Komplexomik (englisch complexomics) bezeichnet die Erforschung des Komplexoms. Das Komplexom umfasst die Gesamtheit aller Multiproteinkomplexe eines definierten biologischen Systems, beispielsweise einer Zelle oder eines Organells, zu einem bestimmten Zeitpunkt. Dabei lassen sich neben Aussagen über die Zusammensetzung und den Assemblierungszustand von Proteinkomplexen auch Rückschlüsse auf mögliche Assoziationen zwischen Proteinen ziehen.
Das Komplexom stellt eine Momentaufnahme eines hochdynamischen Systems dar, das sich infolge veränderter Bedingungen, beispielsweise der Temperatur, der Zusammensetzung des Kulturmediums oder der Sauerstoffverfügbarkeit, deutlich verändern kann. Veränderungen des Komplexoms, etwa im Assemblierungszustand einzelner Proteinkomplexe, können die Funktion der Zelle beeinflussen. Sie können sowohl zur Entstehung oder Progression einer Erkrankung beitragen als auch eine zelluläre Reaktion auf einen pathologischen Zustand darstellen.
Das Verständnis pathologischer Prozesse auf molekularer Ebene ist von grundlegender Bedeutung, um neue Therapieansätze zu entwickeln und die einer Erkrankung zugrunde liegenden zellphysiologischen Veränderungen aufzuklären.
Methoden Bislang wurde das Complexome Profiling überwiegend zur Untersuchung mitochondrialer Proteinkomplexe eingesetzt, obwohl die Methode grundsätzlich auch auf andere biologische Systeme anwendbar ist. Der als Complexome Profiling bezeichnete Ansatz wurde 2012 von Heide et al. formal eingeführt. Die Autoren demonstrierten das Potenzial der Methode, indem sie TMEM126B als Bestandteil des mitochondrialen Komplex-I-Assemblierungskomplexes (MCIA) identifizierten und dessen Bedeutung für die Assemblierung von Komplex I nachwiesen.
Complexome Profiling Das Basismaterial für das Complexome Profiling ist unter nativen Bedingungen gewonnenes Zellmaterial jeglicher Art.
Zum Beispiel werden Zellen mittels eines Potter-Elvehjem Homogenisator aufgebrochen und die Mitochondrien durch differentielle Zentrifugation von den Zellkernen und anderen Zellfragmenten getrennt. Diese mitochondriale Fraktion kann nun mit schonenden Detergenzien wie Digitonin vermengt werden, wodurch die mitochondriale Zellwand geöffnet wird und die Komplexe in Lösung übergehen. Danach erfolgt eine weiter Fraktionierung nach Masse durch eine Blue Native PAGE. Das daraus resultierende Gel enthält Banden aus Assoziierten Proteinen, welche je nach Größe der Komplexe zwischen 20 kDa und 10 MDa liegen. Diese Gel wird nun in die zu Analysierenden Fraktionen geschnitten und mit Proteasen im Gel verdaut. Die verdauten Peptide werden im Massen Spektrometer durch HPLC-MS/MS analysiert.
Resultierende Daten werden unter Hilfenahme spezialisierter Software analysiert. Hierbei werden die Rohdaten durch Datenbankvergleichssoftware wie DIA-NN oder MaxQuant verarbeitet und die resultierenden Daten können durch Tabellenkalkulationsprogramme oder andere spezialisierte Programm visualisiert werden.
Siehe auch
Proteomik Komplexom Proteom Interactom Massenspektrometrie
Einzelnachweise
Kategorie:Zellbiologie