mini|450px|Struktur von SYPRO Orange. Laut Patent ist m = 2 – 10, n = 3 – 4, laut Kroeger et al. ist m = 6 und n = 3.T. Kroeger, B. Frieg, T. Zhang, F. K. Hansen, A. Marmann, P. Proksch, L. Nagel-Steger, G. Groth, S. H. Smits, H. Gohlke: EDTA aggregates induce SYPRO orange-based fluorescence in thermal shift assay. In: PLOS ONE. Band 12, Nummer 5, 2017, S. e0177024, , PMID 28472107, .
SYPRO Orange ist ein Fluoreszenzfarbstoff vom Merocyanin-Typ,Aleksandr Petrovich Demchenko: Advanced Fluorescence Reporters in Chemistry and Biology III: Applications in Sensing and Imaging Band 3 von Advanced Fluorescence Reporters in Chemistry and Biology. Springer 2011. ISBN 9783642180354. S. 179ff. der im Zuge einer Proteincharakterisierung zur Proteinfärbung verwendet wird, meistens in einer SDS-PAGE.T. H. Steinberg, L. J. Jones, R. P. Haugland, V. L. Singer: SYPRO orange and SYPRO red protein gel stains: one-step fluorescent staining of denaturing gels for detection of nanogram levels of protein. In: Analytical biochemistry. Band 239, Nummer 2, August 1996, S. 223–237, . . PMID 8811914.S. Gallagher, D. Chakavarti: Staining proteins in gels. In: Journal of visualized experiments : JoVE. Nummer 17, 2008, . . PMID 19066521. .
Eigenschaften SYPRO Orange bindet wie auch sein Analogon SYPRO Red selektiv an Proteine über 6,5 Kilodalton (auch Glykoproteine) in SDS-Micellen, nicht jedoch an DNA oder Lipopolysaccharide.T. H. Steinberg, R. P. Haugland, V. L. Singer: Applications of SYPRO orange and SYPRO red protein gel stains. In: Analytical biochemistry. Band 239, Nummer 2, August 1996, S. 238–245, . . PMID 8811917. SYPRO Orange ist gemäß Verordnung (EG) Nr. 1272/2008 (CLP) nicht als gefährlich eingestuft, da seine Toxizität und Mutagenität aufgrund der geringen Produktionsmenge unbekannt ist. Das Absorptionsmaximum liegt bei λ = 470 nm, die Emission ist bei λ = 569 nm maximal.Harvey, P. H. & Pagel, M. D. The comparative method in evolutionary biology. Oxford University Press, Oxford (1991). Die Sensitivität bei SDS-PA-Gelen liegt mit SYPRO Orange bei etwa 4–8 ng Protein,Molecular Probes / Life Technologies: SYPRO Orange and SYPRO Red Protein Gel Stains. 2003. PDF. also etwas schlechter als bei der Silberfärbung. Aufgrund der Fluoreszenz besitzt die SYPRO Orange-Färbung bei einer Mengenabschätzung im Vergleich zur Silberfärbung oder Coomassie einen größeren linearen dynamischen Bereich, d. h. eine bessere Korrelation zwischen der Proteinmenge und der Signalintensität. SYPRO Orange eignet sich nicht zur Färbung von Proteinen auf Western Blots, 2D-Gelen oder IEF-Gelen. Im Gegensatz zur Silber- und Coomassie-Färbung werden zur Fixierung vor einer Färbung zwar auch Essigsäure, aber keine Alkohole wie Methanol oder Ethanol verwendet, da SYPRO Orange zur Färbung auf die Anwesenheit von SDS angewiesen ist. SYPRO Orange wird als 10 mM Lösung in Dimethylsulfoxid geliefert.T. H. Steinberg: Protein gel staining methods: an introduction and overview. In: Methods in enzymology. Band 463, 2009, S. 541–563, , PMID 19892191.
Einzelnachweise
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