Die Geschichte der Stadt Neumarkt in der Oberpfalz beginnt um das Jahr 1100. Zunächst als neuer Marktplatz zwischen Nürnberg und Regensburg gegründet, entwickelt sich die Stadt schnell zum Mittelpunkt der Region. Einen Höhepunkt erreicht die Geschichte, als Neumarkt im 15. und 16. Jahrhundert Residenzstadt der wittelsbachischen Pfalzgrafen in der Oberpfalz wird. Danach verliert die Stadt an Bedeutung und kann sich erst im 19. Jahrhundert wieder zu einem wirtschaftlichen Standort entwickeln. 1945 wird die Stadt größtenteils zerstört, kann sich in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts jedoch zum wirtschaftlichen und kulturellem Zentrum der westlichen Oberpfalz entwickeln.
Ur- und Frühgeschichte (bis 1000) Spuren einer ersten Besiedlung lassen sich bis in die Jungsteinzeit (3000 v. Chr. – 1800 v. Chr.) zurückverfolgen, z. B. die Grabhügel nahe der Stadtteile Höhenberg und Voggenthal sowie einige bandkeramische Funde bei Velburg. Weitere Grabhügel und vor allem auch der in der benachbarten Marktgemeinde Postbauer-Heng gefundene Goldhut weisen darauf hin, dass die Siedlungstätigkeit unter den Kelten in der Bronzezeit um 1000 v. Chr. weiter zunahm. Mehrere als Viereckschanzen ausgeführte Befestigungen befinden sich z. B. bei Lauterhofen und Berngau-Dippenricht, außerdem eine Wallanlage auf dem Hochplateau des Buchberges.
Nach dem Untergang des Römischen Reichs drangen die Bajuwaren in das heutige Bayern vor und dehnten sich langsam auch nördlich der Donau aus. Aus dieser Zeit, dem 6. oder 7. Jahrhundert, stammen die zahlreichen Orte, die auf -ing enden, so auch Pölling, das als Gründung eines gewissen Bollo entstanden sein dürfte. Erste fränkische Königshöfe tauchten dann in Berngau und Lauterhofen auf.
Gründung und Anfänge (1000–1410) mini|hochkant|Stadtmauer mit Pulverturm (ca. 1300) Die genauen Gründungsdaten von Neumarkt sind nicht bekannt, aber die Gründung als „neuer Markt“ wird für den Anfang des 12. Jahrhunderts an der Handelsstraße zwischen Nürnberg und Regensburg angenommen. Sie kreuzte, wohl am heutigen Bernfurter Weiher im Stadtteil Altenhof, die Strecke von Böhmen in Richtung Landshut, hier existierte auch eine Zollstation. Große Teile des Neumarkter Talkessels waren damals in Besitz der Herren von Wolfstein-Sulzbürg, was auf diese als Gründer zurückschließen lässt, aber nicht belegbar ist. 1135 tauchte zwar in einer Besitzübergabe an das Kloster Prüfening ein Friedericus de Niuwenmarchte als Zeuge auf und 1160 wurde in einem Schenkungsbuch des Klosters Reichenbach ein Marchward du Nuwenmarchet erwähnt. Die geographischen Bezüge machen es jedoch unwahrscheinlich, dass damit Neumarkt in der Oberpfalz gemeint ist: Ein Bezug zu Cham im Bayerischen Wald, das, wegen einer Neugründung an anderer Stelle, ebenfalls als „Neuer Markt“ bezeichnet wurde, ist wahrscheinlicher. Es wird allgemein angenommen, dass die Stadt um 1130 planmäßig entlang zweier Hauptachsen angelegt wurde, wie es für Städtegründungen dieser Zeit üblich war. Am 19. März 1232 wird in einem Vertrag zwischen dem Bischof Sifrid von Regensburg und seinem Dienstmann Conrad von Hohenfels ein nicht namentlich benannter Schultheiß von Neumarkt als Zeuge aufgeführt (Regesta Imperii V,1,2 n. 4229). Erstmals sicher urkundlich erwähnt wurde Neumarkt im Jahre 1235, als Kaiser Friedrich II. Zollfreiheit zwischen Neumarkt und Nürnberg und der Stadt damit auch Reichsunmittelbarkeit garantierte. Neben Nuvenmarchet („Neuer Markt“) wurde die Stadt meist als Neoforo oder Novoforo („Neues Forum“) bezeichnet. Im Rahmen des sogenannten Rintfleisch-Pogroms werden am 27. Juli 1298 in Neumarkt zwischen 40 und 65 Menschen getötet. Im Jahr 1315 berichteten erste Quellen von einer Stadtbefestigung, die aus einer Stadtmauer mit 2 Toren bestand.
Trotz wiederholter Bestätigung der Reichsfreiheit (so z. B. 1401, 1417 und 1521) gelang es jedoch nicht, diesen Status vor allem gegenüber den Wittelsbachern durchzusetzen. Am Ende des staufischen Kaisergeschlechts 1268 fiel Neumarkt an Ludwig von Bayern und damit an die Wittelsbacher. Zwar versuchten die deutschen Könige, u. a. Adolf von Nassau 1295 und Albrecht 1301, die Stadt wieder ihrem direkten Einfluss zu unterstellen, doch führten politische Streitigkeiten Neumarkt nach kurzer Zeit immer wieder zurück an die Wittelsbacher. Mit dem Hausvertrag von Pavia 1329, der die Wittelsbacher Lande aufteilte, wurde deren Anspruch bestätigt und Neumarkt fiel an die Pfalz bei Rhein.Am 15. Mai 1381 wird der von einer Nürnberger Söldnertruppe in Postbauer festgenommene Raubritter Eppelein von Gailingen in Neumarkt hingerichtet.Im März 1388 findet unter Pfalzgraf Ruprecht I. (Pfalz) in Neumarkt ein Schiedsgericht statt, das den Städtekrieg 1387–1389 zwischen dem Schwäbischen Städtebund und den bayerischen Herzögen beenden soll. Es wird ein Vergleich zu Gunsten der Städte geschlossen, der jedoch im Verlauf weiterer Verhandlungen wieder revidiert wird.
Pfälzische Residenzstadt (1410–1544) mini|300px|Unteres Tor um 1505 – Wiederaufbau nach der Belagerung durch die Nürnberger Truppen
mini|hochkant|Friedrich II. von der Pfalz Im 15. Jahrhundert und 16. Jahrhundert war Neumarkt pfälzische Residenzstadt. Nach dem Tod Ruprechts III. 1410 wurde unter seinen vier Söhnen und Erben die Kurpfalz aufgeteilt. Johann (* 1383; † 1443) erhielt die „Obere Pfalz“ und verlegte seinen Regierungssitz nach Neumarkt. Unter Pfalzgraf Johann entstanden die Hochbauten der Stadt wie das Rathaus, das Pfalzgrafenschloss, die Kirche St. Johannes, die Hofkirche und der Reitstadel. Sein Sohn Christoph (* 1416; † 1448) erhielt die dänische Königswürde und ließ Neumarkt von Heinrich von Parsberg als Statthalter verwalten. Christoph hinterließ keine Erben und beendete die Linie Pfalz-Neumarkt, so dass die oberpfälzischen Territorien an die Linie Pfalz-Mosbach-Neumarkt kamen.
Pfalzgraf Otto I. (* 1390; † 1461) regierte abwechselnd von Mosbach und Neumarkt aus, erst sein Sohn Otto II. (* 1435; † 1499) residierte wieder hauptsächlich in Neumarkt. Dort empfing er im Jahr 1475 die polnische Königstochter Hedwig und geleitete sie als Brautführer nach Landshut, wo sie bei der sogenannten Landshuter Hochzeit mit dem Herzogssohn Georg, dem späteren Georg dem Reichen, vermählt wurde. Der auch als Otto Mathematikus bekannte Pfalzgraf widmete sich im Laufe der Zeit immer mehr seinen astronomischen Interessen und gab 1490 die Regierungsgeschäfte zurück an die Kurlinie unter Philipp dem Aufrichtigen.
Der Landshuter Erbfolgekrieg machte auch vor Neumarkt nicht halt: Im Juli 1504 marschierten etwa 5000 (nach anderen Quellen 8000) Mann Nürnberger Kriegsvolk mit etwa 40 Kanonen (nach anderen Quellen 80) gegen Neumarkt. In der Stadt spitzte sich die Lage zu, da die dort stationierten Landsknechte die Stadt an den Feind übergeben und plündern wollten. Die Situation entspannte sich wieder, als der kurfürstliche Vizedom Ludwig von Eyb aus Amberg mit einer Schar Bewaffneten angerückt, für Ordnung sorgte. Er legte zur Unterstützung zusätzlich 500 (nach anderen Quellen 1500) böhmische Kriegsknechte unter dem Hauptmann von Kanitz in die Stadt. Am 12. Juli begann die Belagerung. Den Nürnberger Angreifern gelang es nicht, die Stadt vollständig einzuschließen. Das Obere Tor (damals Deininger Tor) blieb offen. Die Belagerer konzentrierten sich auf den nördlichen Teil der Stadt. Dort konnten die Verteidiger nach schwerem Beschuss der feindlichen Artillerie eine vor dem Unteren Tor befindliche Schanze nicht mehr halten. Die nördliche Vorstadt mit dem Heilig-Geist-Spital wurde daraufhin von den sich zurückziehenden Verteidigern in Brand gesteckt, um den Nürnberger Angreifern keine Deckung zu bieten. Die Nürnberger versuchten, die Burg Wolfstein einzunehmen, scheiterten aber, da die Besatzung Unterstützung aus Amberg erhalten hatte. Die Belagerer verbrannten nun die Mühlen vor der Stadt. Die feindliche Artillerie richtete schweren Schaden in der Stadt und vor allem an der Stadtbefestigung an. Das Untere Tor, weitere Türme und Teile der Stadtmauer lagen in Trümmern. Die Belagerten antworteten mit einem abendlichen Ausfall Richtung Bernfurt, der zu Verlusten auf beiden Seiten führte. Schließlich resignierten die Nürnberger, die vergeblich um kaiserliche Unterstützung gebeten und diese erhofft hatten, und zogen am 30. Juli 1504 heimlich in der Nacht ab. Teile der Stadt waren schwer verwüstet.
Friedrich II. von der Pfalz (* 1482; † 1556), auch „Friedrich der Weise“ genannt, kehrte schließlich wieder in die Neumarkter Residenz zurück, ließ diese zu einem prächtigen Wasserschloss erweitern und vollendete auch den Bau der Hofkirche.
1531 verlor die Stadt offiziell ihren Status als Freie Reichsstadt, als Kaiser Karl V. sie als erblichen Besitz an die Pfalzgrafen übereignete. Vermutlich auf Grund eines erneuten Ausbruchs der Pest verfasst im Jahr 1533 der Neumarkter Stadtarzt Marcus Deas Veringer (Markus Beringer) ein als Pestregiment bezeichnetes Buch. 1544 erhielt Friedrich II. die Kurwürde und siedelte mit seinem Hofstaat nach Heidelberg über, die Zeit als Residenzstadt war damit beendet.
Frühe Neuzeit und Zeiten des Umbruchs (1544–1815) mini|Neumarkt um 1644 (Merian) mini|Stadtbefestigung 1675 Der endgültige Verlust dieser Privilegien führte dazu, dass Neumarkt immens an Bedeutung verlor. Im politischen und wirtschaftlichen Leben spielte die Stadt anschließend nur noch für die umgebende Region eine Rolle, das Wachstum kam nahezu zum Stillstand. Erst in der Mitte des 19. Jahrhunderts machte sich wieder ein Aufschwung bemerkbar.
1546 ziehen im Schmalkaldischen Krieg kaiserliche Truppen unter Maximilian von Egmond, von Aachen kommend, Richtung Ingolstadt durch das Neumarkter Gebiet. Dabei kommt es zu schweren Plünderungen, für die sich der kaiserliche Feldherr in einem Brief an Kurfürst Friedrich II. nachträglich entschuldigt (Sammlung von Briefen und Urkunden – Universitätsbibliothek Heidelberg, Cod. Pal. germ. 8).
Im Jahre 1562 wütete die Pest in der Stadt und der Umgebung. Im 16. Jahrhundert machten sich unter Pfalzgraf Ottheinrich die Lehren Luthers im bis dahin katholischen Neumarkt bemerkbar, denen sich Friedrichs Witwe Dorothea aber bis zu ihrem Tod 1580 erfolgreich widersetzte.
1581 wird in Neumarkt im Gasthaus Zur Glocke ein Durchreisender als der gesuchte Serienmörder Peter Nirsch identifiziert. Beim Verhör unter Folter gesteht er mehr als 500 Morde ein. Viele schwangere Frauen und Kindern waren unter seinen Opfern. Er wird verurteilt und grausam hingerichtet.
Ab ca. 1590 wurde vom Pfalzgrafen Johann Casimir auch in Neumarkt der Calvinismus eingeführt. Für das Jahr 1612 wird wieder ein Ausbruch der Pest vermeldet. Als im Verlauf des Dreißigjährigen Krieges 1628 die Oberpfalz mit Neumarkt an Bayern kam, setzte sich wieder die katholische Lehre durch. 1630 und 1631 grassierte wieder die Pest in der Stadt. Zweimal wurde Neumarkt von schwedischen Truppen besetzt, nämlich von 1633 bis 1635 während der Kämpfe um Regensburg und von 1646 bis 1649. In beiden Fällen wurde die Stadt geplündert.
Am 17. März 1703 wurde die kurbayerische Stadt und Garnison im Spanischen Erbfolgekrieg nach fünftägiger Belagerung von österreichischen Truppen und Truppen des fränkischen Reichskreises unter General Styrum besetzt. Von 1708 bis 1714 kam die Stadt wie die gesamte Oberpfalz unter Pfalz-Neuburgische Herrschaft. Ähnliches ereignet sich wiederum 40 Jahre später im Österreichischen Erbfolgekrieg. Unter dem Generalfeldzeugmeister Thüngen besetzen österreichische Truppen 1743 die Stadt. Dem bayerischen Freikorpsführer Johann Michael Gschray gelingt es die Stadt kurzzeitig für Bayern zurückzugewinnen, aber 1744 fällt sie wieder bis zum Friedensschluss 1745 an die Österreicher.