Die systematische Deportation von Juden aus Deutschland in den Osten begann Mitte Oktober 1941, also noch vor dem 20. Januar 1942, dem Tag der Wannseekonferenz. Quellen weisen darauf hin, Adolf Hitler habe diese Entscheidung um den 17. September 1941 herum getroffen.Albrecht Liess: Wege in die Vernichtung: Die Deportation der Juden aus Mainfranken 1941–1943. Begleitband zur Ausstellung des Staatsarchivs Würzburg und des Instituts für Zeitgeschichte München–Berlin. München 2003, ISBN 3-921635-77-2, S. 60; vgl. VEJ 3/223 = Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945 (Quellensammlung). Band 3: Deutsches Reich und Protektorat September 1939 – September 1941 (bearb. von Andrea Löw). München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7, S. 542: Himmler informiert am 18. September 1941, der Führer wünsche die Deportation der Juden aus dem „Altreich“ und dem Protektorat Böhmen und Mähren. Die aus dem Deutschen Reich deportierten Juden wurden zumeist nicht unmittelbar am Zielort ermordet.

Einzelne Transporte endeten 1942 zwar schon in den Vernichtungslagern Sobibor oder Maly Trostinez, die meisten der Deportierten wurden aber zunächst unter widrigen Lebensbedingungen in Ghettos oder Arbeitslagern gefangen gehalten. Viele starben dort, andere wurden später in die Vernichtungslager weitertransportiert und dort ermordet. Ab Ende 1942 fuhren die Züge auch ohne Umweg nach Auschwitz-Birkenau.

Bei den Deportationen in die Ghettos, Konzentrations- und Vernichtungslager im Osten und der so genannten „Endlösung“ kam zwei staatlichen Behörden (und ihren nachgeordneten Dienststellen) zentrale Bedeutung zu: Die Abteilung IV B 4 des Reichssicherheitshauptamtes (RSHA) und die seit dem Gesetz zur Neuregelung der Verhältnisse der Reichsbank und der Deutschen Reichsbahn 1937 in das Reichsverkehrsministerium eingegliederte Deutsche Reichsbahn, die für den Personen- und Güterverkehr im gesamten von den Nationalsozialisten beherrschten Europa zuständig war. Nur im engverzahnten Zusammenwirken dieser beiden staatlichen Behörden waren die Deportationen und der Massenmord überhaupt möglich.

Ohne das Schienennetz, die Verfügbarkeit von Eisenbahnzügen und die zahllosen reibungslos funktionierenden Beschäftigten der Deutschen Reichsbahn wären die Transporte in die Vernichtungslager und der millionenfache Mord an den europäischen Juden, Sinti und Roma u. a. nicht durchführbar gewesen.Raul Hilberg: Die Vernichtung der europäischen Juden. Ausg. 1982, S. 287. Heiner Lichtenstein: Mit der Reichsbahn in den Tod: Massentransporte in den Holocaust 1941–1945. Köln 1985, ISBN 3-7663-0809-2, S. 19. Helmut Schwarz: (PDF; 1,8 MB) In: Zug der Zeit - Zeit der Züge. Deutsche Eisenbahn 1835–1985. Band 2. Siedler, Berlin 1985, S. 683–689. Alfred Gottwaldt, Diana Schulle: ’Juden ist die Benutzung von Speisewagen untersagt’: Die antijüdische Politik des Reichsverkehrsministeriums zwischen 1933 und 1945; Forschungsgutachten. Teetz 2007, ISBN 978-3-938485-64-4, S. 11 und 63 ff. Alfred Gottwaldt: Die ‚Logistik des Holocaust‘ als mörderische Aufgabe der Deutschen Reichsbahn im europäischen Raum. In: Ralph Roth, Karl Schlögel. (Hrsg.): Neue Wege in ein neues Europa. Frankfurt am Main 2009, S. 261–280.

Bei der Deportation von Juden aus Deutschland wirkten neben Gestapo-Beamten auch Zollbeamte, Gerichtsvollzieher, Verwaltungsbeamte, Fahrplangestalter, Polizisten als Wachpersonal und viele andere mit, deren „Beitrag“ für einen reibungslosen Ablauf unabdingbar war.Beate Meyer: Die Verfolgung und Ermordung der Hamburger Juden 1933–1945: Geschichte, Zeugnis, Erinnerung. Hrsg. vom Inst. für die Geschichte der Dt. Juden; Hamburg / Landeszentrale für politische Bildung, Hamburg 2006, ISBN 3-929728-85-0, S. 44 f.

mini|Die Reichsbahn setzte für die Deportation aus dem Deutschen Reich zunächst vielfach alte, aus dem 19. Jahrhundert stammende, Abteilwagen der 3. Klasse ein, damals jedoch in grüner Farbe.

Im amtlichen deutschen Schriftverkehr und in RichtlinienAlfred Gottwaldt, Diana Schulle: Die „Judendeportationen“ aus dem Deutschen Reich 1941–1945. Wiesbaden 2005, S. 146 ff. (Dok.: „Richtlinien zur technischen Durchführung der Evakuierung von Juden in das Generalgouvernement (Trawniki bei Lublin)“ des Reichssicherheitshauptamts vom Januar 1942). wurde der Begriff Deportation meist verharmlosend und scheinbar technisch umschrieben; die Juden wurden „abbefördert“, „ausgesiedelt“, „umgesiedelt“, „evakuiert“ oder „zur Abwanderung gebracht“,Michael Zimmermann: Regionale Organisation der Judendeportationen. In: Gerhard Paul, Michael Mallmann (Hrsg.): Die Gestapo – Mythos und Realität. Unv. Sonderausg. Darmstadt 2003, ISBN 3-89678-482-X, S. 358. eine „Wohnsitzverlegung nach Theresienstadt“H. G. Adler: Die verheimlichte Wahrheit – Theresienstädter Dokumente. Tübingen 1958, S. 20: Erlass vom 7. September 1942 betr. Wohnsitzverlegung statt Evakuierung. durchgeführt und das Reich „von Juden geleert und befreit.“Himmlers Anweisung vom 18. September 1941 (VEJ 3/233) Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945 (Quellensammlung), Band 3: Deutsches Reich und Protektorat September 1939 – September 1941 (bearb. von Andrea Löw). München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7, S. 542.

Frühe Deportationen mini|Ausweisung jüdischer Polen aus Nürnberg am 28. Oktober 1938, Aufnahme aus dem Bundesarchiv

Die frühesten Deportationen aus dem Deutschen Reich betrafen Juden polnischer Staatsangehörigkeit. Bis zu 17.000 Juden wurden am 28. und 29. Oktober 1938 in der sogenannten Polenaktion mit bis zu 30 SonderzügenAlfred Gottwaldt: Die Reichsbahn und die Juden 1933–1939 – Antisemitismus bei der Eisenbahn in der Vorkriegszeit. Wiesbaden 2012, ISBN 978-3-86539-254-1, S. 374. an die polnische Grenze gebracht und dort über die Grenze abgeschoben. Diese erste nationalsozialistische Massendeportation, die im Zusammenspiel von Polizei, Reichsbahn, Finanzbehörden und Diplomatie ablief, kann als ein Musterbeispiel der späteren Judendeportationen gelten.Alfred Gottwaldt: Die Reichsbahn und die Juden 1933 1939…. Wiesbaden 2012, ISBN 978-3-86539-254-1, S. 363. Auf die logistische Zusammenarbeit mit der Reichsbahn griff der Sicherheitsdienst (SD) zurück, als er wenig später nach den Novemberpogromen 1938 mehr als 26.000 Juden in Konzentrationslager schaffen ließ.

Unter Federführung von Adolf Eichmanns „Zentralstelle für jüdische Auswanderung in Wien“ wurden im Oktober 1939 rund 4.000 Juden aus Wien, Mährisch-Ostrau und Kattowitz nach Nisko deportiert.Seev Goshen: Eichmann und die Nisko-Aktion im Oktober 1939. In: Vierteljahrsheft für Zeitgeschichte 29(1981), S. 74–96. Das Vorhaben, rund 65.000 Juden zu deportieren, wurde bereits Ende Oktober unterbunden und im Dezember 1939 von Reichsführer SS Heinrich Himmler „bis auf weiteres“ untersagt.Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945 (Quellensammlung) Band 3/40, München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7, S. 148. In seiner Funktion als „Reichskommissar für die Festigung deutschen Volkstums“ räumte Himmler in den annektierten polnischen Gebieten der Ansiedlung Volksdeutscher den Vorrang ein.Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945. Band 3, München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7, S. 38.

Um Wohnraum für „baltendeutsche Rückwanderer“ zu schaffen, wurden im Februar 1940 rund 1.000 Juden aus dem Gau Pommern – hauptsächlich aus Stettin stammend – nach Lublin deportiert.Robert Kuwałek: Das kurze Leben ‚im Osten‘. In: Birthe Kundrus, Beate Meyer (Hrsg.): Die Deportation der Juden aus Deutschland. Göttingen 2004, ISBN 3-89244-792-6, S. 112–134; s. a. / zu genaueren Zahlen s. Alfred Gottwaldt, Diana Schulle: Die „Judendeportationen“ aus dem Deutschen Reich, 1941–1945: eine kommentierte Chronologie. Wiesbaden 2005, ISBN 3-86539-059-5, S. 34 mit Anm. 3. Am Abend des 12. Februar suchten jeweils zwei SA-Männer die jüdischen Wohnungen auf, überwachten das Packen, löschten die Ofenfeuerung und versiegelten die Türen. Die genaue Vorgehensweise wurde in einem ausführlichen MerkblattDie Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945. Band 3/52, München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7 erläutert. Es ist umstritten, ob es sich dabei lediglich um eine Einzelaktion des Oberpräsidenten von Pommern handelte, die von der örtlichen Stapoleitstelle mitgetragen wurde, oder ob das Reichssicherheitshauptamt entgegen seiner Beteuerung gegenüber der Reichsvereinigung der Juden in Deutschland vorher davon informiert war.Beate Meyer: Tödliche Gratwanderung – Die Reichsvereinigung der Juden in Deutschland zwischen Hoffnung, Zwang, Selbstbehauptung und Verstrickung (1939–1945). Göttingen 2011, ISBN 978-3-8353-0933-3, S. 88–91.

Bei der Deportation von Juden aus Südwestdeutschland 1940 – nach den verantwortlichen NS-Gauleitern auch Wagner-Bürckel-Aktion benannt – wurden seit dem 21. und 22. Oktober 1940 mehr als 6.000Zahlenangabe 6300 plus 1150 in Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945 (Quellensammlung) Band 3/113, München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7, S. 299. Juden aus Baden und der Saarpfalz in das Camp de Gurs in Frankreich deportiert. Dem besetzten Land wurde die Verpflichtung auferlegt, jüdische Personen aus besetzten Departements ins Landesinnere zu „übernehmen“. Bis Mitte September 1940 wurden so über 23.000 französische Juden und andere missliebige Franzosen aus den besetzten Gebieten deportiert. Die Juden aus Baden und Saarpfalz wurden von den Gauleitern „mitgeschickt“.Heydrich zufolge mit Genehmigung Hitlers, vgl. Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945 (Quellensammlung) Band 3/112, München 2012, ISBN 978-3-486-58524-7, S. 298. Adolf Eichmann war persönlich anwesend, um die Züge über die innerfranzösische Demarkationslinie zu geleiten.Alfred Gottwaldt, Diana Schulle: „Juden ist die Benutzung von Speisewagen untersagt“: Die antijüdische Politik des Reichsverkehrsministeriums zwischen 1933 und 1945 ( Forschungsgutachten) Teetz 2007, ISBN 978-3-938485-64-4, S. 72. Nach Auffassung des Historikers Peter Steinbach hatte die Deportation der Juden aus Südwestdeutschland paradigmatischen Charakter für die späteren Deportationen aus ganz Deutschland; die „Judenaktion in Baden und in der Pfalz“ sei von langer Hand vorbereitet worden und habe eine Art „Masterplan“ geliefert.Peter Steinbach: Das Leiden – zu schwer und zu viel. Zur Bedeutung der Massendeportation südwestdeutscher Juden. In: Tribüne – Zeitschrift zum Verständnis des Judentums. 49. Jg. Heft 195. 3. Quartal 2010, S. 109–120, hier S. 116; (PDF; 81 kB).

Im Februar und März 1941 wurden rund 5.000 Juden aus Wien „in Anbetracht der besonders gelagerten Verhältnisse“, nämlich dem beklagten Wohnraummangel in Wien, mit fünf Transporten in das Generalgouvernement geschafft. Von ihnen überlebten nur 70 Personen das Kriegsende.Alfred Gottwaldt, Diana Schulle: Die „Judendeportationen“ aus dem Deutschen Reich, 1941–1945: eine kommentierte Chronologie. Wiesbaden 2005, ISBN 3-86539-059-5, S. 46–51.