Handlung Teil 1 Zu Beginn der fünften Staffel ist Walter White damit beschäftigt, sämtliche Indizien loszuwerden, die ihn mit dem Mord an Gus Fring in Verbindung bringen könnten, u. a. die Materialien zur Herstellung der Rohrbombe und die Maiglöckchen, mit denen er Brock vergiftet hatte, um gegenüber Jesse Pinkman Gus Fring die Schuld zuzuschieben. Mike Ehrmantraut lässt sich dazu überreden, zusammen mit Walter und Jesse das Drogengeschäft neu aufzuziehen. Seine Beziehungen und Kenntnisse aus dem Kartell von Gus helfen dabei; gleichzeitig sieht er sich in der Pflicht, die inhaftierten früheren Mittäter, die als Mitwisser eine Gefahr darstellen, auszuzahlen und so ruhig zu stellen. Gus’ Laptop, auf dem Videoaufzeichnungen aus dem „Superlabor“ vermutet wurden, wird trotz Aufbewahrung in einer Asservatenkammer vor den Augen der Polizei zerstört. Lydia Rodarte-Quayle, Logistikchefin bei Madrigal Electromotive GmbH, willigt nur zögerlich ein, weiterhin den Rohstoff zur Herstellung des Methamphetamins zu liefern, die sie über die Firmenvertriebskanäle leitet. Saul Goodman schlägt verschiedene neue Produktionsstandorte vor; ausgewählt wird schließlich der Schädlingsbekämpfungsbetrieb Vamonos Pest. Dieser räuchert Schädlinge aus Familienhäusern aus, wobei die Häuser für eine bestimmte Zeit von ihren Bewohnern verlassen und zeltartig verpackt werden. Die verlassenen Häuser werden mithilfe eines mobilen Labors zur Methamphetamin-Produktion genutzt.
Skyler White ist davon überzeugt, dass sich Walter trotz Gus’ Ableben weiterhin in Gefahr befindet. Aufgrund ihrer Angst um sich und ihre Kinder bittet sie ihre Schwester Marie darum, die Kinder aufzunehmen. Als Grund schiebt sie Beziehungsprobleme zwischen sich und Walter vor. Ihr Plan ist, auf die Rückkehr von Walters Krebs zu warten.
Das zur Herstellung des Methamphetamin genutzte Methylamin besorgen sich Walter, Jesse und Mike, indem sie mit Unterstützung des Vamonos-Pest-Teams einen Güterzug berauben und den entnommenen Teil dieser Chemikalie im Kesselwagen durch Wasser ersetzen. Todd, einer der Vamonos-Pest-Mitarbeiter, erschießt dabei ein zufällig am Tatort auftauchendes Kind. Aufgrund verschiedener Umstände entschließen sich Jesse und Mike, vollständig aus dem Methamphetamin-Geschäft auszusteigen. Beide wollen ihren Teil des geraubten Methylamin zu je 5 Mio. US-Dollar an den Methamphetamin-Drogenboss Declan aus Phoenix verkaufen. Declan jedoch verlangt das gesamte geraubte Methylamin, um ein Monopol zu bilden. Dies ermöglicht es Walter, den Verkaufsplan von Jesse und Mike zu durchkreuzen, indem er den Verkauf seines Anteils verweigert. Aufgrund seines Rufs als Heisenberg gelingt es ihm, stattdessen mit Declan einen Handel zu schließen, der eine ordentliche Abfindung für Mike vorsieht. Obwohl Walter sich weigert, Jesse seinen Anteil auszuzahlen, steigt dieser ungeachtet seines finanziellen Verlusts aus. Todd übernimmt Jesses Stelle als Assistenzkoch.
Ein von Mike beauftragter Anwalt, der die Geldzahlungen an die Angehörigen der inhaftierten Mitwisser von Gus ehemaligem Drogenkartell über Bankschließfächer durchführt, wird verhaftet. Damit wird der Geldfluss so unterbrochen, dass den Inhaftierten für den Moment keine Anreize mehr gesetzt sind zu schweigen, was für Walter gefährlich werden könnte.
Als der Ermittlungsfokus der DEA sich immer mehr auf Mike konzentriert, entscheidet dieser sich, für immer unterzutauchen. Dies bedeutet zudem, dass er keine weiteren Anstrengungen unternehmen wird, die Angehörigen der Inhaftierten weiterhin mit Geld zu versorgen oder anderweitig zum Schweigen zu bringen. Mike weigert sich, die Namen der inhaftierten Mitwisser preiszugeben und wirft Walt vor, ein unverbesserlicher Egoist zu sein, der alles zerstört, was er anfasst. Walt ist beleidigt und erschießt ihn im Affekt.
Walter erfährt die Namen der betreffenden Inhaftierten schließlich von Lydia und beauftragt Todds Onkel Jack, über seine Verbindungen in die Haftanstalten die Mitwisser nahezu gleichzeitig ermorden zu lassen. Mit Hilfe von Lydia wird das Methamphetamin über das Unternehmen Madrigal nach Tschechien exportiert. Dabei häuft Walter eine außergewöhnlich große Menge Bargeld an, welche er stets an Skyler weiterreicht, die immer noch für ihn über die Autowaschanlage die Geldwäsche betreibt. Schließlich bekommt Jesse nun doch seinen 5-Millionen-Anteil an dem Methylamin-Raub und Walter steigt endgültig aus dem Drogengeschäft aus.
Monate später lebt die Familie White wieder vereint unter einem Dach. Alles scheint in ruhigen Bahnen zu verlaufen – bis Hank bei einem Besuch auf der Toilette durch Zufall das Buch Leaves of Grass von Walt Whitman mit einer Widmung von Gale Boetticher findet. Hank erkennt nun anhand dieses Indizes, dass Walter Heisenberg sein muss.
Bereits zu Beginn der fünften Staffel wurde in Form einer Vorausschau gezeigt, wie Walter an seinem 52. Geburtstag in einem Diner illegal ein M60 erwirbt.
Teil 2 Hank nimmt die Untersuchung des Falls Fring wieder auf. Es kommt zur Konfrontation zwischen Walter und Hank, bei der es weder Hank gelingt, Walter zur Aufgabe zu bewegen, noch Walter, Hank ruhigzustellen. Hank, der für Walters Schuld nur ein Indiz, aber keinen Beweis oder Zeugen hat, wendet sich daher nun an Skyler. Da diese aber mit Walter kooperiert, verweigert sie gegenüber Hank die Aussage. Walter vergräbt derweil sein Geld in der abgelegenen Wüste und notiert sich die GPS-Koordinaten des Verstecks in Form eines Lotterieloses.
Um Hanks Ermittlungen zu beenden und einen „Waffenstillstand“ innerhalb der Familie zu erzwingen, dreht Walter ein Geständnisvideo. Anstelle eines tatsächlichen Geständnisses stellt Walter darin Hank als eigentlichen Kopf (Heisenberg) der Drogenoperation dar und sich selbst als genötigten Handlanger. Einen Datenträger mit diesem Video übergeben Walter und Skyler Hank und Marie an einem neutralen Ort. Hank lässt sich jedoch auch durch diese Drohung nicht von seinem Ziel abbringen, Walter zu Fall zu bringen.
Lydia veranlasst die Ermordung des Drogenbosses Declan und seiner Männer durch Todd und die „Aryan Brotherhood“-Gang seines Onkels Jack. Diese Gang übernimmt nun die Drogenproduktion; Todd nutzt seine Kochkenntnisse, die er als Walters Gehilfe erworben hat, erreicht aber weder den Reinheitsgrad noch die blaue Farbe.
Der an Depressionen leidende Jesse wirft sein Geld bündelweise aus dem fahrenden Auto in Vorgärten eines ärmlichen Stadtviertels. Nachdem seine Fahrt abseits der Straße geendet hat, wird er in Polizeigewahrsam genommen und verhört. Bei der Vernehmung schweigt Jesse jedoch. Hank, der im Geheimen vor der DEA weiter ermittelt, nutzt die Gelegenheit, im Einzelgespräch mit Jesse sein Wissen über Walter mitzuteilen und eine Kronzeugenregelung anzubieten, auf die Jesse nicht eingeht. Schließlich erreicht Jesses Anwalt Saul den Vernehmungsraum und nimmt Jesse mit. Jesse will nun untertauchen und mithilfe Sauls Beziehungen ein neues Leben woanders beginnen. Durch Zufall begreift er, dass Walter doch die Verantwortung für Brocks Vergiftung trägt. Daraufhin versucht er, Walters Haus in Brand zu stecken, wird jedoch von Hank abgehalten.
Hank kann Jesse davon überzeugen, gemeinsam gegen Walter vorzugehen, um dessen Inhaftierung zu erwirken. Jesse soll als Zeuge gegen Walter aussagen und legt gegenüber Hank und Steven Gomez, den Hank ins Vertrauen gezogen hat, unter Ausschluss der DEA ein Geständnis auf Video ab. Währenddessen zieht Walter mit seiner Familie unter einem Vorwand in ein Hotel und vereinbart telefonisch mit Jesse ein Treffen. Das Treffen unter Aufsicht von Hank und Steven findet nicht statt, da Jesse am Treffpunkt eine von Walter gestellte Falle wittert. Jesse ruft stattdessen Walter von einer Telefonzelle aus an und droht ihm. Walter beauftragt Todds Onkel Jack und seine Gang daraufhin mit dem Mord an Jesse. Als Gegenleistung wird Walt ein letztes Mal Methamphetamin kochen.
Saul Goodmans Handlanger Huell, der Walter beim Sichern des Bargelds geholfen hat, wird von Hank und Steven Gomez mit einem gestellten Foto des angeblich toten Jesse dazu gebracht, Informationen zu Walters Vermögen herauszurücken. Das genaue Versteck kennt jedoch nur Walter. Mit den von Huell erhaltenen Informationen kann Hank Jesse veranlassen, Walter anzurufen und glaubhaft zu behaupten, er hätte das Versteck des Geldes gefunden und wolle es jetzt verbrennen. Daraufhin fährt Walter in Panik zu dem Versteck, und Hank folgt ihm dorthin. Als Walter am Versteck ankommt und die Finte offensichtlich wird, ruft er verzweifelt Jack zu Hilfe, teilt ihm die notierten Koordinaten mit, bläst die Aktion jedoch gleich wieder ab, als er Hank im Verfolgerauto erkennt. Hank als Familienmitglied ist für ihn tabu, weshalb er keine andere Möglichkeit sieht, als sich zu stellen. Walter lässt sich von Hank verhaften, was dieser telefonisch sofort Marie mitteilt. Jacks Gang taucht dennoch auf, und es kommt zu einem Schusswechsel, bei dem Gomez stirbt und Hank angeschossen wird. Walter versucht Jack zu überzeugen, Hank am Leben zu lassen und bietet dafür sein gesamtes Geld an. Jack erschießt Hank dennoch, woraufhin Walter zusammenbricht. Jack vermutet aufgrund von Walters exakten Koordinaten, dass dessen Geld dort vergraben liegt, und lässt es ausgraben. Eines der sieben Fässer, in dem sich etwa 11 Millionen US-Dollar in bar befinden, wird Walter überlassen. Dieser entdeckt Jesse unter seinem Auto und verlangt von der Gang, ihn wie vereinbart zu ermorden. Nach Todds Einwand, Jesse könne vor seinem Tod noch wichtige Informationen über den Kenntnisstand der Polizei liefern, wird dieser mit Walters Einverständnis zunächst am Leben gelassen und zum Abschied mit dessen Geständnis konfrontiert, dass er Janes Tod hätte verhindern können. Todds Rettung von Jesse geschieht nicht uneigennützig, da er ihn anschließend gefangen hält und dazu nutzt, wie von Lydia, zu der er sich hingezogen fühlt, gefordert die Qualität der Methamphetamin-Produktion zu verbessern.
Währenddessen klärt Marie, die Jesses Geständnis kennt, Skyler und Walter Jr. über die vermeintliche Verhaftung von Walter auf. Im Austausch gegen Kooperation bietet Marie an, Skyler vor Strafverfolgung zu beschützen. Als der in sein Haus zurückgekehrte Walter Skyler durch seine Anwesenheit überrascht und zum Fliehen bewegen will, eskaliert die Lage, als sie daraus auf den Tod Hanks schließt. Dies bekommt auch Walter Junior mit, der nach einem Handgemenge, bei dem Skyler Walter mit einem Küchenmesser verletzt, die Polizei ruft. Bei seiner anschließenden Flucht entführt Walter die gemeinsame Tochter Holly, die jedoch unterwegs an einer Raststätte, wo Walter ihr die Windeln wechselt, weinend nach ihrer Mutter ruft, woraufhin Walter Skyler über sein Mobiltelefon kontaktiert. Während die anwesende Polizei das Telefonat aufzeichnet, erhalten die anwesenden Personen, darunter auch Marie, die Gewissheit, dass Hank tot ist. Unter Tränen beschimpft Walter seine Frau am Telefon und entlastet sie, indem er betont, dass er allein für die illegalen Geschäfte verantwortlich sei und Skyler möglicherweise dasselbe Schicksal erleiden könne wie Hank, wenn sie ihm in die Quere komme. Nach dem Ende des Telefonats zerstört er sein Mobiltelefon – trotz gegenteiliger Aussage seiner Frau musste er davon ausgehen, das Gespräch werde überwacht – und setzt seine Tochter in einer Feuerwache aus.