Die Eukaryoten sind eine der drei Gruppen (Taxa) höchster Stufe, in die die Biologie die Lebewesen einteilt. Die anderen beiden Taxa stellen die Bakterien und die Archaeen dar. Die Systematik der Eukaryoten untergliedert dieses umfangreiche Taxon weiter. Obwohl die Systematik der Eukaryoten in großen Teilen instabil und umstritten ist, gilt aktuell die auf Adl et al. 2005 basierende und von derselben Arbeitsgruppe 2012 revidierte Klassifikation, die in Zusammenarbeit mit einer Reihe namhafter Wissenschaftler (unter dem Dach der International Society of Protistologists) und unter Zuhilfenahme sämtlicher taxonomisch relevanter Literatur erarbeitet wurde, als anerkannt. Die neueste Ausgabe wurde 2019 publiziert.
Das System von Adl basiert vornehmlich auf phylogenetischen Untersuchungen und ist entsprechend aufgebaut. Es enthält somit keine Kategoriebezeichnungen der verschiedenen Taxa und benennt auf gleicher Ranghöhe Organismengruppen, die entsprechend der klassischen Systematik auf unterschiedlichen taxonomischen Ebenen angesiedelt werden. Obwohl im Kern ranglos angelegt, gibt es (in der Tabelle 1 auf Seite 8 und 9 der Arbeit) eine Einstufung zahlreicher Taxa als Phylum (P), Klasse (class, C) und Ordnung (O), das System ist also weitgehend kompatibel mit der auf Rängen basierenden klassischen Linné’schen Taxonomie. Diese Einstufung wird in der folgenden Liste nicht dargestellt. Das System beruht auf dem Prinzip der Priorität (nachdem für dieselbe taxonomische Gruppe der älteste verfügbare Name verwendet werden sollte), folgt aber nicht den Regeln der verschiedenen Nomenklaturcodes (also Internationaler Code der Botanischen Nomenklatur bzw. Internationale Regeln für die Zoologische Nomenklatur), so werden zum Beispiel für eine bestimmte Rangstufe verbindliche Endungen der Namen nicht berücksichtigt oder angepasst. Monotypische höhere Ränge werden prinzipiell vermieden (also Taxa höheren Rangs, die nur ein Untertaxon enthalten, etwa eine Familie, Ordnung oder Klasse, die nur eine Art enthält). Als niedrigster Rang solcher monotypischer Gruppen wird allerdings jeweils die Gattung angegeben, d. h. auch dann, wenn diese bisher nur eine Art umfasst.
Das System nach Adl 2019 Quelle:
EUKARYOTA [EUKARYA] AMORPHEA Adl et al. 2012 Incertae sedis Amorphea: Obazoa Brown et al. 2013 Apusomonadida Karpov & Mylnikov 1989 Breviatea Cavalier-Smith & 2004 (Breviata) Opisthokonta Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005 Holozoa Lang et al. 2002 Incertae sedis Holozoa: Corallochytrium limacisporum Raghu-Kumar 1987 Incertae sedis Holozoa: Syssomonas Tikhonenkov, Hehenberger, Mylnikov & Keeling 2017 Ichthyosporea Cavalier-Smith 1998 [Mesomycetozoea Mendoza et al. 2002] Dermocystida Cavalier-Smith 1998 [Rhinosporidaceae Mendoza et al. 2001] Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998 [Ichthyophonae Mendoza et al. 2001; Amoebidiidae Reeves 2003] Filasterea Shalchian-Tabrizi et al. 2008 Choanozoa Brunet & King 2017 [Choanozoa Cavalier-Smith et al. 1991] Kragengeißeltierchen (Choanoflagellata Kent 1880–1882) [Craspedomonadina Stein 1878; Craspedomonadaceae Senn 1900; Craspedophyceae Chadefaud 1960; Craspédomonadophycidées Bourrelly 1968; Craspedomonadophyceae Hibberd 1976; Choanomonadea Krylov et al. 1980; Choanoflagelliida Lee, Hutner & Bovee 1985; Choanoflagellatea Cavalier-Smith 1997 emend. Cavalier-Smith 1998; Choanomonada Adl et al. 2005] Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011 Salpingoecidae Kent 1880–1882, emend. sensu Nitsche et al. 2011 Acanthoecida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011 Acanthoecidae Norris 1965, emend. sensu Nitsche et al. 2011 Stephanoecidae Leadbeater 2011 Vielzellige Tiere (Metazoa Haeckel 1874), emend. Adl et al. 2005 [Tiere (Animalia Linnaeus 1758); Gewebetiere (Eumetazoa Bütschli 1910)] (Stämme jenseits der Schwämme und Placozoa werden nicht weiter aufgeführt) →Systematik der vielzelligen Tiere Schwämme (Porifera Grant 1836) [Parazoa Sollas 1884] Glasschwämme (Hexactinellida Schmidt 1870) Amphidoscophora Schulze 1886 Hexasterophora Schmidt, 1870 Hornkieselschwämme (Demospongiae Sollas 1885) Verongimorpha Erpenbeck, Sutcliffe, De Cook, Dietzel, Maldonado, van Soest, Hooper & Wörheide 2012 Keratosa Grant 1861 Heteroscleromorpha Cárdenas, Pérez & Boury-Esnault, 2012 Homoscleromorpha Bergquist 1978 Kalkschwämme (Calcarea Bowerbank 1862) [Calcispongia Johnston 1842] Calcinea Bidder 1898 Calcaronea Bidder, 1898 Trichoplax von Schulze 1883 [Placozoa Grell 1971] Nucletmycea Brown et al. 2009 [=Holomycota Liu et al. 2009] Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae Karpov & Aleoshin 2017 Rotosphaerida Rainer 1968 [junior syn. Cristidiscoidida Page 1987, Cavalier-Smith 1993, 1998; Nucleariidae Patterson 1983, 1999] Pilze (Fungi R.T. Moore 1980) →Systematik der Pilze Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov 2014 Aphelidea Gromov 2000 [=Aphelidida Gromov 2000; =Aphelidiomyceta Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycota Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycotina Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycetes Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiaceae Tedersoo et al. 2018] Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011 [=Rozellida Lara et al. 2010, emend Karpov & Aleoshin 2014; =Rozellomycota Doweld 2013; =Rozellosporidia Karpov et al. 2017; =Rozellomycotina Tedersoo et al. 2018] Microsporidia Balbiani 1882 Blastocladiales Petersen 1909 [=Blastocladiineae Petersen 1909; Blastocladiomycota T. Y. James 2007; Blastocladiomycetes T. Y. James 2007] Chytridiomycota (Töpfchenpilze) Doweld 2001, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 Chytridiomycetes de Bary 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 Incertae sedis Chytridiomycetes: Blyttiomyces, Zygorhizidium, Dangeardia Caulochytriales Doweld 2014 Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozl.-Standr. 2009, emend. Vélez et al. 2011 Cladochytriales Mozl.-Standr. 2009 Gromochytriales Karpov & Aleoshin 2014 Lobulomycetales D. R. Simmons 2009, emend. D. R. Simmons 2012 Mesochytriales Doweld 2013 Polychytriales Longcore & D.R. Simmons 2012 Polyphagales Doweld 2014 Rhizophydiales Letcher 2006, emend. Letcher 2008 Rhizophlyctidales Letcher 2008 Spizellomycetales D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 1983 Synchytriales Doweld 2014, emend. Longcore, DR Simmons & Letcher 2016 Dikarya Hibbett et al. 2007 emend. Hibbett et al. 2018 Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes Begerow et al., 2007 [=Entorrhizaceae R. Bauer & Oberw. 1997; =Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997; =Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007; =Entorrhizomycota R. Bauer et al. 2015; =Entorrhizomycotina Tedersoo et al. 2018] Schlauchpilze (Ascomycota Cavalier-Smith 1998) Taphrinomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997 Archaeorhizomyces Rosling & T. James 2011 [=Archaeorhizomycetes Rosling & T. James 2011; =Archaeorhizomycetales Rosling & T. James 2011] Neolecta Spegazzini 1881 [=Neolectomycetes Eriksson & Winka 1997; =Neolectales Landvik et al. 1997; =Neolectaceae Redhead 1977] Pneumocystis P. Delanoë & Delanoë 1912 [=Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994; =Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997; =Pneumocystidaceae] Spalthefen (Schizosaccharomyces Lindner, 1893) [=Schizosaccharomycetaceae Beij. ex Klöcker 1905; Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993; =Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 [=Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] Echte Hefen (Saccharomycetales Kudryavtsev 1960) [=Saccharomycetes O.E. Eriksson & Winka, 1997; =Saccharomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997] Echte Schlauchpilze (Pezizomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997) Arthoniales Henssen & Jahns ex D. Hawksw. & O. E. Eriksson 1986 [=Arthoniomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] Dothideomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997 Eurotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997, emend. Geiser et al. 2006 Erdzungenverwandte (Geoglossaceae Corda 1838, emend. Schoch et al. 2009) [=Geoglossales Zheng Wang et al. 2009; Geoglossomycetes Zheng Wang et al. 2009] Laboulbeniomycetes Engler 1898 Lecanoromycetes O. E. Eriksson & Winka 2001 Leotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997 Lichinales Henssen & Büdel 1986 [=Lichinomycetes Reeb et al. 2004] Knopfbecherchenverwandte (Orbiliaceae Nannfeldt 1932) [=Orbiliales Baral et al. 2003; =Orbiliomycetes Eriksson & Baral 2003] Becherlingsartige (Pezizales J. Schröter 1894) [=Pezizomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] Sordariomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997 Xanthopyreniaceae Zahlbr. 1926 [=Collemopsidiales Pérez-Ortega et al. 2016; Collemopsidiomycetes Tedersoo et al. 2018] Xylonomycetes R. Gazis & P. Chaverri 2012 Ständerpilze (Basidiomycota R. T. Moore 1980) Agaricomycotina Doweld 2001 Agaricomycetes Doweld 2001 Gallerttränenverwandte (Dacrymycetales Hennings 1898) [=Dacrymycetes Doweld 2001] Tremellomycetes Doweld 2001 Pucciniomycotina R. Bauer et al. 2006 [=Urediniomycetes Swann & Taylor 1995] Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006 Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 [=Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006] Classiculales R. Bauer et al. 2003 [=Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006] Cryptomycocolax Oberwinkler & R. Bauer 1990 [=Cryptomycocolacaceae Oberw. & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006] Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006 Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006 Mixia Kramer 1959 [=Mixiaceae C.L. Kramer 1987; =Mixiales R. Bauer et al. 2006; Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006] Pucciniomycetes R. Bauer et al. 2006 Spiculogloeaceae Denchev 2009 [=Spiculogloeales R. Bauer et al. 2006; =Spiculogloeomycetes Q.M. Wang et al. 2015] Tritirachium Limber 1940 [=Tritirachiaceae Aime & Schell 2011; =Tritirachiales Aime & Schell 2011; =Tritirachiomycetes Aime & Schell 2011] Ustilaginomycotina R. Bauer et al. 2006 Exobasidiomycetes Begerow et al. 2007 Malassezia Baill. 1889 [=Malasseziales R.T. Moore 1980; =Malasseziaceae Denchev & R.T. Moore 2009; =Malasseziomycetes Boekhout et al. 2014] Moniliella Stolk & Dakin, 1966 [=Moniliellaceae Q.M. Wang et al. 2014; =Moniliellales Q.M. Wang, et al. 2014; =Moniliellomycetes Q.M. Wang et al. 2014] Ustilaginomycetes R. Bauer et al. 1997 Wallemiomycotina Doweld 2014 Wallemia Johan-Olsen 1887 [=Wallemiaceae R.T. Moore 1996; =Wallemiales Zalar et al. 2005; =Wallemiomycetes Zalar et al. 2005] Geminibasidiaceae H.D.T. Nguyen et al. 2013 [=Geminibasidiales H.D.T. Nguyen et al. 2013; =Geminibasidiomycetes H.D.T. Nguyen & Seifert 2015] Monoblepharidomycetes J.H. Schaffn. 1909 Mucoromycota Doweld 2001 emend. Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Mucoromyceta Tedersoo et al. 2018] Glomeromycotina C. Walker & A. Schüßler 2016 Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 [=Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011] Arbuskuläre Mykorrhizapilze (Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011) Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001 Jochtrüffelartige (Glomerales J. B. Morton & Benny 1990) Paraglomus J.B. Morton & D. Redecker 2001 [=Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001; =Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001; =Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011] Mortierellaceae A. Fischer 1892 [Mortierellales Cavalier-Smith 1998; =Mortierellomycotina Kerst et al. 2011; =Mortierellomycetes Doweld 2014; =Mortierellomycota Tedersoo et al. 2018] Mucoromycotina Benny 2007 Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979 [=Endogonomycetes Doweld 2014] Mucorales Frtz 1832, emend. Schröter 1897 [=Mucoromycetes Doweld 2014] Umbelopsidales Spatafora, Stajich & Bonito 2016 [=Umbelopsidomycetes Tedersoo et al. 2018] Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 [=Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993, =Neocallymastigacetes M. J. Powell 2007, =Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007]