, deren überlegene Waffentechnik enorme Macht bedeutete und Möglichkeiten bot, andere Herrscher auszuspielen. Insbesondere aber führten auch die religiösen und nationalen Animositäten der Europäer untereinander, die jeweils bekehrte einheimische Gefolgschaften hinter sich wussten, zu zusätzlichen Konflikten. Zu einem ersten Ausgleich kam es 1884/1885, als auf der Kongokonferenz die Ansprüche Großbritanniens auf Uganda anerkannt wurden. In weiteren Verträgen 1886 und im Helgoland-Sansibar-Vertrag 1890 regelten die Kolonialmächte die weitere Gebietsaufteilung. Ein Versuch von Carl Peters, durch den Uganda-Vertrag deutsche Ansprüche nördlich des Victoriasees geltend zu machen, scheiterte. Deutsch-Ostafrika wurde auf die Gebiete des heutigen Gebietes von Festland-Tansania, Ruanda und Burundi festgelegt, während die jetzigen Staaten Uganda und Kenia als British East Africa zusammengefasst wurden.
Mwanga II. folgte 1884 seinem Vater auf den Thron. Im Gegensatz zu diesem, der mehr auf ein Ausbalancieren der fremden Einflüsse untereinander setzte, trat Mwanga aggressiver auf. Er ließ 1885 den Bischof James Hannington, der nicht über den üblichen Weg ins Land kam, festsetzen und kurz darauf töten. Dies alles führte zwischen 1887 und 1894 zu drei blutigen Bürgerkriegsepisoden. 1888 wurde Mwanga nach einem Gefecht bei Mengo abgesetzt und durch seinen Halbbruder Kiwewa Mutebi II. ersetzt, der von den Briten unterstützt wurde. Nachdem Mwanga II. 1890 einen Schutzvertrag mit Frederick Lugard von der Imperial British East Africa Company (IBEAC) unterzeichnet hatte, wechselten die Briten die Unterstützung, und Mwanga bestieg wieder den Thron, nachdem kurze Zeit Kalema den Thron innegehabt hatte. 1892 brach ein offener Konflikt zwischen französischen Katholiken, die dem Gedanken einer Übernahme der Herrschaft in Uganda durch das Deutsche Reich und Carl Peters nahestanden, da Frankreich in Ostafrika keine eigenen Kolonialambitionen hatte, und britischen Protestanten bzw. deren jeweiligen einheimischen Gefolgschaften aus, in dem zunächst die Franzosen die Oberhand gewannen. Erst durch militärischen Eingriff Lugards wurden die Franzosen geschlagen. Uganda war in diesen Jahren aufgrund des verstärkten Kontakts zur Außenwelt einigen Epidemien ausgesetzt, darunter die Rinderpest, die Schlafkrankheit und die Pocken.
mini|Kasubi Tombs in Kampala, Begräbnisort der Könige von Buganda
Der britische Gesandte Sir Gerald Portal kam 1893 ins Land und schlug seinen Sitz in Entebbe auf, was dazu führte, dass die Stadt später die Hauptstadt Ugandas werden sollte. Unter seiner Leitung erklärte Großbritannien Buganda als Protektorat, und es wurde ein erweiterter Schutzvertrag mit Mwanga abgeschlossen, der Buganda noch enger an Großbritannien band, das auch die Verwaltung des Gebiets übernahm, den Kabaka aber zunächst noch als Souverän bestätigte. In diesem Vertrag musste Mwanga allerdings auch militärische Unterstützung für Portals Vorhaben der Unterwerfung der Reiche Toro, Ankole, Busoga und Bunyoro unter seinem Herrscher Kabalega zugestehen. Die Briten besiegten in der Folgezeit Bunyoro sowie das Gebiet der Acholi im Norden, während Busoga und Ankole Verträge unterzeichneten, die die britische Oberherrschaft besiegelten. Omukama Kasagama von Toro hatte bereits 1891 Frederick Lugard um Unterstützung gegen Bunyoro gebeten, die dieser gewährte, indem er Major Roddy Owen beauftragte, die von Emin Pascha nach seinem Zusammentreffen mit Henry Morton Stanley bei Wadelai zurückgelassenen ägyptisch-sudanesischen Truppen zu sammeln und mit diesen eine Kette von Forts im Westen Toros zu bemannen. Dies führte auch zur Gründung von Fort Portal. Mwanga floh 1897 und startete einen Aufstand gegen die Briten. 1898 wurde er bei Kislaira geschlagen. Der nach der Flucht vakante Thron von Buganda wurde mit dem erst einjährigen Sohn Mwangas Daudi Chwa II. besetzt, dessen Amtsgeschäfte von drei von den Briten eingesetzten Ministern geführt wurden.
1896 wurde durch Henry Edward Colvile das Protektorat Uganda proklamiert, und Henry Hamilton Johnston sicherte 1900 mit einem neuen Vertrag, dem Buganda Agreement, Großbritanniens Herrschaft endgültig ab. Ein Teil der Gebiete Bunyoros wurde an Buganda übertragen und unter dessen Adligen aufgeteilt. Auch Bugandas Ländereien wurden nun zwischen Kabaka und Chiefs (insgesamt etwa 3700 Angehörige des Adels) aufgeteilt, wodurch die frühere Form des Landbesitzes, die einem Lehen entsprach, in eine dem Allod entsprechende Form überging. 1897 musste ein Aufstand nubisch-ägyptischer Truppen niedergeschlagen werden, der sehr kostspielig war, da Großbritannien zusätzliche Truppen aus Britisch-Indien heranziehen musste.
Kolonialisierung mini|hochkant=1.2|Gliederung Ugandas als britisches Protektorat (Grenzen von 1926). In den rot gehaltenen Gebieten und dem blau gehaltenen Buganda wurden die traditionellen Reiche beibehalten. In den gelb gehaltenen Gebieten wurde eine Verwaltung nach dem Vorbild Bugandas eingeführt. In den Gebieten in khaki bestanden zuvor keine Einzelreiche.