Wie die generelle kulturelle Entwicklung Japans, so ist auch die im Inselreich entwickelte Philosophie ohne die maßgebliche Übernahme von Ideen zunächst des ostasiatischen Auslands bis ins 17. Jahrhundert, die nachfolgende und fast 200 Jahre andauernde Isolation Japans, sowie sein im 19. Jahrhundert einsetzendes Streben nach weltpolitischem Einfluss nicht zu erklären. Darüber hinaus stand die in Japan entwickelte Philosophie auch immer in engem Wechselverhältnis mit den innenpolitischen Machtkämpfen der säkularen und religiösen Autoritäten mit- und untereinander.
Obwohl es im akademischen Diskurs der vergleichenden Kulturwissenschaften noch bis vor wenigen Jahren umstritten war, ob es vor der Meiji-Zeit überhaupt eine japanische Philosophie bzw. Philosophie in Japan gegeben habe, wird diese Frage gegenwärtig überwiegend positiv beantwortet, da es unbestreitbar in Japan seit langer Zeit schon intellektuelle Auseinandersetzungen mit klassischen philosophischen Fragen und Topoi gegeben habe. Insbesondere durch die Sprachbarriere und die insbesondere im Buddhismus inhärente Vermischung philosophischer und religiöser Konzepte bleibt die Herausarbeitung genuin philosophischer Ideen in der vormodernen Zeit gegenwärtig noch eine weithin ungelöste Aufgabe.
Bis in die Gegenwart ist die Auseinandersetzung mit japanischer Philosophie zudem oft von mehr oder minder starken Aspekten des Nihonjinron bestimmt worden. Sowohl Autoren aus Amerika und Europa als auch aus Japan selbst haben dabei aus unterschiedlichen Gründen meist verschiedene Vorurteile bezüglich des angeblichen, gleichsam überzeitlichen, kulturspezifischen Wesens des japanischen Denkens aus der Zeit der Kokugaku und folgender Diskurstraditionen übernommen. Wegen der aus diesen Annahmen unweigerlich entstandenen Missverständnisse und Fehlschlüsse (wie dem, es gebe eine japanische Logik, in der der Satz vom ausgeschlossenen Dritten nicht gelte), plädieren Autoren der jüngeren Zeit dafür, anstatt von einer japanischen Philosophie besser von einer Philosophie in Japan zu reden, wobei Japan auch nur als grober, geografischer und nur bedingt einheitlich-geopolitischer Kontext begriffen werden kann.
Geschichte Einer der Gründe für den späten Beginn eines sich selbständig entwickelnden, philosophischen Denkens in Japan ist die späte Übernahme der Schriftlichkeit bzw. die Entwicklung einer eigenen Schrift. Das japanische Schriftsystem wurde erst im 7. oder 8. Jahrhundert aus der vorher importierten chinesischen Schrift abgeleitet.
Gleichzeitig mit der Einführung der chinesischen Schrift wurden auch die darin verfassten chinesischen Schriften rezipiert, die in Japan daoistisches, konfuzianistisches, neokonfuzianistisches und buddhistisches Gedankengut bekannt machten und von da an mit den indigenen religiösen Traditionen (siehe Shintō) in stark synkretistischer Weise das philosophische Denken in Japan mit jeweils unterschiedlichen Schwerpunkten bis zum 20. Jahrhundert bestimmten. Das Chinesische nahm darüber hinaus noch für viele Jahrhunderte den Status einer Diplomaten- und Gelehrtensprache ein, ähnlich dem Latein in Europa, und chinesische Texte bildeten lange Zeit den einzig relevanten Korpus für philosophische Studien (erst spät wendete man sich in Japan anstelle der chinesischen Übersetzungen u. a. den indischen Originaltexten zu).
Das theoretische Verhältnis der Sprache zu philosophischer Wahrheit stand dabei von Anfang an, wohl auch begünstigt durch die verschiedenen Aussprachevarianten des in Japan verwendeten Chinesisch (s. On-Lesung und Kun-Lesung) in enger Bindung zur alten Mythologie Japans, in der die Auffassung vorherrschte, dass naturgemäß alle Bestandteile der Realität sprachbegabt seien oder zumindest gewesen seien. Beispielhaft ist auch die Vorstellung von kotodama, mit transformativer Macht ausgestatteter, gleichsam magischer Wörter, die schon in der ältesten japanischen Gedichtsammlung, dem Man’yōshū, erwähnt werden.
Altertum Yayoi-Zeit Den ersten Kontakt mit philosophischen Ideen hatten die Bewohner des noch nicht zu einer politisch-kulturellen Einheit gewordenen Japan in der Yayoi-Zeit durch Einwanderer mit Gruppen von mehr als tausend Menschen, die aus Kontinentalostasien auf den Inseln Japans eintrafen. Sie kamen zumeist aus China zur Zeit der Streitenden Reiche und zu Beginn der Qin-Dynastie sowie dem heutigen Korea. Dieser Kontakt wurde ausgebaut und seit etwa 108 v. Chr. bestand ein enger kultureller Austausch zwischen den einzelnen Stämmen bzw. Kleinstaaten Japans (hauptsächlicher politischer Ansprechpartner für den Schriftverkehr war Königin Himiko) mit den koreanischen Staaten (Gaya, Baekje und Silla), dem Han-Hof und der chinesischen Kolonie Lelang in Korea.
Konfuzianismus
Die ersten japanischen Quellen, die explizit die Übernahme philosophischer Klassiker bzw. der darin enthaltenden Lehrinhalte aus Kontinentalostasien nach Japan nennen oder diese durch eigene, den chinesischen nachempfundenen oder kopierten (so stellenweise wörtlich aus z. B. dem Han Shu, Hou Hanshu und Zuo Zhuan), Mythen übernehmen, sind die ältesten, noch erhaltenen schriftlichen Zeugnisse in japanischer Sprache überhaupt: das Kojiki und das Nihonshoki. In diesen wird, u. a. auch durch Verweis auf (nicht mehr erhaltene) Werke aus der Yayoi-Zeit, die Einfuhr der Analekten des Konfuzius und anderer konfuzianischer Klassiker der Han-Zeit gegen Ende der Yayoi-Zeit erwähnt. Chinesische Quellen, wie das Wei Zhi, datieren die Bekanntheit wenigstens der Begrifflichkeit der konfuzianistischen Staatsphilosophie (wie etwa Menschlichkeit, bzw. Humanität, Weisheit, Loyalität, himmlisches Mandat, also die Legitimation von Herrschaft qua Befriedung, und kindliche Pietät) in Japan bereits wesentlich früher. Dabei wurden jedoch wesentliche klassisch konfuzianische Ideen ausgespart, die der zur Reichseinigung Japans benötigten Ideologie widersprachen, so z. B. die Pflicht zum Tyrannenmord im Falle ungerechter Herrschaft. Insofern entsprachen die japanischen Rezeptionstraditionen des chinesischen Konfuzianismus in weiten Teilen legalistischen Idealen.
Daoismus
Nach Ansichten von Historikern (u. a. Nelly Naumann) waren bereits in der Yayoi-Zeit philosophische Grundlagen daoistischer Kosmogonie bekannt und auch in die staatstragenden, aber erstmals impersonalisierten und damit rationalisierten, Mythen eingebunden, die sich später ebenfalls im Kojiki und Nihonshoki wiederfinden. So heißt es im Kojiki: „Als die ursprüngliche Materie gerann, aber Atem und Form noch nicht hervortraten, gab es weder Bezeichnungen, noch Handlungen (ch. wu ming wu wei)“Zitiert nach Gregor Paul 1993, S. 51. Die Begriffe „Bezeichnungsloses“ (wu ming) und „Nichthandeln“ (wu wei) finden sich bereits in den frühen daoistischen Klassikern Daodejing und Zhuangzi. Darüber hinaus hatten daoistische Ideen aber noch keine weitere Relevanz für die Philosophie in Japan. Erst seit dem 7. Jahrhundert erhielten sie eine stärkere Bedeutung in diesem Kontext.
Kofun- und Asuka-Zeit (552–710) Buddhismus
Der (chinesische) Buddhismus (allen voran der Mahayana-Buddhismus) war und ist eine der wichtigsten Quellen für die in Japan entstandenen philosophischen Konzepte, insbesondere in den Disziplinen der Logik, der Philosophie des Geistes, der Ästhetik, der Ethik und der Ontologie, wobei sich die buddhistische Philosophie, (zumindest in den Sachfragen) unabhängig vom reinen Glauben, allen voran den Konzepten von den drei Daseinsmerkmalen, den vier edlen Wahrheiten, dem achtfachen Pfad und dem Entstehen in Abhängigkeit widmete. Die dabei entwickelten Theorien waren durch eine Orientierung an der überwiegend religiös motivierten Lebenspraxis bestimmt. Das religiöse Element sollte dann später, ab der Heian-Zeit, die innerhalb des Buddhismus in Japan geführten Diskurse jedoch dominieren.
Die inoffizielle Einführung des Buddhismus in Japan begann spätestens mit seiner Etablierung am Yamato-Hof der Kofun-Zeit durch koreanische Siedler aus Paekche. Der mit universalem Geltungsanspruch und dennoch tolerant auftretende Buddhismus war, wie auch alle anderen religiös-philosophischen Traditionen, ebenfalls in die philosophisch legitimierte Einigung des japanischen Reichs miteinbezogen (so zum Beispiel, zusammen mit konfuzianistischen Vorstellungen, in der 17-Artikel-Verfassung des Kronprinzen Shōtoku).
Daraus, sowie aus der spezifischen Form des erstmals in Japan praktizierten Buddhismus, eines dem traditionellen Volksglauben ähnlichen, magischen Ritualbuddhismus, erklärt sich die charakteristische Weise der alten japanischen Denker, weniger Wert auf einander ausschließende und miteinander rivalisierende, konsistente, aber abstrakte Theorien zu legen, sondern im Disput die jeweils umfassendere und mit bereits etablierten Ideen am meisten harmonisierende zu bevorzugen. Daraus resultierte dann auch die schnelle Identifizierung bislang einheimischer, lokaler Gottheiten (den kami) mit den Buddhas im sogenannten Shinbutsu-Shūgō.
Unter Kimmei-tennō wurde der Buddhismus dann in der Asuka-Zeit auch offiziell in Japan eingeführt. Er wurde in diesem Kontext konsequent weiter zu einer staatstragenden Religion ausgebaut. Entsprechende Lehren, Doktrinen und auch Philosophien wurden unterstützt.
Konfuzianismus, Legalismus und Yin-Yang In den letzten Jahrzehnten der Asuka-Zeit begann die Taika-Reform und mit ihr die Einführung des Systems der Ritsuryō, in dem erstmals detailliert Rechtsnormen in Japan schriftlich fixiert und vereinheitlicht wurden und das sich bis in die Nara-Zeit fortsetzte. Zentraler Gedanke dieser politisch-rechtlichen Reformen war die Einigung des Reiches unter einem alleinigen Herrscher (Tennō), die Abschaffung bzw. Schwächung des alten Adels unter Ersetzung durch ein allgemeines Beamtentum, sowie die Umsetzung der Prinzipien von Strafe und Belohnung für alle staatstragenden Tugenden mittels einer totalen Herrschaft des Gesetzes einerseits und Legitimation und Effizienz von Herrschaft und Verwaltung durch gewollte Kritik (jap. kan, chin. jian) und methodisches Misstrauen andererseits. Wiewohl auch die wenigsten dieser Forderungen tatsächlich langfristig umgesetzt wurden, bewiesen diese klar an Konfuzianismus und Legalismus ausgerichteten staatsphilosophischen und ethischen Konzepte für die weitere philosophischen Erörterungen in der japanischen Geschichte dennoch Relevanz. Bis zur Auseinandersetzung mit dem Neokonfuzianismus in der Edo-Zeit wurden diese philosophischen Ideen auch größtenteils, im Gegensatz zum Diskurs innerhalb des Buddhismus, unkritisch übernommen.
Schon die oben erwähnte 17-Artikel-Verfassung (traditionell datiert auf 604, also vor der Taika-Reform) argumentiert für die Idee eines durch solche Ideale gestützten universalen Staates und gebraucht dafür klassische konfuzianistische Termini technici, so z. B. „Wohlwollen“ bzw. „Menschlichkeit/Humanität“ (jap. jin, chin. ren), „formvollendete Sitte“ (jap. rei, chin. li), „Rechtlichkeit“ (jap. gi, chin. yi), „Weisheit“ (jap. chi, chin. zhi), „Vertrauenswürdigkeit“ (jap. shin, chin. xin), „Loyalität“ (jap. chū, chin. zhong) und „Harmonie“ (jap. wa, chin. he). Zitiert und paraphrasiert werden in der Verfassung u. a. die gemeinhin als konfuzianistisch geltenden chinesischen Schriften Lun Yu, Li Ji, Xun Zi, Zuo Zhuan, Shu Jing, Shi Jing, Xiao Jing, Zhong Yong, Han Shu und Qian Zi Wen. Eine weitere tragende Idee ist die des „gewöhnlichen Menschen“ (jap. bombu oder tadabito), mit der für die Plausibilität und Möglichkeit der Umsetzung eines Harmonie-Prinzips argumentiert wird.