Der historische Altstadtkern der ehemaligen protestantischen freien Reichsstadt Regensburg mit 1500 denkmalgeschützten Gebäuden ist nach wenigen Verlusten und Beschädigungen durch Bombentreffer in der Zeit des Zweiten Weltkriegs und trotz einiger Abbruchmaßnahmen in der Nachkriegszeit bis zum Beginn der 1970er Jahre relativ gut erhalten. Heute bilden 984 dieser erhaltenen Gebäude im historischen Kerngebiet der Stadt das Ensemble Altstadt von Regensburg mit Stadtamhof. Dieses Kerngebiet wurde 2006 von der UNESCO als Weltkulturerbe ausgezeichnet.
Heutige Besucher der Stadt können am Altbaubestand erkennen, dass Gebäude und andere Bauten in der Altstadt von Regensburg trotz einiger Luftangriffe amerikanischer Verbände im Zweiten Weltkrieg mit Ausnahme weniger Totalverluste und einiger Beschädigungen meist unversehrt erhalten sind.Totale und schwere Verluste ehemaliger denkmalwürdiger Gebäude: Synagoge erbaut 1912, Gartenschlößchen Theresens Ruh im Fürstenpark nah dem Bahnhof, ursprünglicher Eiserner Steg erbaut 1900, Obermünsterkirche, Beschädigungen: Minoritenkirche, Alte Kapelle, Patrizierhaus Neue Waag, Steinerne Brücke
Die Luftangriffe galten zunächst den Messerschmitt-Flugzeugwerken im Regensburger Westenviertel und nach deren Zerstörung und nach Auslagerung der Produktion bevorzugt den Bahn- und Hafenanlagen außerhalb der Altstadt. Relativ schwer getroffen wurde der südliche Vorort Kumpfmühl-Ziegetsdorf-Neuprüll, vielleicht weil sich im Süden dieses Vorortes die Wohnsiedlungen der Arbeiter des Messerschmitt-Flugzeugwerks befanden.
mini|600px|Donaupanorama mit Steinerner Brücke und Dom mini|600px|Blick auf das Zentrum von Regensburg vom Turm der Dreieinigkeitskirche
Vorbemerkungen zum Erhalt denkmalgeschützter Gebäude in Regensburg Besuchern der Stadt ist meist nicht bekannt, dass der am Ende des Zweiten Weltkriegs nahezu vollständig unzerstört erhaltene Gebäudebestand von Regensburg in der Nachkriegszeit stark bedroht war durch die Folgen einer enormen Überbevölkerung und fehlende Finanzmittel. Die nahezu unzerstörte Stadt, in der bereits seit dem Ersten Weltkrieg Wohnungsnot herrschte, gewann nach dem Krieg eine magische Anziehungskraft für Flüchtlinge, Arbeitssuchende, Heimkehrer und Vertriebene, obwohl es in der Stadt kaum industrielle Arbeitsplätze gab. Auch KZ-Überlebende, wie z. B. der Italiener Aldo Carpi kamen nach Regensburg, denn dort wurden Sammeltransporte in die Heimatländer zusammengestellt. Besonders stark belastet wurde die Altstadt von Regensburg durch Zuzüge aus der Gruppe der drei Millionen vertriebenen Sudetendeutschen, die dauerhaft Aufenthalt benötigten, aber nur teilweise aufgenommen werden konnten. Die Stadtverwaltung war mit den Problemen völlig überfordert, zumal der offizielle Antrag der Stadt um Anerkennung als Brennpunkt eines Wohnungsbedarfs von der örtlichen amerikanischen Militärregierung nicht an die Zentralregierung der Besatzungsmacht nach München weitergeleitet worden war.
In der Folge war die Stadt Regensburg in den ersten beiden Jahrzehnten nach dem Krieg stark überbevölkert. Der schlechte Bauzustand der vielen alten Gebäude, die damals, anders als heute, in der Bevölkerung wegen ihres Alters keine Wertschätzung erfuhren, boten mit ihren teilweise großen Innenräumen, die für mehrere Familien aufgeteilt werden mussten, für ungefähr 7000 Personen kaum zumutbare räumliche Wohnverhältnisse mit unhygienischen Lebensbedingungen in Hinsicht auf Wasserversorgung und Abwasserentsorgung. Sehr groß war auch die Brandgefahr wegen vielfach nicht vorhandener Küchen mit passenden Feuerstellen.
Im Jahr 1949 führte ein polemischer Zeitungsbericht in Hannover über die Wohnverhältnisse in Regensburg zu einem Skandal in Regensburg. Berichtet wurde über eine „einzigartige Bilanz des Notstandes“ in einer Stadt, in der die Zeit stillstehe und in der über die Errichtung einer Universität spekuliert wird, statt über die Ansiedlung von Industriebetrieben, mit denen man Arbeitsplätze für die eigentlich unerwünschten Flüchtlinge hätte schaffen können. Wichtige Entscheidungen würden in Regensburg nur im Bischöflichen Ordinariat getroffen und nicht im Rat der Stadt. In der Stadtverwaltung lagen daraufhin die Nerven blank, denn die Situation verschlechterte sich immer weiter. Anfang 1949 war die Bevölkerung auf 138.000 Personen angestiegen, ohne Einbezug nicht angemeldeter Personen. 1951 waren 5400 Familien mit 13 % der Einwohner wohnungssuchend, eine Zahl, die bis 1955 noch weiter anstieg auf 9790 Familien, obwohl sich die Zahl zuziehender Flüchtlinge entspannt hatte, vielleicht weil die Stadtverwaltung Plakatsäulen aufgestellt hatte, auf denen vor einem Zuzug nach Regensburg gewarnt wurde.
In der Stadtverwaltung fehlten Konzepte und Finanzierungsmöglichkeiten für Sanierungsmaßnahmen. Das führte dann zur Abwanderung von Wohnungssuchenden in die Umlandgemeinden und zu einer ungünstigen Sozialstruktur der verbleibenden städtischen Einwohnerschaft. Als Folge galten sehr bald Umzüge in neu geplante Hochhäuser als erstrebenswert. Auch erschien es zunehmend als angebracht, wie schon vor dem Krieg begonnen, auch alte Gebäude abzureißen, die den Krieg unbeschädigt überstanden hatten. Dem damaligen Zeitgeist folgend schienen Neubauten und breite Schneisen für den Autoverkehr nötig zu sein. Auch in Regensburg wurden im Zusammenhang mit der Erschließung und Anbindung von geplanten Industrieansiedlungen solche Projekte geplant. Ein Beispiel dafür ist die Planung einer vierspurigen Ost-West-Straße parallel zur Donau in der Keplerstraße nach Abriss der historischen Häuser mit ihren typischen Vorbauten im ehemaligen Hafengebiet am südlichen Ufer der Donau. Die neue Straße sollte die Steinerne Brücke unterqueren und über die Ostengasse bis zum Schlachthof verlängert werden, womit sogar der Abbruch des Ostentores drohte.
Für die in München beginnende Autobahn-Süd-Nord-Trasse und für die dann als Folge im Stadtgebiet von Regensburg benötigte Kreuzung mit der Trasse der geplanten Ost-West-Donauparallele war der Donaumarkt vorgesehen. Deshalb wurden auf Donaumarkt in der Nachkriegszeit alle älteren Gebäude abgerissen. Nach der Kreuzung der beiden innerstädtischen Trassen war die Fortsetzung der Süd-Nord-Autobahntrasse nach Norden als sogenannte Bayerwaldbrücke über die Donau geplant. Diese Baumaßnahme hätte außer den historischen Salzstadel (Stadtamhof) auch den ganzen Stadtteil Stadtamhof und seine Bewohner schwer betroffen, denn nördlich von Regensburg sollte die sogenannte Stadtautobahn an die Nord-Süd-Bundesautobahn 93 anschließen, von der bereits in den 1960er Jahren ein Teilstück freigegeben worden war. Der geschlossene Widerstand von Bürgerinitiativen und einigen Stadträten führte aber zur Sondersituation Regensburg und letztlich zur Aufgabe aller alten Straßen-Planungen unter dem damaligen SPD-Oberbürgermeister Rudolf Schlichtinger. Es folgte die Verlegung der Süd-Nord-Autobahntrasse nach Westen in das Gebiet außerhalb der Altstadt von Regensburg. Heute durchquert die Trasse dort den westlichen Vorort Prüfening (Regensburg), eingehaust in einem Tunnel, und quert dann die Donau über eine Brücke und den nördlich anschließenden Höhenzug Winzerer Höhen in einem Tunnel. Allerdings war danach vom weiteren Verlauf der neu geplanten Autobahn nach Norden das Tal des Flusses Regen betroffen.
Im Stadtgebiet von Regensburg wurden auf dem Donaumarkt erst beim Baubeginn des 2019 eröffneten Hauses der bayerischen Geschichte bei großflächigen Ausgrabungen die verborgenen Grundrisse der dortigen ehemaligen Häuser und die Verläufe der ehemaligen Gassen wieder sichtbar.
Noch heute sind Relikte der ursprünglichen Trassenpläne, die zwar begonnen, aber nach zunehmendem Widerstand in der Bevölkerung und dann auch im Stadtrat nicht verwirklicht wurden, außerhalb der Altstadt erkennbar und auf ihre Art sehenswürdig. So ist z. B. das abrupte östliche Ende der vierspurigen von West nach Ost verlaufenden Clermont-Ferrand-Allee vor dem Eintritt in die westliche Altstand bemerkenswert. Ebenso erstaunlich und aus heutiger Sicht unverständlich, aber sehenswert, sind die Ausmaße der sehr kurzen, aber sehr breiten mehrspurigen, von Nord nach Süd verlaufenden Bayerwaldstraße nördlich der Donau als nördliche Nebenstraße der Frankenstraße in Stadtamhof. Diese Straße ist ein Stück einer nicht verwirklichten innerstädtischen Autobahn.
Große Teile der Altstadt von Regensburg entgingen dem Abbruch meist wegen der damalig schwachen wirtschaftlichen Lage der Stadt, weil sich der Abriss wirtschaftlich nicht lohnte. Wenn es aber ein alteingesessenes Unternehmen und einen erfahrenen Unternehmer mit Grundbesitz in der Altstadt gab, wie im Fall der Friedrich Pustet KG im Areal Gesandtenstraße, Rote Hahnen-Gasse, dann konnten auch neun historische Häuser abgebrochen werden zu Gunsten neuer Nachkriegsbauten. Das geschah mit überwiegender Zustimmung der Bevölkerung und es konnte geschehen, weil das Bayerische Denkmalschutzgesetz erst 1973 verabschiedet wurde. Noch kurz vor der Verabschiedung des Gesetzes wurde 1968 auf dem Neupfarrplatz damit begonnen, zwölf alte Bürgerhäuser abzubrechen und damit eine bauliche Umgestaltung des östlichen und südlichen Bereichs des Neupfarrplatzes und des Kassianplatzes in die Wege zu leiten. Neu erbaut wurde ein damals modernes Kaufhaus, dem auch das 1611 entstandene Gebäude der Alten Wache weichen musste. Als heutige Sehenswürdigkeit erhalten blieben nur die Eingangsfront der Alten Wache und der zugehörige Säulenportikus, die in die Westfront des neu entstandenen Kaufhauses einbezogen wurden.
Auch nach der Verabschiedung des Denkmalschutzgesetzes kam es im Fall von Bodendenkmälern noch zu groben Nachlässigkeiten. Das hatte große Verluste von Bodendenkmälern zur Folge bei den Tiefbaumaßnahmen für das neue Kaufhaus auf dem Neupfarrplatz, wo nahe dem Zentrum des ehemaligen Römerlagers Castra Regina viele Bodendenkmäler zu erwarten waren.
Das späte Einsetzen des Nachkriegsaufschwungs in Regensburg erst gegen Ende der sechziger Jahre war 1962 mit der Gründung der Universität Regensburg verbunden. Das hatte einen starken Zuzug von Studierenden und jungen Wissenschaftlern aus vielen Gebieten der Bundesrepublik zur Folge. Viele von ihnen waren beeinflusst von den damaligen Studentenbewegungen und von Neuen sozialen Bewegungen, die mit den Zuzüglern nach Regensburg vordrangen. Hier kam es zu Verbindungen mit sehr aktiven örtlichen Bürgerinitiativen, die sich auch engagierten für Themen wie Kinderbetreuung, günstige Wohnungen, Nahverkehr und Verkehrsberuhigung. Die Bürgerinitiativen mischten sich vor Ort stark in die Kommunalpolitik ein, lehnten den unter Oberbürgermeister Schlichtinger geplanten überdimensionierten Straßenbau in der Altstadt ab und entwickelten eigene Konzepte zur Stadtentwicklung unter Erhalt der historischen Bausubstanz und Neubau von Donaubrücken und Straßenneubau. Diese Themen, waren damals besonders in der SPD-Fraktion auf der kommunalpolitischer Ebene sehr umstritten, was sogar zum Ausschluss einzelner Stadträte aus der jeweiligen Stadtratsfraktion führte.
Mittlere Altstadt von Nord nach Süd Steinerne Brücke bis zum Domplatz/Kornmarkt mini|Salzstadel und Stadttor, aus Sicht der Steinernen Brücke Die der Donau zugewandte Altstadtseite von Regensburg wird von der Steinernen Brücke geprägt. Die Steinerne Brücke mit dem Brückentorturm wurde 1135 bis 1146 gebaut. Erst mit dem Bau der mittelalterlichen Stadtbefestigungsanlagen am Beginn des 14. Jahrhunderts wurde der Brückturm auch Teil der Stadtbefestigungsanlagen.