Der Zyprische Fußballpokal 1945/46 war die neunte Austragung des zyprischen Pokalwettbewerbs. Er wurde vom zyprischen Fußballverband ausgetragen. Das Finale fand am 14. April 1946 im GSP-Stadion von Nikosia statt.
Pokalsieger wurde Titelverteidiger EPA Larnaka. Das Team setzte sich wie im Vorjahr im Finale gegen APOEL Nikosia durch.
Alle Begegnungen wurden in einem Spiel ausgetragen. Bei unentschiedenem Ausgang wurde das Spiel um zweimal 15 Minuten verlängert. Stand danach kein Sieger fest, folgte ein Wiederholungsspiel auf des Gegners Platz.
Teilnehmer First Division (6) EPA Larnaka AEL Limassol APOEL Nikosia Olympiakos Nikosia Lefkoşa Türk SK Pezoporikos Larnaka
Viertelfinale Die Spiele fanden am 3. Februar 1946 statt.
Wiederholungsspiel
Halbfinale
Finale
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