mini|hochkant=1.5|Genomkarte von Shienvirus iryou als Repräsentant der Familie Konodaiviridae. Siehe insbes. die Annotation „Sipho_tail“.
Konodaiviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von Viren der (Klasse Caudoviricetes), die Bakterien infizieren. Bakterielle Viren werden generell auch Bakteriophagen genannt. Die Einrichtung der Familie und ihrer drei Gründungsgattungen erfolgte vollständig auf Daten aus der Metagenomik des menschlichen Darm-Viroms. Diese Daten lieferten auch Hinweise darauf, dass diese Phagen den Morphotyp von Siphoviren haben.
Beschreibung mini|hochkant=1.5|Clusteranalyse des menschlichen Darm-Viroms Neuere Techniken wie die (Metagenomik-Schrotschuss-Sequenzierung) haben vielfältige Gruppen von Doppelstrang-DNA-Viren (dsDNA-Viren) des menschlichen Darm-Mikrobioms entdeckt, darunter die weit verbreitete und in hoher Abundanz vorkommende Ordnung Crassvirales, sowie die Lak-Phagen (Ordnung Grandevirales).
Einer groß angelegte metagenomischen Analyse des menschlichen Darmmikrobioms bzw. lieferte 155 qualitativ hochwertige Bakteriophagen-Genome, von denen neun eine terminale Redundanz (Wiederholungen an den Enden, ) zeigten – ein charakteristisches Merkmal für ein vollständiges Phagengenom; Die Genomgrößen reichten insgesamt von 42,1 bis 64,6 kbp (Kilobasenpaaren), wobei der GC-Gehalt zwischen 38,2 % und 44,7 % variierte. Die Gruppierung der 155 Genome anhand eines ANI-SchwellenwertsDie Methode der durchschnittlichen Nukleotididentität (, ANI) quantifiziert den genetischen Abstand zwischen ganzen Genomen. Beispielsweise können mit genügend Daten aus Genomen einer Gattung durch geeignete Algorithmen Spezies (Arten) identifiziert werden.Average Nucleotide Identity (ANI). Auf: (NCBI).Average Nucleotide Identity (ANI). Auf: (JGI), . von 95 % ergab 11 virale operationelle taxonomische Einheiten (, vOTUs), wobei drei vOTUs die neun vollständigen Phagengenome enthielten. Diese drei vOTUs mit vollständigen Genomen wiesen untereinander eine ANI von weniger als 70 % auf – dem Schwellenwert für die Definition von Phagengattungen. Aufgrund dieser Ergebnisse wurde vom ICTV die neue Familie Konodaiviridae mit drei monotypischen Gattungen und den drei Arten Shienvirus iryou, Akedovirus syoka und Satomivirus wayo eingerichtet.
Unter diesen hat Shienvirus iryou () als repräsentatives Beispiel der Familie ein dsDNA-Genom mit einer Länge von 64.604 bp und einen GC-Gehalt von 42,5 %. Es kodiert 91 Gene, darunter ein Hauptkapsidprotein (, MCP) mit HK97-Faltung (HK97-gp10_like), und Gene für ein Schwanzteil vom Morphotyp der Siphoviren.
Basierend auf einer computergestützten Analyse mittels CRISPR-Spacer-Abgleich () konnte vorhergesagt werden, dass die bakteriellen Wirte dieser Viren dem Stamm Bacteroidetes angehören (einer der Hauptgruppen im menschlichen Darm). Zudem wurde aufgrund der kodierten Gene auf eine lysogene Aktivität dieser Viren geschlossen.
Systematik Die folgende Systematik umfasst alle bestätigten Gattungen und Spezies nach dem (ICTV) mit Stand 20. März 2026 (MSL #41v1) und ggf. weitere Vorschläge nach der Taxonomie des (NCBI) mit Stand 9. Juni 2026:
Familie Konodaiviridae (zunächst provisorisch VC_24VC_24 = Virus-Cluster 24)
Gattung Akedovirus Spezies Akedovirus syoka, mit – im menschlichen Stuhl
Gattung Satomivirus Spezies Satomivirus wayo, mit alias – im menschlichen Stuhl
Gattung Shienvirus Spezies Shienvirus iryou, mit – im menschlichen Stuhl
Namensherkunft Der Name der Familie Konodaiviridae verweist auf Konodai, einen Stadtteil von Ichikawa (Japan), wo an den Forschungsinstituten die Gründungsmitglieder der Familie, Syoka, Wayo und Iryou isoliert wurden. Der Suffix kennzeichnet Virusfamilien. Die für die Gattungen verwendeten Namen (Satomi, Akedo, Shien) gehen auf einen historischen ParkSatomi Park, Ichikawa. Auf: Google Maps. sowie dortige Gebäude in dieser Stadt zurück. Die Art-Epitheta (Artnamenszusätze) wayo, syoka und iryou stammen von Schulen und einem Krankenhaus der Stadt, darunter: Wayō Joshi Daigaku,Welcome to Wayo womwen's University. 和洋女子大学 (wayo.ac.jp). „iryou“ steht offenbar für , etwa in Homepage (), Übersetzung ().
Anmerkungen Cluster: „Flandersviridae“ & „Gubaphagen“ (VC_1) Toyamaviridae (VC_2) „Tsurumiviridae“ (VC_3) „crAss-ähnliche Phagen“: Crassvirales etc. (VC_6 & VC_19) „Shinjukuviridae“ (VC_12) „Okuboviridae“ (VC_15) Umezonoviridae (VC_18) Konodaiviridae (VC_24) „Suehiroviridae“ (VC_44)
Einzelnachweise ICTV Taxon Details: Family: Konodaiviridae. ICTV: Taxonomy Browser. ICTV: Virus Metadata Resource (VMR). Suguru Nishijima, Naoyoshi Nagata: Create a new family called Konodaiviridae including three new genera and three new species (Caudoviricetes). ICTV Approved Proposals: 2023.042B.Konodaiviridae_nf (docx, xlsx), 10. Mai 2023, Stand: 20. September 2023. NCBI Taxonomy Browser: Konodaiviridae.
Daniel J. Nasko, Barbra D. Ferrell, Ryan M. Moore, Jaysheel D. Bhavsar, Shawn W. Polson, K. Eric Wommack: CRISPR Spacers Indicate Preferential Matching of Specific Virioplankton Genes. In: mBio, Band 10, Nr. 2, 5. März 2019, S. e02651-18; , , PMID 30837341 (). Suguru Nishijima, Naoyoshi Nagata, Yuya Kiguchi, Yasushi Kojima, Tohru Miyoshi-Akiyama, Moto Kimura, Mitsuru Ohsugi, Kohjiro Ueki, Shinichi Oka, Masashi Mizokami, Takao Itoi, Takashi Kawai, Naomi Uemura, Masahira Hattori: Extensive gut virome variation and its associations with host and environmental factors in a population-level cohort. In: Nature Communications, Band 13, 6. September 2022, S. 5252; , PMID 36068216, (). Sergey A. Shmakov, Yuri I. Wolf, Ekaterina Savitskaya, Konstantin V. Severinov, Eugene V. Koonin: Mapping CRISPR spaceromes reveals vast host-specific viromes of prokaryotes. In: Nature: Communications Biology, Band 3, Nr. 321, 22. Juni 2020; ().
Kategorie:Virusfamilie Kategorie:Bakteriophage