Die Ordnung Nidovirales umfasst vier Familien von Viren mit einem nicht-segmentierten, einzelsträngigen RNA-Genom von positiver Polarität. Der Name leitet sich von ab, was auf die geschachtelten (engl. ) messenger-RNAs der Nidovirales anspielt. Die drei Familien der Nidovirales unterscheiden sich hinsichtlich der Struktur und Funktion der viralen Replikase (RNA-Polymerase) von allen anderen RNA-Viren. Aufgrund von Strukturuntersuchungen dieser Replikasen sprach man zunächst von einer „Coronavirus-like superfamily“Snijder EJ, Spaan WJM: The coronavirus-like superfamily. In: Sidell SG (Hrsg.): The Coronaviridae, Plenumpress, New York 1995 Dies ist der Grund einer sonst nicht vorgenommenen Zusammenfassung anderer Familien in eine Ordnung. Die Vertreter der Nidovirales verursachen wichtige Infektionen bei Säugetieren (besonders die Familie Coronaviridae). Lediglich die Familie Roniviridae wird nur bei Krustentieren gefunden.
Genom Die Nidovirales haben vergleichsweise große RNA-Genome von 13–16 kb (Arterivirus) bis zu 28–31 kb (Coronaviridae). In dieser Unterfamilie befindet sich auch jenes Virus mit dem bislang größten bekannten nicht-segmentierten RNA-Genom, das Maus-Hepatitisvirus (MHV) mit einer Größe von 31.526 nt.Referenzsequenz des MHV-Genoms Die genomische RNA der Nidovirales ist polyadenyliert und besitzt (außer bei der Gattung Okavirus) eine Cap-Struktur an ihrem 5'-Ende. Typisch ist die Strategie der Nidovirales bei der Transkription der viralen mRNAs. Die verschiedenen Transkripte mindestens eines Leserahmens besitzen das gleiche polyA-Ende, jedoch verschiedene Startpunkte, sie sind daher polycistronische (nested) mRNAs.
Systematik Nach Vorgabe des ICTV mit Stand März 2020 gliedern sich die Nidovirales wie folgt:
Ordnung Nidovirales Unterordnung Abnidovirineae Familie Abyssoviridae Unterfamilie Tiamatvirinae Genus Alphaabyssovirus Subgenus: Aplyccavirus
Familie Arteriviridae Unterfamilie Crocarterivirinae Genus Muarterivirus
Unterfamilie Equarterivirinae Genus Alphaarterivirus (früher Spezies Alphaarterivirus equid alias Equartevirus mit Equine arteritis virusNCBI: Equine arteritis virus (no rank))
Unterfamilie Heroarterivirinae Genus Lambdaarterivirus (mit Spezies Lambdaarterivirus afriporav inkl. African pouched rat arterivirusNCBI: African pouched rat arterivirus (no rank))
Unterfamilie Simarterivirinae (frühere Gattung Simartevirus)SIB: Simartevirus, auf: ViralZone Genus Deltaarterivirus Subgenus: Hedartevirus (mit Spezies Deltaarterivirus hemfev inkl. Simian hemorrhagic fever virusNCBI: Simian hemorrhagic fever virus (no rank)) Genus Epsilonarterivirus Subgenus: Sheartevirus Spezies Simian hemorragic fever virus (alias Epsilonarterivirus hemcep, SHEV) Genus Etaarterivirus Genus Iotaarterivirus Subgenus: Debiartevirus (mit Spezies Iotaarterivirus debrazmo inkl. DeBrazza's monkey arterivirusNCBI: DeBrazza's monkey arterivirus (no rank)) Subgenus: Kigiartevirus Subgenus: Pedartevirus Genus Thetaarterivirus Subgenus: Kaftartevirus Subgenus: Mitartevirus Genus Zetaarterivirus
Unterfamilie Variarterivirinae Genus Betaarterivirus Subgenus: Ampobartevirus Spezies PRRS-2-Virus (engl. Betaarterivirus suid 2) Subgenus: Chibartevirus Subgenus: Eurpobartevirus Spezies PRRS-1-Virus (engl. Betaarterivirus suid 1) Genus Gammaarterivirus (mit Spezies Gammaarterivirus lacdeh mit Lactate dehydrogenase-elevating virusNCBI: Lactate dehydrogenase-elevating virus (no rank)) Genus Nuarterivirus
Unterfamilie Zealarterivirinae (frühere Gattung Nesartevirus) Genus Kappaarterivirus
Unterfamilie nicht klassifiziert Spezies „Porcine reproductive and respiratory syndrome virus“ (PRRSV, vorgeschlagen)NCBI: (species) Spezies „Southwest baboon virus 1“ (vorgeschlagen)NCBI: Southwest baboon virus 1 (species)
Aufgrund der Reorganisation dieser Familie gibt es die früheren Gattungen Dipartevirus, Nesartevirus, Porartevirus und Simartevirus nicht mehr.
Familie Cremegaviridae Unterfamilie Rodepovirinae Genus Pontunivirus
Familie Gresnaviridae Unterfamilie Reternivirinae Genus Cyclophivirus
Familie Olifoviridae Unterfamilie Gofosavirinae Genus Kukrinivirus
Unterordnung Cornidovirineae Familie Coronaviridae Unterfamilie Letovirinae Genus Alphaletovirus Subgenus: Milecovirus (mit Spezies: Microhyla letovirus 1)
Unterfamilie Orthocoronavirinae Genus Alphacoronavirus Subgenus: Colacovirus Subgenus: Decacovirus Subgenus: Duvinacovirus (mit Spezies Human coronavirus 229E) Subgenus: Luchacovirus Subgenus: Minacovirus Subgenus: Minunacovirus (mit Spezies Bat coronavirus HKU8) Subgenus: Myotacovirus Subgenus: Nyctacovirus Subgenus: Pedacovirus (mit Spezies Feline infectious peritonitis virus) Subgenus: Rhinacovirus Subgenus: Setracovirus (mit Spezies Human coronavirus NL63) Subgenus: Soracovirus Subgenus: Sunacovirus Subgenus: Tegacovirus (mit Spezies Porcine epidemic diarrhea virus) Genus Betacoronavirus Subgenus: Embecovirus (mit Spezies Human coronavirus HKU1 und Betacoronavirus 1 inkl. Human coronavirus OC43) Subgenus: Hibecovirus Subgenus: Merbecovirus (mit Spezies MERS-Coronavirus) Subgenus: Nobecovirus Subgenus: Sarbecovirus (mit Spezies SARS-Coronavirus inkl. SARS-CoV-2) Genus Gammacoronavirus Subgenus: Brangacovirus Subgenus: Cegacovirus (mit Spezies Beluga Whale coronavirus SW1) Subgenus: Igacovirus (mit Spezies Avian coronavirus alias Avian infectious bronchitis virus) Genus Deltacoronavirus Subgenus: Andecovirus (mit Spezies Wigeon coronavirus HKU20) Subgenus: Buldecovirus (inkl. früherem Subgenus Moordecovirus – mit Spezies Common moorhen coronavirus HKU21 und „Sparrow coronavirus HKU17“ – vorgeschlagenNCBI: Sparrow coronavirus HKU17 (species)) Subgenus: Herdecovirus
Unterordnung Mesnidovirineae Familie Medioniviridae Unterfamilie Medionivirinae Genus Turrinivirus Subgenus: Beturrivirus (mit Spezies Turrinivirus 1 inkl. Beihai Nido-like virus 1)
Unterfamilie Tunicanivirinae Genus Bolenivirus Subgenus: Balbicanovirus
Familie Mesoniviridae Unterfamilie Hexponivirinae Genus Alphamesonivirus Subgenus: Casualivirus Subgenus: Enselivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 8 inkl. Nse virus) Subgenus: Hanalivirus Subgenus: Kadilivirus Subgenus: Karsalivirus Subgenus: Menolivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 9 inkl. Meno virus) Subgenus: Namcalivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 1 inkl. Nam Dinh virus) Subgenus: Ofalivirus
Unterordnung Monidovirineae Familie Mononiviridae Unterfamilie Mononivirinae Genus Alphamononivirus Subgenus: Dumedivirus
Unterordnung Nanidovirineae Familie Nanghoshaviridae Unterfamilie Chimanivirinae Genus Chimshavirus
Familie Nanhypoviridae Unterfamilie Hyporhamsavirinae Genus Sajorinivirus
Unterordnung Ronidovirineae Familie Euroniviridae Unterfamilie Ceronivirinae Genus Charybnivirus Subgenus: Cradenivirus (mit Spezies Charybnivirus 1 inkl. Beihai Nido-like virus 2NCBI: Beihai Nido-like virus 2 (no rank)) Subgenus: Wenilivirus (mit Spezies Decronivirus 1 inkl. Wenling nido-like virus 1NCBI: Wenling nido-like virus 1 (no rank)) ohne Gattungszuordnung: Spezies Wenzhou Nido-like virus 1NCBI: Wenzhou Nido-like virus 1 (species)
Unterfamilie Crustonivirinae Genus Paguronivirus Subgenus: Behecravirus (mit Spezies Paguronivirus 1 inkl. Beihai hermit crab virus 4NCBI: Beihai hermit crab virus 4 (no rank))
mini|Genomkarte der Familie Roniviridae Familie RoniviridaeSIB: Roniviridae, auf: ViralZone Unterfamilie Okanivirinae Genus OkavirusSIB: Okavirus, auf: ViralZone Subgenus: Tipravirus (mit Spezies Okavirus 1,Gill-associated virusNCBI: Gill-associated virus (species)ICTV: ICTV Taxonomy history: Gill-associated virus, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35) und Yellow head virusThermoFisher: Gelbkopfvirus (YHV), in: Tierkrankheiten – Aquakultur/FischA.R. Ochoa-Meza et al.: Evaluation of a detection system of yellow head disease virus (YHV) using Q-PCR, in: Archives of Biological Sciences 65(4), S. 1629–1636, Januar 2013, doi:10.2298/ABS1304629OOIE: CHAPTER 2.2.9. Infection With Yellow Head Virus Genotype 1 Infection with yellow head virus genotype 1 means infection with the pathogenic agent yellow head virus genotype 1 (YHV1) of the Genus Okavirus and Family Roniviridae, in: Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals, 19. August 2019Cesar B. Nadala Jr et al.: , in: Dis Aquat Org, Band 31, S. 141–146, 20. November 1997Y. Lu et al.: Infection of the yellow head baculo‐like virus (YBV) in two species of penaeid shrimp, Penaeus stylirostris (Stimpson) and Penaeus vannamei (Boone), in: Journal of Fish Diseases, November 1994, doi:10.1111/j.1365-2761.1994.tb00263.x (taxonomische Zuordnung offenbar veraltet))
Unterordnung Tornidovirineae Familie Tobaniviridae Unterfamilie Piscanivirinae Genus Bafinivirus (früher zu Coronaviridae:Torovirinae) Subgenus: Blicbavirus (mit Spezies Güster-Virus en. ) Subgenus: Pimfabavirus (mit Spezies Goldelritzen-Nidovirus en. ) Genus Oncotshavirus Subgenus: Salnivirus (mit Spezies Königslachs-Bafinivirus en. )
Unterfamilie Remotovirinae Genus Bostovirus Subgenus: Bosnitovirus
Unterfamilie Serpentovirinae Genus Infratovirus Subgenus: Hepoptovirus Subgenus: Xintolivirus (mit Spezies Infratovirus 1 inkl. Xinzhou toro-like virusNCBI: Xinzhou toro-like virus (no rank)) Genus Lyctovirus Subgenus: Rebatovirus Genus Pregotovirus (inkl. früherem Genus Tiruvirus) Subgenus: Roypretovirus (mit Spezies Ball python nidovirus 1) Subgenus: Snaturtovirus Subgenus: Tilitovirus Genus Sectovirus Subgenus: Sanematovirus (mit Spezies Sectovirus 1 inkl. Xinzhou nematode virus 6NCBI: Xinzhou nematode virus 6 (no rank))
Unterfamilie Torovirinae (früher zu Fam. Coronaviridae) Genus Torovirus Subgenus: Renitovirus (mit Spezies Porcine torovirus und Bovine torovirus inkl. Breda virusNCBI: Breda virus (no rank))
Unterordnung nicht klassifiziert „ShiM-2016 Nido-like viruses“NCBI: unclassified RNA viruses ShiM-2016 (nur Nido-ähnliche Kandidaten) Spezies Hubei tetragnatha maxillosa virus 7NCBI: Hubei tetragnatha maxillosa virus 7 (species) Spezies Wuhan insect virus 19NCBI: Wuhan insect virus 19 (species) Spezies Wuhan nido-like virus 1NCBI: Wuhan nido-like virus 1 (species) Spezies Fuefuki virusNCBI: Fuefuki virus (species)
Im folgenden Kladogramm nach Mang Shi et al. (2016) wurden die Bezeichnungen gemäß ICTV MSL #35 (Stand März 2020) aktualisiert:Mang Shi, Xiabn-Dan Lin, Jun-Huia Tian et al.: Redefining the invertebrate RNA virosphere, in: Nature 540, S. 539–543, 23. November 2016, doi:10.1038/nature20167, via ResearchGate (Volltext), Supplement (PDF)
Literatur A. M. Q. King, M. J. Adams, E. B. Carstens, Elliot J. Lefkowitz (Hrsg.): Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Amsterdam 2012, ISBN 978-0-12-384684-6, S. 785–795 C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, London, San Diego, 2005 David M. Knipe, Peter M. Howley et al. (Hrsg.): Fields' Virology, 4. Auflage, Philadelphia 2001
Weblinks Nidovirales: Familien, Genera und Spezies (NCBI) Chris Lauber, Xiaoyu Zhang, Josef Vaas, Franziska Klingler, Pascal Mutz, Arseny Dubin, Thomas Pietschmann, Olivia Roth, Benjamin W. Neuman, Alexander E. Gorbalenya, Ralf Bartenschlager, Stefan Seitz: Deep mining of the Sequence Read Archive reveals major genetic innovations in coronaviruses and other nidoviruses of aquatic vertebrates. In: PLoS Pathogenes, Band 20, Nr. 4, 22. April 2024, e1012163; doi:10.1371/journal.ppat.1012163 (). Dazu: Scientists Uncover New Nidoviruses That Could Cause the Next Pandemic. Auf: SciTechDaily vom 26. Mai 2024. Quelle: Deutsches Krebsforschungszentrum.
Belege
Kategorie:Virusordnung