Subgenomisch mRNA is messenger-RNA (mRNA) dat (veel) kleiner is dan de oorspronkelijke te transcriberen DNA-streng.
Tijdens transcriptie wordt de DNA-streng gelezen, en er wordt een RNA-'afdruk' van gemaakt. Subgenomisch mRNA wordt gemaakt als de transcriptie van de DNA-streng tijdens het aflezen op een gegeven moment een deel van het DNA overslaat en naar een punt verderop "springt". Dat springen gebeurt niet altijd op dezelfde plaats. Hierdoor ontstaan er subgenomische mRNA-strengen van verschillende lengte.Wu, Baodong & White, K.A. 2007. Uncoupling RNA virus replication from transcription via the polymerase: functional and evolutionary insights. The EMBO Journal. 26, 5120–5130
Doordat er op deze wijze verschillende mRNA-strengen zijn gevormd, ontstaan er tijdens de translatie verschillende eiwitten. Er is een deel dat bij de verschillende mRNA's gelijk is. Dat wordt de "geneste set" genoemd.Le TM, Wong HH, Tay FP, Fang S, Keng CT, Tan YJ, Liu DX. "Expression, post-translational modification and biochemical characterization of proteins encoded by subgenomic mRNA8 of the severe acute respiratory syndrome coronavirus." FEBS J. 2007 Aug;274(16):4211-22. Epub 2007 Jul 20.
GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCACGTTATATATACGTTATTTCTGCGCGGAAAAAAAAA - Originele streng
GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCACGTTATATATAC---------------AAAAAAAAA | GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCAC--------------------------AAAAAAAAA | = Subgenomisch mRNA. De streepjes (-) geeft de sprong aan. GCCGCCCCGTAT----------------------------------------AAAAAAAAA |
GCCGCCCCGTAT = Geneste set
Vóórkomen Deze complexe transcriptie vindt in het algemeen alleen bij virussen plaats en wel speciaal bij de enkelstrengs positief sens RNA-virussen of in het Baltimore Classificatie Systeem de Class IV virussen. Hierdoor kan de genetische informatie meer compact in het genetische materiaal voorkomen.Xu W, White KA. "Subgenomic mRNA transcription in an aureusvirus: Down-regulation of transcription and evolution of regulatory RNA elements." Virology. 2007 Nov 5
Overzicht van alle processen DNA — transcriptie → pre-mRNA — RNA-processing, splicing, RNA-editing of alternatieve splicing → mRNA — translatie → eiwit
Categorie:RNA