Gene Expression Omnibus (GEO) ist eine Biochemie-Onlinedatenbank des National Center for Biotechnology Information, die Daten aus Genexpressionsanalysen aufführt.R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash: Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository. In: Nucleic acids research. Band 30, Nummer 1, Januar 2002, S. 207–210, . PMID 11752295. .T. Barrett, S. E. Wilhite, P. Ledoux, C. Evangelista, I. F. Kim, M. Tomashevsky, K. A. Marshall, K. H. Phillippy, P. M. Sherman, M. Holko, A. Yefanov, H. Lee, N. Zhang, C. L. Robertson, N. Serova, S. Davis, A. Soboleva: NCBI GEO: archive for functional genomics data sets–update. In: Nucleic acids research. Band 41, Database issueJanuar 2013, S. D991–D995, . . PMID 23193258. .
Der Gene Expression Omnibus listet unter anderem Rohdaten aus RNA-Seq und Microarrays, welche in Hochdurchsatzverfahren erzeugt wurden. Die Rohdaten aus Microarrays erfüllen die MIAME-Kriterien (von minimum information about a microarray experiment).A. Brazma, P. Hingamp, J. Quackenbush, G. Sherlock, P. Spellman, C. Stoeckert, J. Aach, W. Ansorge, C. A. Ball, H. C. Causton, T. Gaasterland, P. Glenisson, F. C. Holstege, I. F. Kim, V. Markowitz, J. C. Matese, H. Parkinson, A. Robinson, U. Sarkans, S. Schulze-Kremer, J. Stewart, R. Taylor, J. Vilo, M. Vingron: Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data. In: Nature genetics. Band 29, Nummer 4, Dezember 2001, S. 365–371, . . PMID 11726920. Diese GEO-Daten sind frei zugänglich und funktionell konnotiert und werden von GEO-Mitarbeitern als GeoDatasetRecords (GDS-Format) formatiert. Daraus können Profile einzelner Gene extrahiert werden.
Weblinks Gene Expression Omnibus database.
Einzelnachweise
Kategorie:Biochemie-Onlinedatenbank