mini|hochkant=1.5|Gliederung des Einzugsgebietes, Gewässerkennzahlen in Rot Allgemein bekannt am Flusssystem der Weser sind die beiden Quellflüsse Werra und Fulda. Ein weiteres Merkmal ist das Gewicht ihres größten Nebenflusses, der Aller.
Einzugsgebiet Im Gebiet des wasserreicheren aber kürzeren Quellflusses Fulda ist deren größter Nebenfluss Eder wasserreicher und etwas länger als die Fulda oberhalb der Edermündung.
Das Einzugsgebiet der Aller ist größer als das von Werra und Fulda zusammen und größer als die Summe aus dem Gebiet eines dieser Quellflüsse und Teileinzugsgebiet der Weser vom Zusammenfluss in Hann. Münden bis zur Allermündung. Das Allergebiet enthält mit der Leine den nach Weser und Werra namentlich längsten Fluss des Wesersystems und von der Quelle der Oker bis zur Allermündung den längsten Fließweg bis zur Weser. Einzugsgebiet und Abfluss der Leine sind größer als die der Werra.
Die größten Teil-Einzugsgebiete:
– nach Größe geordnet, aber die meisten Flächen kommen in mehreren Beträgen vor – Weser oberhalb der Allermündung mit Werra und Fulda, 22 203,34 km² Aller gesamt, 15 721,01 km² Werra und Fulda zusammen, 12 443,59 Weser von Hann. Münden bis zur Allermündung, 9 759,75 km² Weser unterhalb der Allermündung, 8 353 km² Aller oberhalb der Leinemündung, 7 442,71 km² Fulda gesamt, 6 946,59 km² Leine, 6 517,35 km² Werra, 5 497 km² Eder gesamt, 3 361 Fulda oberhalb der Edermündung, 2 996 km² Hunte, 2 785 km² Lesum, 2 188 km² Eder oberhalb der Schwalmmündung, 1 827 km² Oker, 1 822 km² Diemel, 1 762 km² Aller oberhalb der Okermündung, 1 708 km²
Flachland:
In den Niederungsgebieten und Marschländern an der Weser und ihren Nebenflüssen nördlich der Porta Westfalica wurden komplizierte Gewässernetze zur Ent- aber auch Bewässerung geschaffen. Hier, aber auch oberhalb des Abgangs der Else von der Hase, lassen sich einige Flächen nicht eindeutig dem einen oder anderen (Teil-)Einzugsgebiet zuordnen.
Gewässernetz mini|center|848px|Flüsse im Flusssystem der Weser blau, außerhalb blaugrau Die Weser, ihre Quellflüsse und wichtigsten Nebenflüsse und deren wichtigste Nebenflüsse ab 25 km Länge oder 100 km² Einzugsgebiet Darstellungsweise: Reihenfolge flussaufwärts Ein Gewässer mündet in denjenigen der darüber aufgelisteten Flussläufe,dessen Name über der Angabe der Einmündungsseite („rechts“/„links“) des mündenden Gewässers beginnt. Pfeile sind flussabwärts gerichtet und stehen vor geografisch oberen Teilen eines schon vorher erwähnten Flusslaufs. Wasserläufe die als Abzweigung aus einem größeren Gewässer beginnen, sind doppelt eingetragen (sofern sie nicht das Flussgebiet verlassen): bei dem Gewässer, aus dem sie abzweigen, blau unterlegt bei dem Gewässer, in das sie münden, blaugrau unterlegt Längenangaben nach Schrägstrich beziehen sich auf den Flusslauf nach amtlicher Einteilung im Gegensatz zur traditionellen Verwendung des Namens,oder auf den naturwissenschaftlich längsten Fließweg im Gegensatz zum amtlich definierten Fluss. Entfernungsangabe einer Mündung, Abzweigung oder Quelle: I = von der hydrografischen Wesermündung II = von der Mündung eines Primärnebenflusses in die Weser III, IV, V, VI = von der jeweils ranghöheren Mündung eines Nebenflusses eines Nebenflusses Q, O = von der Quelle oder einem anders gearteten oberen Ende eines Vorfluters; Q–II, O–S = Abstand der Quelle von der Mündung in die Weser, des hinteren Endes vom Siel H = in Fulda (statt II) und Werra von deren Zusammenfluss in Hann. Münden