De Lijst van afleveringen van Stargate Atlantis bevat alle afleveringen van de Amerikaanse televisieserie Stargate Atlantis. Er zijn vijf seizoenen uitgezonden.
__NOTOC__
Seizoen 1 Rising - Atlantis wordt gevonden en er wordt een groep mensen naartoe gestuurd in de hoop meer te leren over de Ancient Technologie en levende Ancient te ontmoeten. Enkele miljoenen jaren geleden: 2 Ancients (Ouden) ontmoeten elkaar, een van hen is Ayiana. Zij kwam eerder voor in Stargate SG1 in seizoen 6 episode Frozen. De ander loopt weg en de stad Atlantis stijgt op van Antarctica (Zuidpool) terwijl alleen een klein gebouw met Ayiana achterblijft. In het heden: Dr. Elizabeth Weir leidt de mensen die research doen in de Antarctica outpost. Ze praat met Dr. Rodney McKay over de Ancient controlestoel en dat Dr. Carson Beckett er niet in wil zitten. Dr. Daniel Jackson roept hen en vertelt hun dat ze het Stargate-adres voor Atlantis hebben gevonden. Het adres heeft 8 symbolen in plaats van 7. Dat betekent dat Atlantis in een ander sterrenstelsel is. Ondertussen vliegt Generaal Jack O’Neill naar de outpost in een helikopter die bestuurd wordt door Majoor John Sheppard. In de basis wordt Beckett ondanks zijn protesten gedwongen om in de stoel te zitten. Hij activeert de stoel maar ook het Drone Wapen (Drone Weapon). De Drone vliegt naar de oppervlakte, recht op de helikopter van O’Neill af. Sheppard kan de Drone ontwijken totdat Beckett de Drone uitschakelt. Even later komen O’Neill en Sheppard de basis binnen en O’Neill praat met Jackson, Weir en McKay over Atlantis. Ze hebben ontdekt dat het adres hen naar de Pegasus galaxy leidt en dat ze een ZPM (Zero Point Module) nodig hebben om er te komen. Ondertussen kijkt Sheppard rond en praat met Beckett over de controlestoel en de Ancient Technology Activation gene (ATA gen), een speciaal gen waardoor sommige mensen controle hebben over Ancient technologie. Sheppard gaat in de stoel zitten en activeert de stoel met gemak. Later vertelt Weir aan O’Neill dat ze Sheppard bij haar missie naar Atlantis wil omdat hij het gen heeft. O’Neill praat met Sheppard en vertelt hem dat hij het moet doen. Sheppard doet het uiteindelijk en Weir is daar erg blij om. Kolonel Sumner is niet zo gelukkig als Weir. Sumner is de militaire baas op de expeditie en hij vindt dat Sheppard niet mee zou moeten gaan naar Atlantis. Sumner maakt Sheppard van het begin al duidelijk dat als het aan hem lag Sheppard niet mee zou gaan. Rising, Part 2 - Dr. Weir en haar team komen in Atlantis. Ze ontmoeten een nieuwe vijand. Hide and Seek - Hallings zoon Jinto is vermist geraakt toen hij met zijn vriendje verstoppertje aan het spelen was. Heel Atlantis is naar hem op zoek, maar zonder resultaat. Ondertussen wordt er door diverse Athosiers een vreemde schaduw gezien. McKay heeft zo zijn eigen problemen: hij draagt een apparaatje van de Ouden dat hem onkwetsbaar maakt, maar krijgt het niet meer af. Zolang hij het opheeft kan hij niet eten of drinken. Inmiddels onderzoekt Sheppard de kamer waar Jinto voor het laatst is gezien. Het blijkt geen opbergruimte te zijn, maar een lift/transporter. Jinto is zo in een andere kamer terechtgekomen. Hij biecht op dat hij aan de apparatuur daar heeft gezeten. Hierbij heeft hij per ongeluk de schaduw laten ontsnappen. Het is een wezen dat zich voedt met energie. Als het de generatoren te pakken krijgt is straks geen stroom meer. Het wezen is ook gevaarlijk voor mensen: Lt. Ford had brandwonden nadat hij ermee in aanraking kwam. Pogingen om de schaduw te vangen mislukken, totdat Teyla suggereert dat het wezen misschien wel weg wil uit Atlantis. Het team probeert de schaduw door de Stargate te lokken, met een generator op een wagen. Het wezen krijgt de generator echter te pakken voordat het door de Stargate heen is. McKay zet zich over zijn angst heen en stapt, beschermd door zijn Ouden-schild, midden in de schaduw. Hij pakt de generator en gooit het door de Stargate. De schaduw volgt en keert niet terug. Thirty Eight Minutes - De puddle jumper komt vast te zitten in de stargate doordat de motoren niet goed ingeklapt waren. Het voorste gedeelte, met daarin twee man, is wel door de gate gegaan, het achterste niet. In het achtereind bevinden zich Teyla, McKay, Ford en Sheppard. De crew heeft 38 minuten om het probleem op te lossen. Anders sluit de stargate en verdwijnen de mannen voorin in het niets. De anderen achterin zullen dan ook sterven omdat het ruimteschip niet mee afgesloten kan worden. Er is ook nog een ander probleem: een groot alien-insect heeft zich aan Sheppard vastgeklemd en bijt in zijn nek. Sheppard krijgt last van verlammingsverschijnselen en alles wat ze doen om het beest te verwijderen bezorgt hem afschuwelijke pijn. Uiteindelijk besluit de groep Shepperd een dodelijke elektrische schok te geven zodat het insect zal denken dat zijn prooi dood is. Het beest laat inderdaad los. Het lukt echter niet meteen om Sheppards hart weer aan de gang te krijgen. McKay heeft met de hulp van dr. Zelenka echter een manier gevonden om de motoren in te klappen. Nu is het laatste probleem dat het schip geen vaart meer heeft. Ford stuurt McKay naar het voorste gedeelte van het ruimteschip, waar Teyla Sheppard al naartoe heeft gesleept. Ford opent het achterluik en zo krijgt het schip genoeg vaart om door de gate te gaan. Hij weet zich vast te houden zodat hij niet naar buiten gezogen wordt; dit gebeurt echter wel met het alien-insect. Aan de andere kant van de stargate staat het medische team klaar en Sheppard wordt weer tot leven gewekt. Suspicion - Telkens wanneer majoor Sheppard met een team door de Stargate gaat, worden ze opgewacht door de Wraith. Dit gebeurt zo vaak dat het geen toeval meer kan zijn; iemand waarschuwt ze. Is er een spion in Atlantis? De verdenking valt op de Athosiërs. Dr Weir begint hen een voor een te ondervragen. Dit leidt tot woede onder de Athosiërs en zij besluiten naar het vasteland van de planeet te vertrekken. Maar opnieuw wordt het team op een missie door de Wraith aangevallen. Nu krijgt Teyla de schuld, als enige Athosiër die nog in Atlantis is. Sheppard is verontwaardigd. McKay doorzoekt met tegenzin Teyla's spullen, en ontdekt het probleem. Een ketting die Sheppard en Teyla vonden in een ruïne op haar thuisplaneet is de boosdoener. Haar vader had Teyla die ketting gegeven toen ze nog een kind was. Later was ze hem kwijtgeraakt. Het onschuldig lijkende kettinkje blijkt echter een zender te zijn. Dr. Weir verontschuldigt zich. De Athosiërs blijven op het vasteland, waar ze een dorp aan het bouwen zijn. Childhood's End - Het verkenningsteam bezoekt een planeet waar niemand ouder is dan 24 jaar. De bevolking gelooft dat de Wraith niet geïnteresseerd zijn in jongeren en kinderen. Zodra de stamoudste 25 wordt, moet hij/zij zelfmoord plegen. Het team heeft al vrij snel door dat een schild, aangedreven door een ZPM, de echte bescherming tegen de Wraith is. Het valt echter niet mee om de jongeren hiervan te overtuigen. McKay neemt de ZPM mee naar Atlantis voor onderzoek en laat de planeet zo onbeschermd achter. Hij ontdekt dat de ZPM voor Atlantis niet sterk genoeg is, en besluit het terug naar de planeet te brengen. Ook ontdekt hij waarom de voorvaderen van de planeetbewoners de regel instelden dat je niet ouder dan 24 mocht worden. Het schild beschermt slechts een klein deel van de planeet. Als de bevolking te veel zou toenemen, komen de stamleden buiten het beschermde gebied te wonen. Het lukt het team de ZPM net op tijd weer te installeren. Een Wraith sonde wordt uit de lucht geschoten. De stamoudste gelooft hun verhaal en besluit het zelfmoord-gebruik af te schaffen. Poisoning the Well - Het team komt op een planeet waar men bezig is een vaccin tegen de Wraith te ontwikkelen. Als ze daarin slagen, zullen mensen die worden aangevallen door de Wraith niet meer eetbaar voor hen zijn. Dr Becket werkt voor dit project nauw samen met een vrouwelijke wetenschapper en raakt op haar gesteld. Het lukt ze een vaccin te ontwikkelen en ze testen dit op een Wraith die gevangen zit in Atlantis. Een terminaal zieke man gaat vrijwillig naar hem toe. De Wraith probeert zich te voeden maar dit lukt niet. Het vaccin lijkt een succes. Na een paar dagen overlijdt de Wraith. Het vaccin blijkt ook een vergif te zijn. De bewoners van de planeet willen het nieuwe wapen meteen inzetten. Naar waarschuwingen van dr. Becket en de anderen wordt niet geluisterd. Sheppard voorspelt dat zodra de Wraith het wapen ontdekken, ze de hele planeet zullen uitroeien. Dan overlijdt de ongeneeslijk zieke man. Hij blijkt door het vaccin te zijn gestorven. Van alle mensen die zijn ingeënt, sterft de helft. De leiders van de planeet gaan echter door met de distributie: ze vinden het wapen het offer waard. Ook de wetenschapster waar dr. Becket mee samenwerkte, overlijdt. Gedesillusioneerd gaat het team weer naar huis. Sheppard zegt bij vertrek dat hij niet verwacht een van de planeetbewoners ooit nog terug te zien. De Wraith zullen niets van hen overlaten. Underground - Teyla neemt de rest mee voor een bezoek aan de planeet van de Genii, in de hoop voedsel te kunnen kopen. De simpele boeren blijken echter een geheime militaire basis onder de grond te hebben. McKay en Sheppard ontdekken deze. De Genii zijn boos dat hun geheim ontdekt is en woedend als ze horen dat het Stargate-team per ongeluk de Wraith uit hun slaap heeft gewekt. De Genii werken aan een atoombom, maar komen nu tijd te kort om die klaar te krijgen voor de Wraith weer komen. Met tegenzin besluiten ze met de mensen samen te werken. Dr. Weir en Sheppard blijven echter voorzichtig; ze vertrouwen de leugenachtige Genii niet. Dit vermoeden blijkt juist: na een missie naar een Wraith ruimteschip waarbij informatie is buitgemaakt, proberen de Genii onder meer de puddle jumper te stelen. Sheppard heeft echter twee puddle jumpers achter de hand gehouden. De onzichtbare ruimteschepen laten zich zien en de Genii laten het team vertrekken. Van een bondgenootschap is nu geen sprake meer. Home - Het team ontdekt op een mysterieuze planeet een Stargate die hen terug naar de aarde kan brengen. De planeet schijnt onbewoond te zijn, er staan grote blokken steen en het is er erg mistig. Het doet aan Stonehenge denken. Het team legt contact met de aarde en krijgt te horen dat ze binnen een maand terug zullen kunnen keren naar Atlantis. Men is namelijk bezig technologie te ontwikkelen die dit mogelijk maakt. Dr. Weir besluit door de Stargate te gaan. Ze ziet thuis haar vriend Simon weer maar heeft het gevoel dat er iets niet klopt. Stargate Command vertelt haar dat ze niet terug zal gaan naar Atlantis, omdat het leger de zaak daar overneemt. McKay is ook naar huis gegaan, en krijgt te horen dat ze toch niet terug kunnen naar huis omdat er een ongeluk is gebeurd tijdens het onderzoek. Hij merkt dat de onderzoekers totaal geen verstand van hun werk hebben. Sheppard en Teyla hebben een feestje bij Sheppard thuis, maar het wordt vreemd als al jaren overleden vrienden hem komen opzoeken. Ford ten slotte wordt overgeplaatst naar Antarctica, het laatste waar hij zin in heeft. Dr. Weir is verbaasd te ontdekken dat McKay ook op aarde is; zij was toch de enige die terug was gegaan? Het blijkt dat aliens van de mysterieuze planeet hen allemaal illusies voorhouden. De mysterieuze mist was in wezen een levensvorm. Telkens als de Stargate geactiveerd wordt, sterven vele van deze wezens. Om zichzelf te beschermen plaatsen ze het team in de illusionaire wereld. Het team weet de aliens ervan te overtuigen dat ze geen kwade bedoelingen hebben en dat ze meteen zullen vertrekken. Spijtig laten ze de enige mogelijkheid om thuis te komen achter.