mini|hochkant=1.5|Ansicht der Stadt Frankfurt, kolorierter Kupferstich, Frans Hogenberg: Civitates Orbis Terrarum, Köln 1572
Die Geschichte der Stadt Frankfurt (Oder) umfasst die Entwicklungen auf dem heutigen Gebiet der Stadt Frankfurt (Oder) von der ersten Besiedlung bis zur Gegenwart.
13. Jahrhundert mini|hochkant|Mittelalterlicher Stadtgrundriss nach Ernst Walter Huth (1971)
Infolge der mittelalterlichen Warmzeit stiegen nach 1200 die Wasserspiegel der Ostsee und Oder an, so dass der von Wasserläufen und Sümpfen durchzogene, 6 km breite Lebuser Bruch schwerer passierbar wurde. Bei der späteren Stadt Frankfurt verengte sich das Odertal dagegen auf 2 km. Dieser Übergang war leichter zu passieren und verkürzte den Weg zur Spree und damit über Havel und Elbe nach Magdeburg. Daher entwickelte sich hier eine Kaufmannssiedlung.
Der Ursprung des Namens Vrankenforde (an anderer Stelle auch: Frankenforde, Francfurd, Franckfurde usw.) ist nicht sicher. Deutsche Kaufleute wurden in dieser Zeit gemeinhin „Franken“ genannt. Das könnte die Erklärung für den ersten Teil des Namens der Marktsiedlung sein. Eine Furt ist eine flache Stelle im Fluss, an der man den Fluss überqueren kann. Eine flache Stelle in der Oder gibt es bei Frankfurt jedoch nicht.
Der mit der Hl. Hedwig von Andechs verheiratete Heinrich I. aus dem Geschlecht der Schlesischen Piasten förderte die Marktsiedlung. Der Herzog von Schlesien verlieh ihr 1225 das Markt- und Niederlagsrecht. Außerdem ließ er am Klingefließ, einem Nebenbach der Oder, zwei Mühlen erbauen.Winfried Schich: Zur Genese der Stadtanlage der Altstadt und Neustadt Brandenburg. In: Winfried Schich (Hrsg.): Beiträge zur Entstehung und Entwicklung der Stadt Brandenburg im Mittelalter (= Veröffentlichungen der Historischen Kommission zu Berlin. Band 84). Walter de Gruyter, Berlin / New York 1993, ISBN 3-11-013983-9, S. 51–96, Frankfurt: S. 76–77. Um 1226 wurde die erste Kirche errichtet. Dem Hl. Nikolaus gewidmet, war sie ein Vorgängerbau der heutigen Friedenskirche.
1249/1250 gelangten der Magdeburger Erzbischof Wilbrand von Käfernburg und die gemeinsam regierenden askanischen Markgrafen Johann I. und Otto III. der Fromme, Urenkel Albrechts des Bären, in den Besitz des Landes Lebus. Der Zuzug reicher Fernhändler aus Nordwestdeutschland und Flandern verstärkte sich. Wahrscheinlich 1252 wurde das Land Lebus zwischen Magdeburg und Brandenburg geteilt. Die Erhebung Frankfurts zur Stadt 1253 durch die Askanier soll strategisch unter anderem gegen ihre Magdeburger Erzrivalen gerichtet gewesen sein, die in der Stadt Lebus saßen. Noch 1253, spätestens 1258 regierten Johann I. und Otto III. das gesamte Land Lebus.
Verleihung des Stadtrechtes 1253 Gottfried von Herzberg, Stadtschulze von Frankfurt führte die Verhandlungen auf der Burg Spandau mit Johann I. Der Markgraf von Brandenburg stellte die Stadtgründungsurkunde am Samstag, den 12. Juli 1253 aus. Es sollte das Berliner Stadtrecht gelten, das vom Magdeburger Stadtrecht abgeleitet war. Marsilius de Berlin bezeugte das Dokument.
Am 14. Juli 1253, dem Montag darauf, wurde eine ergänzende Urkunde ausgefertigt.Christian Wilhelm Spieker: Geschichte der Stadt Frankfurt an der Oder. Erster Teil: Von der Gründung der Stadt bis zum Königtum der Hohenzollern. Frankfurt/Oder 1853, S. 3–5 (online). Diese Urkunde sicherte der zukünftigen Stadt „Vrankenvorde“ das alleinige Niederlagsrecht in ihrem Umkreis und mehr Land auch rechts der Oder zu.
Aus dem Jahre 1294 stammt das älteste überlieferte Stadtsiegel. Von diesem Stadtsiegel leitet sich das bis heute gültige Stadtwappen ab. Das Original-Siegel ist seit 1945 verschollen.
Machtspiele 1326–1354 Der Bischof von Lebus, Stephan II. verhandelte im Namen des Papstes mit König Władysław I. Ellenlang. Władysław verbündete sich mit den Litauern und fiel mit ihnen in die Mark Brandenburg ein. Das polnisch-litauische Heer belagerte auch Frankfurt, hatte jedoch keinen Erfolg. 1328 zog noch immer das polnisch-litauische Heer durch die Mark. Die Frankfurter wagten Ausfälle aus der Stadt und überfielen die sorglosen Feinde in der Nähe von Tzschetzschnow (heute Güldendorf). Sie brachten dem polnisch-litauischen Heer eine empfindliche Niederlage bei. 200 Dörfer waren schon zerstört, als Kaiser Ludwig endlich erschien und Polen und Litauer vertrieb. Der Hass der Frankfurter wandte sich 1334 gegen den Lebuser Bischof Stephan II. Er hatte Polen und Litauer ins Land geholt. Außerdem hatte er schon früher mit Frankfurt Streit, weil er von ihm ungerechter Weise den Zehnten verlangte. Unter Führung des Hauptmann Erich von Wulkow überfielen die Frankfurter die Bischofsresidenz Göritz und brannten die Domkirche und das bischöfliche Schloss nieder. Nach dieser Niederlage verhielt sich der Bischof freundlich gegen Frankfurt. Er wollte sogar die Frankfurter Marienkirche zur Domkirche (Kathedrale) erheben. Dem widersetzte sich jedoch Kaiser Ludwig. Trotzdem kam es zwischen der Stadt und dem Bischof zu einem Vertrag, in dem Frankfurt wieder das Abhalten von Gottesdiensten gestattet wurde. Gleichzeitig wurde der Bann aufgehoben. 1338 entstanden neue Zerwürfnisse zwischen Bischof Stephan II. und Frankfurt. Stephan beklagte sich bei Papst Benedikt XII., und Frankfurt wurde wieder mit dem Bann belegt. Die Bannbulle datierte vom 24. Dezember aus Avignon.
1342 hob der Wittelsbacher Kaiser Ludwig aus persönlichen Motiven die Ehe der Markgräfin Margarete von Tirol auf und gab sie seinem Sohn Markgraf Ludwig den Brandenburger zur Frau, wodurch Tirol bayerischer Besitz wurde. Durch diese Vorgänge fühlte sich der spätere Kaiser Karl IV. herausgefordert. Er war der Bruder des geschiedenen Mannes von Margarete. Papst Johannes XXII. fühlte sich durch die Ehetrennung in seinen Rechten verletzt. Er nahm gegen Kaiser Ludwig Partei und belegte ihn und seinen Sohn mit dem Bann. Die Untertanen waren damit vom Eid der Treue gegen ihren Markgrafen losgesprochen. Auch Frankfurt war von dem Bannstrahl betroffen, hielt aber zu Markgraf Ludwig.
1348 tauchte in der Mark ein Mann auf, der sich fälschlicherweise als der verstorbene Askanier Woldemar ausgab. Der spätere Kaiser Karl IV. bediente sich dieses Mannes, um die den Wittelsbachern zugefallene Mark zu beherrschen.
Frankfurt hielt in dieser ausweglos erscheinenden Situation zu dem Wittelsbacher Markgraf Ludwig dem Älteren, weil es um seine Vorrechte fürchtete. Kaiser Karl IV. ließ Anfang Oktober die Stadt belagern, konnte sie aber nicht einnehmen. Frankfurt ließ sich seinen Beistand von Markgraf Ludwig gut entlohnen und erhielt das Recht, Mühlen zu errichten, ihm wurde das ihm bislang nur verpfändete Geleit überlassen und der Stadt wird die Urbede, eine landesherrliche Steuer, erlassen. 1354 wurde der päpstliche Bann durch Vermittlung des neuen Lebuser Bischofs Heinrich von Banz aufgehoben, worauf Handel und Reichtum anwuchsen.
Hanse, Hussiten, Universität mini|300px|Stadtansicht Frankfurt von Sebastian Münster, 1548
Frankfurt wurde 1430 in den Akten der Lübecker Tagfahrt als Teilnehmer genannt. Nur Mitglieder der Hanse durften an den Tagfahrten teilnehmen – folglich war Frankfurt spätestens seit diesem Jahr Mitglied der Hanse.
Die Hussiten brannten 1432 die Gubener Vorstadt ab. Auch das Kartäuserkloster wurde in Schutt und Asche gelegt. Der Angriff auf die Stadt selbst am 13. April 1432 misslang.
Auf das Jahr 1454 ist der Fisch über dem südlichen Schmuckgiebel des Rathauses datiert, der wohl das Recht der „Höhung“ in den Heringsfässer symbolisiert. Frankfurt verlor 1496 im Rahmen der Stärkung der Zentralgewalt in Gestalt des Kurfürsten, der seine Residenz in Berlin eingerichtet hatte, die Freiheit der Ratswahl und das Oberste Gericht und musste die Urbede wieder zahlen.
Ende des 15. Jahrhunderts wurden die 36 ha Stadtfläche von einer 2,5 km langen Stadtmauer mit drei Toren und 50 Wachhäusern und -türmen eingeschlossen.
1506 wurde das Gebäude der Universität, der Alma Mater Viadrina, vollendet, die Stadt hatte 1.100 Schock Groschen in das prachtvolle Hauptgebäude verbaut. Dank des kurfürstlichen Rates Eitelwolf von Stein und Dietrich von Bülow, Bischof von Lebus und dann erster Kanzler der Brandenburgischen Universität Frankfurt, begann Ende Januar mit der humanistischen Vorlesung des ersten „berufenen“ Lehrers Axungia der Lehrbetrieb an der Universität. Am 26. April fand in Anwesenheit des Kurfürsten Joachim I. und dessen Bruder Albrecht die feierliche Eröffnung statt. 950 Akademiker, unter ihnen der junge Ulrich von Hutten, fanden sich im ersten Jahr ein, mehr als an jeder anderen deutschen Universität bis dahin. Erster Rektor wurde der Leipziger Theologe Konrad Wimpina (Konrad Koch aus Wimpfen). Ebenfalls im Jahr der Eröffnung der Universität wurde den Einwohnern verboten, weiter ihr Vieh in der Stadt frei umherlaufen zu lassen. Der Grund war aber nicht die Sorge um Hygiene, sondern die Befürchtung, dass die Studenten Unfug mit den Tieren treiben könnten.
1506 folgte Johannes Aesticampianus (auch Rhagius) dem Ruf an die neu gegründete Universität, wo er Professor der Poetik und Rhetorik wurde. Zu seinen Schülern zählte Ulrich von Hutten, den er bereits 1505 in Mainz kennengelernt hatte und der ihm 1506 nach Frankfurt folgte. Des Weiteren scharten sich um Rhagius weitere Studenten wie die Neffen des Bischofs von Lebus, da er als erster Gelehrter auch in Griechisch lehrte. Als polemisierender Humanist geriet er mit dem führenden Theologen Konrad Wimpina in einen Streit und verließ deshalb 1508 mit einigen seiner Schüler Frankfurt, um sich Leipzig zuzuwenden.
Martin Luther schlug 1517 in Wittenberg seine Thesen an, die sich auch gegen Albrecht, inzwischen Erzbischof von Magdeburg und Mainz, richteten. Die brandenburgische Universität reagierte mit einer Disputation am 20. Januar 1518 vor 300 Mönchen. Die dafür von dem Dominikanermönch und späteren Ablassprediger Johannes Tetzel eingereichten Antwort-Thesen hatte der Rektor der Brandenburgischen Universität Frankfurt Konrad Wimpina geschrieben. Sie wurden von der Versammlung gebilligt, und Luther galt damit als widerlegt. Im Folgenden wandten sich viele Studenten von Frankfurt ab und zogen nach Wittenberg.
Im gleichen Jahr schied auf Wunsch des Kurfürsten Joachim I. Frankfurt förmlich aus der Hanse aus. 1535 wurde in Frankfurt die erste bürgerliche Musiziergemeinschaft Deutschlands convivium musicum durch Jodocus Willich gegründet. In ihr beschäftigten sich zwölf Personen mit weltlicher Musik und diskutierten dabei musikalische Fragen.
Der 1542 in Frankfurt geborene Michael Abel war von 1587 bis 1594 Rektor des städtischen Lyzeums.
1599 wurde in Frankfurt die Fischerinnung gegründet.Märkische Oderzeitung/Frankfurter Stadtbote, 7. Juli 2006, S. 15.
1548 erschien die älteste erhaltene Stadtansicht von Frankfurt in Sebastian Münsters „Cosmographey“.
Dreißigjähriger Krieg Der Dreißigjährige Krieg erreichte 1626 die Stadt, als das von Wallenstein bei Dessau geschlagene Heer Peter Ernsts II. von Mansfeld durch die Stadt in Richtung Osten flüchtete.
Kurfürst Georg Wilhelm forderte die märkischen Stände auf, ein stehendes Heer aufzustellen. Mit der Aufstellung von 3000 Mann Fußvolk wurde Oberst Hillebrand von Kracht beauftragt. Am 1. Mai wurden hierfür „an den Vogelstangen nahe dem Carthaus“ (dem heutigen Anger) neun Kompanien zu Fuß gemustert. Dieses Ereignis galt als Gründung der 4. Grenadiere und wird als Gründung des preußischen Heeres überhaupt angesehen. In Frankfurt verblieben zwei Kompanien zu Fuß, eine Kompanie zu Pferd wurde noch hierher verlegt.
1627 verbündete sich der Kurfürst mit dem Kaiser, Frankfurt bekam eine kaiserliche Besatzung. Die erst im Vorjahr hier aufgestellten 4. Grenadiere verließen die Stadt. Zeitweise weilte Wallenstein in der Stadt. 1631 kam der kaiserliche General Tilly nach Frankfurt, wich jedoch mit der Hauptmacht des kaiserlichen Heeres vor den Schweden nach Westen aus.