Ein inverted repeat (engl. für ‚umgekehrte Wiederholung‘) ist eine Nukleotidsequenz in einer doppelsträngigen Nukleinsäure, die sich auf dem anderen Strang in umgekehrter Reihenfolge wiederholt. Aufgrund der Basenpaarung kommt ein inverted repeat strangabwärts auf demselben Strang revers komplementär vor. Befinden sich die inverted repeats an beiden 5'- oder beiden 3'-Enden einer doppelsträngigen Nukleinsäure, werden sie als inverted terminal repeats oder terminal inverted repeats (TIRs) bezeichnet.
Eigenschaften Inverted repeats werden von manchen Viren wie Retroviren oder das Adeno-assoziierte VirusD. M. McCarty: Self-complementary AAV vectors; advances and applications. In: Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy. Band 16, Nummer 10, Oktober 2008, S. 1648–1656, , PMID 18682697. zur Insertion des viralen Genoms in das Genom des Wirts verwendet. Daneben kommen sie bei Insertionssequenzen, TransposonsI. Ammar, Z. Izsvák, Z. Ivics: The Sleeping Beauty transposon toolbox. In: Methods in molecular biology. Band 859, 2012, S. 229–240, , PMID 22367875. und Miniature Inverted-repeat Transposable ElementsI. Fattash, R. Rooke, A. Wong, C. Hui, T. Luu, P. Bhardwaj, G. Yang: Miniature inverted-repeat transposable elements: discovery, distribution, and activity. In: Genome. Band 56, Nummer 9, September 2013, S. 475–486, , PMID 24168668. vor. Weiterhin kommen inverted repeats – allerdings ohne Nukleotide dazwischen – in den palindromischen Erkennungssequenzen von Restriktionsendonukleasen des Typs II vor. Teilweise kommen inverted repeats als tandem repeats in mehrfachen Wiederholungen in einer Nukleotidsequenz vor.
mini|Mechanismus der Rekombination mit inverted repeats Inverted repeats sind oftmals ein Ort für Rekombination,A. G. Tsai, M. R. Lieber: Mechanisms of chromosomal rearrangement in the human genome. In: BMC genomics. Band 11 Suppl 1, Februar 2010, S. S1, , PMID 20158866, . teilweise durch Ausbildung von Sekundärstrukturen wie Haarnadelstrukturen oder kreuzförmigen Strukturen.I. Voineagu, V. Narayanan, K. S. Lobachev, S. M. Mirkin: Replication stalling at unstable inverted repeats: interplay between DNA hairpins and fork stabilizing proteins. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 105, Nummer 29, Juli 2008, S. 9936–9941, , PMID 18632578, . Weiterhin sind sie an der Genamplifikation beteiligt und erhöhen dadurch die evolutionäre Anpassungsfähigkeit.C. T. Lin, W. H. Lin, Y. L. Lyu, J. Whang-Peng: Inverted repeats as genetic elements for promoting DNA inverted duplication: implications in gene amplification. In: Nucleic acids research. Band 29, Nummer 17, September 2001, S. 3529–3538, PMID 11522822, . Gleichzeitig sind sie aber auch eine Quelle für Mutationen, die in Gendefekten resultieren können.J. J. Bissler: DNA inverted repeats and human disease. In: Frontiers in bioscience : a journal and virtual library. Band 3, März 1998, S. d408–d418, PMID 9516381.
Datenbanken für inverted repeats sind beispielsweise non-B DB,R. Z. Cer, D. E. Donohue, U. S. Mudunuri, N. A. Temiz, M. A. Loss, N. J. Starner, G. N. Halusa, N. Volfovsky, M. Yi, B. T. Luke, A. Bacolla, J. R. Collins, R. M. Stephens: Non-B DB v2.0: a database of predicted non-B DNA-forming motifs and its associated tools. In: Nucleic acids research. Band 41, Database issueJanuar 2013, S. D94–D100, , PMID 23125372, . Inverted Repeats Database,Y. Gelfand, A. Rodriguez, G. Benson: TRDB–the Tandem Repeats Database. In: Nucleic acids research. Band 35, Database issueJanuar 2007, S. D80–D87, , PMID 17175540, . P-MITE,P-MITE: a Plant MITE databaseJ. Chen, Q. Hu, Y. Zhang, C. Lu, H. Kuang: P-MITE: a database for plant miniature inverted-repeat transposable elements. In: Nucleic acids research. Band 42, Database issueJanuar 2014, S. D1176–D1181, , PMID 24174541, . EMBOSSP. Rice, I. Longden, A. Bleasby: EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite. In: Trends in genetics : TIG. Band 16, Nummer 6, Juni 2000, S. 276–277, PMID 10827456. und Palindrome Analyser,Palindrome analyserV. Brázda, J. Kolomazník, J. Lýsek, L. Hároníková, J. Coufal, J. Št'astný: Palindrome analyser - A new web-based server for predicting and evaluating inverted repeats in nucleotide sequences. In: Biochemical and biophysical research communications. Band 478, Nummer 4, 09 2016, S. 1739–1745, , PMID 27603574.
Beispiel 5’-TTACGnnnnnnCGTAA-3’ 3’-AATGCnnnnnnGCATT-5’
Einzelnachweise
Kategorie:Nukleinsäure