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PubChem ist eine freie Datenbank chemischer Verbindungen. PubChem wird unterhalten vom nationalen Zentrum für Biotechnologische Information der USA (National Center for Biotechnology Information, NCBI), einem Bestandteil der nationalen medizinischen Bibliothek der USA (United States National Library of Medicine, NLM), die Teil des nationalen Instituts für Gesundheit der USA (National Institutes of Health, NIH) ist.
PubChem ist mit den anderen Datenbanken des Entrez-Portals wie z. B. PubMed verlinkt. Neben den üblichen Merkmalen zur Textsuche bietet PubChem eine Struktur- und Substruktursuche auf Basis von gezeichneten Strukturformeln an. Alternativ kann eine Struktur auch über eine Datei eingelesen werden.
Geschichte Im Jahr 2004 war die erste Veröffentlichung der Datenbank, d. h. der Beginn von PubChem.
Datensätze Es sind 824 Datenquellen (Stand 2021) an PubChem angeschlossen.
Die folgenden Datensätze werden durch PubChem abgebildet (Stand 2021): KollektionEinträgeOriginal-Beschreibung (englisch)zu Deutsch (Google Translate)Compounds110.953.228Unique chemical structures extracted from contributed PubChem Substance recordsEinzigartige chemische Strukturen, die aus beigesteuerten PubChem-Substance-Datensätzen extrahiert wurdenSubstances276.898.579Information about chemical entities provided by PubChem contributorsVon PubChem-Mitwirkenden bereitgestellte Informationen zu chemischen StoffenBioAssays1.391.562Biological experiments provided by PubChem contributorsBiologische Experimente von PubChem-MitwirkendenBioactivities292.633.795Biological activity data points reported in PubChem BioAssaysIn PubChem BioAssays gemeldete Datenpunkte zur biologischen AktivitätGenes103.715Gene targets tested in PubChem BioAssays and those involved in PubChem PathwaysIn PubChem BioAssays (Bioaktivitätstests) getestete Gen-Targets und solche, die an PubChem Pathways beteiligt sindProteins96.561Protein targets tested in PubChem BioAssays and those involved in PubChem PathwaysIn PubChem BioAssays getestete Protein-Targets und solche, die an PubChem Pathways beteiligt sindTaxonomy531.241Organisms of targets tested in PubChem BioAssays and those involved in PubChem PathwaysIn PubChem BioAssays getestete Zielorganismen und solche, die an PubChem Pathways beteiligt sindPathways238.597Interactions between chemicals, genes, and proteinsWechselwirkungen zwischen Chemikalien, Genen und ProteinenLiterature33.276.936Scientific publications with links in PubChemWissenschaftliche Publikationen mit Links in PubChemPatents28.543.965Patents with links in PubChemPatente mit Links in PubChem
Zitation Die gewünschte Zitation der Datenbank ist wie folgt: Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, Li Q, Shoemaker BA, Thiessen PA, Yu B, Zaslavsky L, Zhang J, Bolton EE. PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8; 49(D1):D1388–D1395. doi:10.1093/nar/gkaa971. [PubMed PMID 33151290] [PubMed Central PMCID: PMC7778930] [Free Full Text] Eine Detailbeschreibung und weitere Beispiele können dem Handbuch entnommen werden.
Literatur S. Kim, P. A. Thiessen, T. Cheng u. a.: Literature information in PubChem: associations between PubChem records and scientific articles. In: J Cheminform. Band 8, 2016, S. 32. doi:10.1186/s13321-016-0142-6 PubChem. In: Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Informatics. Springer, Dordrecht 2008. doi:10.1007/978-1-4020-6754-9_13806 P. M. Selzer, R. J. Marhöfer, O. Koch: Biologische Datenbanken. In: Angewandte Bioinformatik. Springer Spektrum, Berlin/Heidelberg 2018. doi:10.1007/978-3-662-54135-7_2
Siehe auch ChemIDplus ChemSpider
Weblinks PubChem Webseite PubChem Blog (seit 2013) Hilfeseite bei PubChem (Handbuch) Informationen zum Download NCBI Minute: PubChem, a Source of Laboratory Chemical Safety Information (YouTube; 21 Min.)
Einzelnachweise
Kategorie:Chemie-Onlinedatenbank Kategorie:Biologie-Onlinedatenbank Kategorie:Medizininformatik Kategorie:National Institutes of Health Kategorie:Online-Datenbank (Gesundheit) Kategorie:Online seit 2004