Die Football League Third Division 1998/99 war die siebte Saison der Football League Third Division als nur noch vierthöchste englische Fußballliga und 41. Viertligaspielzeit insgesamt.
Die drei bestplatzierten Vereine FC Brentford, Cambridge United und Cardiff City stiegen direkt in die Football League Second Division auf. Die Vereine auf den Plätzen vier bis sieben ermittelten im Play-off-Modus den vierten Aufsteiger. Hierbei setzte sich der Scunthorpe United durch.
FC Scarborough stieg als Tabellenletzter in die Football Conference und wurde in der folgenden Saison durch den Meister der Football Conference, Cheltenham Town ersetzt. __TOC__ Abschlusstabelle
Platzierungskriterien: 1. Punkte – 2. geschossene Tore – 3. Gegentore
(A) Absteiger aus der Football League Second Division 1997/98 (N) Neuaufsteiger aus der Football Conference
Play-off-Runde
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#1998/99 Kategorie:Fußballsaison 1998/99