mini|hochkant=1.1|Der Höhlen-Pfeiffrosch (Eleutherodactylus coqui), die wohl bekannteste Art der puerto-ricanischen Fauna Die Fauna Puerto Ricos ist, ähnlich wie die Fauna anderer Inselarchipele, reich an endemischen Arten. Fledermäuse sind die einzigen noch lebenden einheimischen Landsäugetiere Puerto Ricos. Alle anderen heute vorkommenden Landsäugetiere, wie Katzen, Kleine Mungos, Hausziegen und Schafe, wurden durch den Menschen eingeführt. Im zum Archipel gehörenden Meer leben zudem noch Delphine, Rundschwanzseekühe und Wale. Von den 349 Vogelarten brüten um die 120 auf dem Archipel, 47,5 % der Arten wurden nur selten oder sogar nur als Irrgäste nachgewiesen. Das vermutlich bemerkenswerteste und berühmteste Tier Puerto Ricos ist der Höhlen-Pfeiffrosch oder Coqui, eine kleine endemische Froschart, die eine der 85 Arten der Herpetofauna darstellt. In den Süßgewässern gibt es keine einheimischen Fische, allerdings einige vom Menschen eingeschleppte Arten. Der größte Teil der vorkommenden Arten sind Wirbellose.
Die Ankunft der ersten Menschen vor 4000 Jahren, und in noch größerem Maße die der Europäer vor 500 Jahren, hatte einen starken Einfluss auf die puerto-ricanische Fauna. Jagd, Habitatzerstörung, und die Einführung nicht heimischer Arten führte zum Aussterben beziehungsweise lokalen Aussterben einiger Arten. Naturschutz- und Arterhaltungsbestrebungen, besonders die für die Puerto-Rico-Amazone, begannen in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Im Jahr 2002 gab es 21 gefährdete Wirbeltierarten (zwei Säugetiere, acht Brutvögel, acht Reptilien, sowie drei Amphibien).
Ursprung der Fauna Puerto Ricos mini|hochkant=1.1|Lage Puerto Ricos in der Karibik
Die Karibische Platte, auf der Puerto Rico und die Antillen – mit der Ausnahme Kubas – liegen, formte sich im Mesozoikum. Nach Rosen bildete sich ein vulkanischer Archipel, die sogenannten „Proto-Antillen“, als sich Südamerika von Afrika abspaltete. Dieser Archipel spaltete sich später auf Grund einer neuen Verwerfung in die noch heute existierenden Großen und Kleinen Antillen. Geologisch gesehen ist der Archipel Puerto Ricos jung, da es sich erst vor ungefähr 135 Millionen Jahren bildete. Heutzutage geht man von Howard Meyerhoffs Hypothese aus, die besagt, dass sich die puerto-ricanische Bank, bestehend aus Puerto Rico, seinen vorgelagerten Inseln und den Jungferninseln, mit Ausnahme Saint Croixs, in der Kreidezeit durch Vulkanismus formten.
Es besteht bis heute Uneinigkeit darüber, wann und wie die Vorfahren der Wirbeltiere die Antillen besiedelt haben. Insbesondere ist strittig, ob die Proto-Antillen als Inseln im Ozean lagen, oder ob sie einst eine Landbrücke zwischen Süd- und Nordamerika bildeten. Das erste und vorherrschende Modell favorisiert eine Überwasserausbreitung vornehmlich südamerikanischer Arten; die andere Theorie geht von einer von der proto-antillischen Fauna ausgehenden Artbildung aus. Hedges et al. folgern, dass Ausbreitung der Arten der hauptsächliche Ursprung der Arten der Karibischen Inseln war. So sind beispielsweise Gattungen wie Eleutherodactylus verbreitet gewesen, bevor es zu einer Artentstehung kam. Andererseits haben demnach Insektenfresser, wie Nesophontes sp. und Solenodon marcanoi die Karibischen Inseln bereits früher durch andere Ausbreitungsmethoden besiedelt. Woods liefert Hinweise, die diese These stützen. Analysiert man die Ankunft der Vorfahren der antillischen Baum- und Stachelratten, ergibt sich, dass die ersten Stachelratten die Großen Antillen entweder durch Überspringen von den kleinen Antillen oder schwimmend Puerto Rico oder Hispaniola erreicht haben müssen.
MacPhee und Iturralde schlagen alternativ vor, dass die ersten Tiere des Landsäugetierstammes die Proto-Antillen im Tertiär am Übergang des Eozän in das Oligozän erreichten. Zu dieser Zeit bestand für circa 1 Million Jahre eine Landmasse namens „GAARlandia“ (Greater Antilles + Aves Ridge land), die den Nordwesten Südamerikas mit Kuba, Hispaniola und Puerto Rico verband. Danach hätten sich dann während des Auseinanderfallens der Proto-Antillen die verschiedenen Arten entwickelt.
Die letzten großen Änderungen in der Puerto-ricanischen Fauna ereigneten sich vor 10.000 Jahren, mit dem Anstieg des Meeresspiegels nach der Eiszeit und den damit verbundenen Umweltveränderungen. Puerto Ricos Umwandlung von einer trockenen Savannenlandschaft hin zum derzeitigen feuchten, waldigen Zustand führte insbesondere bei den Wirbeltieren zu massenhaften Artensterben. In dieser Zeit wurde auch die zusammenhängende Puerto-Rico-Bank in einzelne Inseln aufgelöst.
Säugetiere mini|Zeichnung der ausgestorbenen Puerto Rico Spitzmaus (Nesophontes edithae)
Puerto Rico hatte, wie viele andere karibische Inseln auch, verglichen mit dem amerikanischen Festland, eine geringe Zahl an Säugetierarten, jedoch einen hohen Anteil an Endemiten. Neben den 18 im Meer lebenden Säugetieren Puerto Ricos, wie Rundschwanzseekühe, Delphine und Wale. Besteht die ursprüngliche Landsäugetierfauna inzwischen nur noch aus 13 Fledermausarten. Drei weitere Blattnasen sind auf der Insel ausgestorben (Macrotus waterhoussii, Monophyllus plethodon, und Phyllonycteris major).Morgan, G. (2001). Patterns of Extinction of West Indian Bats. Pages 369-408 in Biogeography of the West Indies: Patterns and Perspectives. Boca Raton, Florida. Auch alle übrigen ursprünglichen hier lebenden Landsäugetiere sind ausgestorben. Darunter die größte Art der karibischen Spitzmäuse die Puerto Rico Spitzmaus (Nesophontes edithae), fünf außergewöhnliche Nagetiere: Eine Riesenhutia (Elasmodontomys obliquus), eine Baumratte (Isolobodon portoricensis) und drei Stachelratten (Heteropsomys antillensis, Heteropsomys insulans, Puertoricomys corozalus)Woods, C. A., R. Borroto Paéz, C. W. Kilpatrick. (2001). Insular Patterns and Radiations of West Indian Rodents. Pages 335-353 in Biogeography of the West Indies: Patterns and Perspectives. Boca Raton, Florida.. Auch die auf Puerto Rico verbreiteten Faultiere der Gattung Acratocnus sind ausgestorben. Bejagung und Lebensraumveränderung durch den Menschen sowie eingeführte Arten werden als Ursache des Aussterbens diskutiert. Einige Forscher glauben jedoch, dass diese Arten ausgestorben sind, da sie sich nicht schnell genug an die Umweltveränderungen nach der Eiszeit anpassen konnten.Woods, C. A. (1990). The fossil and recent land mammals of the West Indies: an analysis of the origin, evolution, and extinction of an insular fauna. Pages 641-680 in International symposium on biogeographical aspects of insularity. Rome, Italy.
Die überwiegende Anzahl der heute auf Puerto Rico lebenden Landsäugetiere wurden vom Menschen eingeführt. Die ersten Siedler führten Hunde und Meerschweinchen aus Süd- und Zentralamerika ein. Später führten Taínos Baumratten (Hutias) aus Hispaniola als Nahrungsquelle ein. Mit der Kolonisation durch die Spanier im frühen 16. Jahrhundert kamen domestizierte Tiere, wie Katzen, Hausziegen, Schweine, Hausrinder, Pferde und Esel dazu. Weitere Arten wie die Haus- (Rattus rattus), die Wanderratte (Rattus norvegicus) und Mäuse (Mus sp.) wurden versehentlich als blinde Passagiere eingeschleppt. In jüngerer Zeit wurden auch Tiere zur biologischen Schädlingsbekämpfung eingeführt. Beispielsweise wurde der Kleine Mungo (Herpestes javanicus) im 19. Jahrhundert eingeführt, um die Schäden am Zuckerrohr in den Griff zu bekommen. Allerdings wurden nicht, wie beabsichtigt, die Ratten dezimiert, sondern die heimische Fauna und insbesondere der Gelbschulterstärling Agelaius xanthomus wurden stark in Mitleidenschaft gezogen.
Als Teil einer Studie zur evolutionären Anpassung wurden 1967 57 Rhesusaffen auf die Insel Desecheo und andere südliche Inseln und Riffe eingeführt. Vor der Einführung war Desecheo einer der größten Brutplätze des Brauntölpels (Sula leucogaster). Heutzutage brütet auf Grund des Eierraubes durch die Affen keine Vogelart mehr auf der Insel. Anstrengungen die Affen wieder zu entfernen schlugen fehl und sie haben mittlerweile ihr Verbreitungsgebiet bis in den Südwesten Puerto Ricos ausgedehnt. Aber auch andere Primaten haben Populationen in Puerto Rico aufgebaut. Ende der 1970er Jahre entkamen 107 Totenkopfaffen infolge von Vandalismus aus einer Forschungsstation bei Sabana Seca. Neueste Schätzungen gehen davon aus, dass diese Population heute aus 35 Individuen besteht.
mini|Die Karibik-Manati, eine puerto-ricanische Säugetierart
Die wohl berühmtesten im Meer lebenden Säugetiere Puerto Ricos sind die Karibik-Manatis (Trichechus manatus manatus). Die Gewässer des Archipels sind Teil der Haupttaufzuchtgebiete dieser Art. Rundschwanzseekühe sind überhaupt sehr beliebt und kulturell in Puerto Rico verankert. So gibt es ein Lied von Tony Croatto, in dem er ein von Menschen aufgezogenes Tier besingt. Auch die Gemeinde Manatí (spanisch für Rundschwanzseekuh) soll nach den Tieren benannt sein.
Die Gewässer um Puerto Rico sind darüber hinaus während des Winters ein wichtiger Aufzuchtplatz der Buckelwale auf der Nordhalbkugel. Buckelwalbeobachtung ist auch eine beliebte Touristenattraktion.
Fledermäuse Die 13 noch lebenden Fledermausarten gehören folgenden fünf verschiedenen Familien an: Hasenmäuler (Noctilionidae), Kinnblattfledermäuse (Mormoopidae), Blattnasen (Phyllostomidae), Glattnasen (Vespertilionidae) und Bulldoggfledermäuse (Molossidae). Zudem sind sechs der Arten endemisch auf dem Archipel. Insgesamt sind sieben Arten Insektenfresser, vier gelten als Frugivoren und jeweils eine Art ernährt sich von Fisch bzw. Nektar. Verglichen mit anderen Teilen der Großen Antillen sind 13 Arten relativ wenig. Auf Jamaika leben zum Vergleich 21 Arten, also 1,6-mal so viele, obwohl die Fläche nur etwa um den Faktor 1,2 größer ist. Eine Erklärungsmöglichkeit dafür ist, dass Jamaika näher am Festland liegt beziehungsweise über Kuba für Arten vom Festland zu erreichen ist.
Fledermäuse spielen eine wichtige Rolle in der Wald- und Höhlenökologie Puerto Ricos und helfen die Moskitopopulation unter Kontrolle zu halten. Zehn der 13 Arten sind Höhlenbewohner mit niedrigen Reproduktionsraten. Das Gebiet mit der höchsten Artdichte befindet sich im Caribbean National Forest, wo elf Arten auftreten. Der auf der Puerto Rico Bank endemische fruchtfressende Rote Fruchtvampir (Stenoderma rufum) gilt als einzige Art, die die Samen der Balatabäume (Manilkara bidentata) im Dacryodes excelsa-Wald auf den Luquillo Mountains ausbreitet, und ist somit für dieses Ökosystem sehr wichtig. Von den Fledermäusen erzeugtes Guano sorgt für artenreiche Höhlenökosysteme, denn viele der wirbellosen Höhlenbewohner sind entweder Guano- bzw. Aasfresser, Saprophage oder Jäger derselben.
Die auf dem Archipel von Puerto Rico vorkommenden Fledermausarten sind: Artibeus jamaicensis Brachyphylla cavernarum Eptesicus fuscus Erophylla sezekoni bombifrons Lasiurus borealis Molossus molossus Monophyllus redmani Mormoops blainvillei Noctilio leporinus Pteronotus parnellii Pteronotus quadridens Stenoderma rufum Tadarida brasiliensis
Vögel mini|Zuckervogel, die häufigste Art in Puerto Rico
Die Avifauna Puerto Ricos setzt sich aus 349 Arten zusammen, von denen 16 Arten endemisch auf dem Archipel sind. Fast die Hälfte der Arten (166) sind Irrgäste, wurden also nur ein- oder zweimal gesichtet. 42 Arten gelten als Neobiota und wurden entweder direkt oder indirekt durch den Menschen eingeführt. Schätzungsweise 120 Arten brüten zudem regelmäßig auf dem Archipel.