mini|Seitenansicht und Obenansicht von A-, B- und Z-DNA A-DNA ist eine der möglichen Doppelhelix-Strukturen von DNA.
Eigenschaften A-DNA ist eine rechtsgängige doppelsträngige DNA-Doppelhelix, die im Vergleich zur B-Form kompakter ist und deren Nukleinbasen nicht orthogonal zur Helixachse ausgerichtet sind. A-DNA ist die bei niedriger Feuchtigkeit vorliegende Form doppelsträngiger DNA, z. B. bei getrockneter DNA oder DNA-Kristallen.M. C. Wahl, M. Sundaralingam: Crystal structures of A-DNA duplexes. In: Biopolymers. Band 44, Nummer 1, 1997, S. 45–63, PMID 9097733, . Andere DNA-Strukturen sind z. B. B-DNA, Z-DNA, C-DNA, hairpin, triplex, cruciform, left-handed Z-form, tetraplex und A-motif.J. Choi, T. Majima: Conformational changes of non-B DNA. In: Chemical Society reviews. Band 40, Nummer 12, Dezember 2011, S. 5893–5909, , PMID 21901191. Möglicherweise wird die A-Form auch bei hybriden DNA-RNA-Doppelhelices ausgebildet, da eine ähnliche Struktur auch die häufigste Form von RNA-RNA-Doppelhelices ist. Die Zuckereinheiten haben bei A-DNA eine 3’-endo-Konformation, im Gegensatz zur B-DNA, welche eine 2’-endo-Konformation der Zuckereinheiten besitzt. Dies ermöglicht es auch doppelsträngigen RNA-Regionen eine A-DNA-ähnliche-Form einzunehmen, da die sterische Hinderung durch die 3’-endo-Konformation nicht bei der Ausbildung der A-Form stört, im Gegensatz zur 2’-endo-Konformation der B-Form. Aufgrund der kompakten Form besitzt A-DNA im Vergleich zu B-DNA eine höhere Anzahl an Nukleinbasen pro Windung der Helix, eine tiefere große Furche und eine flachere kleine Furche. A-DNA ist im Vergleich zu B-DNA um etwa 30 % verkürzt und breiter.
Doppelsträngige DNA-Strukturen (dsDNA) mini|Helixachse (gelbe Punkte) in Bezug auf Guanidin-Cytidin-Basenpaarungen bei A-, B- und Z-DNA mini|Basenpaargeometrien
Geometrie A-Form B-Form Z-FormHelix-Drehrichtung rechtsgängig rechtsgängig linksgängigWiederholungseinheit 1 bp 1 bp 2 bpRotation/bp 33,6° 35,9° 60°/2bp/Windung 11 10,5 12Inklination der bp zur Achse +19° −1,2° −9°Länge/bp entlang der Achse 2,4 Å (0,24 nm) 3,4 Å (0,34 nm) 3,7 Å (0,37 nm)Länge/Windung 24,6 Å (2,46 nm) 33,2 Å (3,32 nm) 45,6 Å (4,56 nm)Biegung (propeller twist) +18° +16° 0°Glycosylwinkel anti anti Pyrimidin: anti, Purin: synPhosphatabstand 5,9 Å 7,0 Å C: 5,7 Å,G: 6,1 ÅGlycosylflexibilität (sugar pucker) C3'-endo C2'-endo C: C2'-endo,G: C3'-endoDurchmesser 23 Å (2,3 nm) 20 Å (2,0 nm) 18 Å (1,8 nm)
Literatur E. Girard, T. Prangé, A. C. Dhaussy, E. Migianu-Griffoni, M. Lecouvey, J. C. Chervin, M. Mezouar, R. Kahn, R. Fourme: Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure. In: Nucleic acids research. Band 35, Nummer 14, 2007, S. 4800–4808, , PMID 17617642, . P. Cysewski: The post-SCF quantum chemistry characteristics of inter- and intra-strand stacking interactions in d(CpG) and d(GpC) steps found in B-DNA, A-DNA and Z-DNA crystals. In: Journal of molecular modeling. Band 15, Nummer 6, Juni 2009, S. 597–606, , PMID 19039609.
Weblinks Nucleic Acid Nomenclature (englisch).
Einzelnachweise
Kategorie:Desoxyribonukleinsäure Kategorie:Abkürzung