Die Liste der Vorsteher des Klosters Sankt Emmeram umfasst die ersten 13 Bischöfe von Regensburg, denen als „Eigenherren“ von 739 bis 975 auch das Kloster unterstand, anschließend 55 bzw. 54 „selbständige“ Äbte – darunter Pabo mit zwei Amtszeiten – in den Jahren 975 bis 1725 und ab 1725 bis 1802 vier Fürstäbte, die Reichsunmittelbarkeit genossen. Im Dezember 1802 wurde die Fürstabtei an den Reichserzkanzler Karl Theodor von Dalberg abgetreten. 1810 erfolgte die Abtretung des Stifts an das Königreich Bayern und damit auch die Aufhebung der Abtei, die sich jedoch bis 1813 hinzog.
25px Bischöfe von Regensburg: Gaubald 739–761 Sigerich 762–768 Sintpert 768–791 Adalwin 791–816 Baturich 817–847 Erchanfried 847–864 Ambricho ca. 864–891 Aspert 891–893 Tuto 893–930 Isangrim 930–941 Gunther 942 Michael 942–972 Wolfgang 972–975
25px Äbte: Ramwold 975–1000 Wolfram 1001–1006 Richolf 1006–1028 Hartwich 1028–1029 Burkhard 1030–1037 Ulrich I. 1037–1042 Erchanbert 1042–1043 Peringer I. 1044–1048 Reginward 1048–1060 ? Eberhard I. ca. 1060–1068 Rupert 1068–1095 Pabo 1095–ca. 1106 Reginhard ca. 1106–1129? Engelfrid 1129–1142 Pabo (2. Mal) 1142–1143 Berthold I. 1143–1149 Adalbert I. 1149–1177 Peringer II. 1177–1201 Eberhard II. 1201–1217 Ulrich II. 1217–1219 Berthold II. 1219–1235 Wulfing ca. 1235–ca. 1247 Ulrich III. 1247–1263 Friedrich I. von Theuern 1263–1271 Ulrich IV. von Prunn 1271 Haimo 1272–1275 Wolfgang I. Sturm 1275–1279 Wernher 1279–1292 Karl 1292–1305 Heinrich von Winzer 1305–1312 Baldwin Kötzl 1312–1324 Adalbert II. (Albert) von Schmidmühlen 1324–1358 Alto von Tannstein 1358–1385 Friedrich II. von Weidenberg 1385–1395 Johannes I. Hauner 1395–1402 Ulrich von Pettendorf 1402–1423 Wolfhard Strauß 1423–1452 Hartung Pfersfelder 1452–1458 Konrad Pebenhauser 1459–1465 Michael Teuer 1465–1471 Johannes II. Tegernpeck 1471–1493 Erasmus I. Münzer 1493–1517 Ambrosius I. Münzer 1517–1535 Leonhard Pfenningmann 1535–1540 Erasmus II. Nittenauer 1540–1561 Blasius Baumgartner 1561–1575 Ambrosius II. Mayrhofer 1575–1583 Hieronymus I. Weiß 1583–1609 Hieronymus II. Feury 1609–1623 Johannes III. Nablaß 1623–1639 Placidus Judmann 1639–1655 Coelestin I. Vogl 1655–1691 Ignatius von Trauner 1691–1694 Johannes IV. Baptist Hemm 1694–1719 Wolfgang II. Mohr 1719–1725
25px Fürstäbte: Anselmus Goudin von Tampezo 1725–1742 Johann V. Bapt. Kraus 1742–1762 Frobenius Forster 1762–1791 Coelestin II. Steiglehner 1791–1802, † 1819
Sankt Emmeram