oxDNA ist ein Framework zur Modellierung von Molekulardynamik-Simulationen. Es wurde von einer Forschungsgruppe der Oxford University erstellt. Anders als bei All-Atom-Modellen verfolgen die Entwickler eine coarse-grained Strategie bei oxDNA.
Benutzung Eine Simulation kann nach Installation des oxDNA packages über den Befehl path/to/oxDNAexecutable input_file gestartet werden. Alle relevanten Informationen zur Simulation können im input_file spezifiziert werden. Jede Simulation benötigt jedoch stets ein Topologie File und ein Configuration File, dessen Pfade oxDNA aus dem input_file liest. Weitere Informationen finden sich auf der Dokumentationsseite des Herstellers.
Tools zur Analyse & Integration
oxDNA-analysis-tools – verschiedene Analysemethoden für oxDNA Simulationen tacoxdna – Datenkonvertierung zu oxDNA-Inputformat (.top & .oxdna) oxDNA-viewer – Visualisierung oxDNA-handy-scripts – sequenzspezifische Benutzung von tacoxdna
Anwendungsbereiche
cadnano – Erstellung von DNA-origami Strukturen, welche nach Umwandlung durch tacoxdna simuliert werden können Molekulardynamik-Simulationen Monte-Carlo-Simulation
Einzelnachweise
Kategorie:Simulationssoftware Kategorie:Desoxyribonukleinsäure Kategorie:RNA