Missionary schools in Malaysia have their origins derived from British colonialism.

Background Under the Aziz report, many missionary schools opted to be nationalised in 1971.

Statistics Nearly half of such schools are located in the Christian-majority Sarawak state.

Primary schools

Methodist schools Sekolah Kebangsaan Methodist, Nibong Tebal Sekolah Kebangsaan Pykett Methodist Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist, Pulau Pinang Sekolah Kebangsaan Ho Seng Ong Methodist Sekolah Kebangsaan Horley Methodist Sekolah Kebangsaan Methodist, Ayer Tawar Sekolah Kebangsaan Methodist, Ipoh Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist, Ipoh Sekolah Kebangsaan Methodist, Parit Buntar Sekolah Kebangsaan Methodist, Sitiawan Sekolah Kebangsaan Methodist, Sungai Siput Sekolah Kebangsaan Methodist, Taiping Sekolah Kebangsaan Methodist (Acs), Lumut Sekolah Kebangsaan (P) Treacher Methodist Sekolah Kebangsaan Methodist, Tanjong Malim Sekolah Kebangsaan Methodist, Tanjong Rambutan Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist, Teluk Intan Sekolah Kebangsaan Methodist (1) Sekolah Kebangsaan Methodist, Lumut Sekolah Kebangsaan Methodist, Malim Nawar Anglo Chinese School, Klang Sekolah Kebangsaan Methodist (Integ) (M) Sekolah Kebangsaan Methodist (M) Sekolah Kebangsaan Methodist Acs, Selangor Sekolah Kebangsaan Methodist, Petaling Jaya Methodist Girls' School, Klang Sekolah Kebangsaan Methodist Jalan Stadium Sekolah Kebangsaan Methodist (L) Jalan Hang Jebat (M) Sekolah Kebangsaan (P) Methodist (2), Kuala Lumpur Sekolah Kebangsaan Methodist Acs, Melaka Sekolah Kebangsaan (P) Methodist (1), Melaka Sekolah Kebangsaan (P) Methodist (2), Melaka Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist, Kuantan Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist, Pahang Sekolah Kebangsaan Methodist, Kapit Sekolah Kebangsaan Methodist Anglo-Chinese

Convent schools Sekolah Kebangsaan Convent, Kedah Sekolah Kebangsaan Convent Father Barre Sekolah Kebangsaan Convent 1, Butterworth Sekolah Kebangsaan St Anne's Convent, Jalan Kulim Sekolah Kebangsaan Convent, Green Lane Sekolah Kebangsaan Convent, Lebuh Light Sekolah Kebangsaan Convent, Pulau Tikus Sekolah Jenis Kebangsaan (C) Convent Datuk Keramat Sekolah Kebangsaan Convent, Sitiawan Sekolah Kebangsaan Convent, Ipoh Sekolah Jenis Kebangsaan (C) Ave Maria Convent Sekolah Kebangsaan Tarcisian Convent Sekolah Kebangsaan Marian Convent Sekolah Jenis Kebangsaan (T) St. Philomena Convent Sekolah Kebangsaan Convent, Teluk Intan Sekolah Kebangsaan St. Bernadette'S Convent Sekolah Kebangsaan Convent, Taiping Sekolah Kebangsaan Convent Aulong, Taiping - One of only three coeducational Convent schools in Malaysia Sekolah Jenis Kebangsaan (T) St. Teresa Convent - One of only three coeducational Convent schools in Malaysia Sekolah Kebangsaan Convent, Selangor Sekolah Kebangsaan Convent (1) (M) Sekolah Kebangsaan Convent (2) (M) Sekolah Kebangsaan St Anne's Convent, Selangor Sekolah Kebangsaan Convent (1) Bukit Nanas (M) Sekolah Kebangsaan Convent (2) Bukit Nanas Sekolah Kebangsaan Convent Sentul 1 (M) Sekolah Kebangsaan Convent Sentul 2 (M) Sekolah Jenis Kebangsaan (T) St. Joseph's Convent Sekolah Kebangsaan Convent Of The Infant Jesus (1) Sekolah Kebangsaan Convent Of The Infant Jesus (2) Sekolah Jenis Kebangsaan (C) Notre Dame Convent Sekolah Kebangsaan Sacred Heart Convent Sekolah Kebangsaan Convent, Batu Pahat Sekolah Kebangsaan Convent, Muar Sekolah Kebangsaan Infant Jesus Convent Sekolah Kebangsaan Canossian Convent, Kluang Sekolah Kebangsaan Canossian Convent, Segamat Sekolah Kebangsaan Convent, Tanah Rata - One of only three coeducational Convent schools in Malaysia Sekolah Kebangsaan St. Francis Convent Sekolah Kebangsaan St. Mary Convent Sekolah Kebangsaan Convent, Kajang

La Salle schools Sekolah Kebangsaan St. Theresa Sekolah Kebangsaan St. Patrick St. Michael's Institution, Ipoh St. Xavier's Institution, Penang St. George's Institution, Taiping St. Francis' Institution, Melaka St. Paul's Institution, Seremban St. Anthony's Institution, Teluk Intan St. Andrew's School, Muar Sekolah Kebangsaan St. George Balik Pulau Sekolah Kebangsaan Assumption Sekolah Kebangsaan La Salle, Ipoh Sekolah Kebangsaan St. George Sekolah Kebangsaan St. Michael Sekolah Kebangsaan St. Anthony Sekolah Kebangsaan De La Salle Sekolah Kebangsaan St. Francis, Perak Sekolah Kebangsaan Stella Maris La Salle School, Petaling Jaya La Salle School, Klang Sekolah Kebangsaan La Salle (1) Brickfields Sekolah Kebangsaan La Salle (2) Brickfields (M) Sekolah Kebangsaan La Salle 1, Jinjang Utara Sekolah Kebangsaan La Salle 2, Jinjang Utara Sekolah Kebangsaan La Salle (1) Sentul Sekolah Kebangsaan La Salle Sentul 2 (M) Sekolah Kebangsaan St. Francis, Melaka Sekolah Kebangsaan St. Andrew, Johor Sekolah Kebangsaan St. Theresa, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Joseph, Kuching

Anglican Church schools Sekolah Kebangsaan St. Alban, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Alban, Serian Sekolah Kebangsaan St. Alban, Duras Sekolah Kebangsaan St. Alphonsus Sekolah Kebangsaan St. Ambrose Sekolah Kebangsaan St. Andrew, Sarikei Sekolah Kebangsaan St. Andrew, Simunjan Sekolah Kebangsaan St. Andrew, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Anne Sekolah Kebangsaan St. Anthony, Serian Sekolah Kebangsaan St. Anthony, Bintulu Sekolah Kebangsaan St. Barnabas Sekolah Kebangsaan St. Barnabas Baru Sekolah Kebangsaan St. Bartholomew Sekolah Kebangsaan St. Bernard, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Bernard, Dalat Sekolah Kebangsaan St. Christopher Debak Sekolah Kebangsaan St. Columba Sekolah Kebangsaan St. David Sekolah Kebangsaan St. Dominic, Serian Sekolah Kebangsaan St. Dunstan, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Dunstan, Sriaman Sekolah Kebangsaan St. Edmund, Limbang Sekolah Kebangsaan St. Edward Sekolah Kebangsaan St. Faith Sekama Sekolah Kebangsaan St. Francis Xavier, Kanowit Sekolah Kebangsaan St. Francis Xavier, Sarawak Sekolah Kebangsaan St. Gile Sekolah Kebangsaan St. Gregory Sekolah Kebangsaan St. Henry Sekolah Kebangsaan St. James Quop Sekolah Kebangsaan St. James Rayang Sekolah Kebangsaan St. John, Betong Sekolah Kebangsaan St. John, Dalat Sekolah Kebangsaan St. John, Kota Samarahan Sekolah Kebangsaan St. John, Sarawak Sekolah Kebangsaan St. John, Serian Sekolah Kebangsaan St. John Taee, Serian Sekolah Kebangsaan St. Joseph, Miri Sekolah Kebangsaan St. Joseph, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Lawrence Sekolah Kebangsaan St. Leo Gayau Sekolah Kebangsaan St. Luke, Dalat Sekolah Kebangsaan St. Luke, Sriaman Sekolah Kebangsaan St. Mark, Bentong Sekolah Kebangsaan St. Mark, Sibu Sekolah Jenis Kebangsaan (C) St. Martin Sekolah Kebangsaan St. Martin, Kota Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Martin, Sriaman Sekolah Kebangsaan St. Mary, Sibu Sekolah Kebangsaan St. Mary, Sarawak Sekolah Kebangsaan St. Mathew Sekolah Kebangsaan St. Matthew, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Matthew, Sibu Sekolah Kebangsaan St. Michael, Serian Sekolah Kebangsaan St. Michael, Kota Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Michael, Plassu Sekolah Kebangsaan St. Norbert Paun Sekolah Kebangsaan St. Paul, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Paul, Jalan Green Sekolah Kebangsaan St. Paul, Sriaman Sekolah Kebangsaan St. Paul, Roban Sekolah Kebangsaan St. Peter Sekolah Kebangsaan St. Peter & St. Paul Sekolah Kebangsaan St. Peter Saratok Sekolah Kebangsaan St. Philip, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Philip, Serian Sekolah Kebangsaan St. Pius, Marudi Sekolah Kebangsaan St. Raymond Sekolah Kebangsaan St. Rita Sekolah Kebangsaan St. Stephen, Sarawak Sekolah Kebangsaan St. Swithun Sekolah Kebangsaan St. Teresa, Bau Sekolah Kebangsaan St. Teresa, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Teresa, Serian Sekolah Kebangsaan St. Theresa, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Thomas Sekolah Kebangsaan St. Columba, Miri Sekolah Kebangsaan St. Joseph, Miri Sekolah Kebangsaan St. Pius Long San, Miri Sekolah Kebangsaan St. Christopher Debak, Betong Sekolah Kebangsaan St. Paul Roban, Betong Sekolah Kebangsaan St. Peter Saratok, Betong Sekolah Kebangsaan St. Anthony Bintulu Sekolah Kebangsaan St. Alban Duras, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Andrew Kuching Sekolah Kebangsaan St. Augustine Padawan, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Elizabeth Padawan, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Faith Sekama, Kuching Sekolah Kebangsaan St. George, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Gregory, Kuching Sekolah Kebangsaan St. James Quop, Kuching Sekolah Kebangsaan St. John Bau, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Joseph Kuching Sekolah Kebangsaan St. Mary Kuching Sekolah Kebangsaan St. Matthew, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Patrick Bau, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Patrick Padawan, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Paul Padawan, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Stephen Bau, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Teresa Bau, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Teresa Kuching Sekolah Kebangsaan St. Teresa Padungan, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Thomas Kuching Sekolah Kebangsaan St. Edmund, Limbang Sekolah Kebangsaan St. Luke Sri Aman Sekolah Kebangsaan St. Mary Sibu Sekolah Kebangsaan St. Rita Sibu Sekolah Kebangsaan St. Alphonsus, Sarikei Sekolah Kebangsaan St. Anne, Sarikei Sekolah Kebangsaan St. Augustine Meradong, Sarikei Sekolah Kebangsaan St. John Taee, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Jude Bunan, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Martin, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Michael, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Patrick Tangga, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Raymond Mujat, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. Teresa Serian, Samarahan Sekolah Kebangsaan St. John Kampung Medong, Mukah Sekolah Kebangsaan St. Jude, Mukah Sekolah Kebangsaan St. Kevin Sungai Kut, Mukah Sekolah Kebangsaan St. Patrick Mukah Sekolah Kebangsaan St. Columba, Miri Sekolah Kebangsaan St. Joseph, Miri Sekolah Kebangsaan St. Pius Long San, Miri

Diocesan parish schools SJK (T) St. Mary, Parit Buntar SJK (C) Sacred Heart, Penang SK Shang Wu, Penang, SJK (C) St. Joseph, Johor Bahru SK St. Joseph, Johor Bahru SJK (C) Heng Ee, Penang SK Montfort, Batu Pahat SK St. Paul, Tanjung Tualang Sekolah Kebangsaan St. Augustine, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Augustine, Bentong Sekolah Kebangsaan St. Augustine, Bintangor SK Catholic English (M), Kuching Sekolah Kebangsaan St. Patrick, Kuching Sekolah Kebangsaan St. Patrick, Mukah Sekolah Kebangsaan St. Patrick, Bau Sekolah Kebangsaan St. Patrick, Serian Sekolah Kebangsaan St. Elizabeth Sekolah Kebangsaan St. Jude (M), Dalat Sekolah Kebangsaan St. Jude (M), Serian Sekolah Kebangsaan St. Kevin (M), Dalat

Marist Brothers school SJK (C) Sam Tet, Ipoh SJK (C) Katholik, Melaka

Others Sekolah Kebangsaan Assunta, Petaling Jaya Sekolah Kebangsaan Assunta, Kuantan Sekolah Kebangsaan St. Joseph, Kuantan

Secondary schools

Methodist schools Methodist Boys' School (Penang) Methodist Girls' School (Penang) Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Air Tawar Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Ipoh Anglo Chinese School, Kampar Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Parit Buntar Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Sungai Siput Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Tanjong Malim Anglo Chinese School, Sitiawan Sekolah Menengah Kebangsaan Horley Methodist Methodist Girls' School, Ipoh SMK Treacher Methodist Girls' School Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Selangor Anglo Chinese School, Klang Methodist Girls' School, Klang Methodist Boys' School (Kuala Lumpur) Sekolah Menengah Kebangsaan (P) Methodist, Kuala Lumpur Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist Anglo Chinese School, Negeri Sembilan Anglo-Chinese School, Malacca Sekolah Menengah Kebangsaan Perempuan Methodist, Melaka Methodist Girls Secondary School, Kuantan Sekolah Menengah Kebangsaan (P) Methodist, Raub Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist, Sibu

Convent schools Sekolah Menengah Kebangsaan Convent St. Nicholas, Alor Setar