Janko Gojković (* 14. April 1973 in Sarajevo, SR Bosnien und Herzegowina) ist ein ehemaliger bosnisch-herzegowinischer Schwimmer.
Karriere Gojković trat Anfang der 1990er Jahre erstmals bei internationalen Meisterschaften im Schwimmen in Erscheinung. Bei den Olympischen Spielen 1992 in Barcelona belegte er Rang 44 über 100 m Schmetterling und Platz 41 über 200 m Schmetterling.
Bei den Weltmeisterschaften 1994 in Rom startete er über mehrere Strecken und belegte Rang 42 über 50 m Freistil, Platz 47 über 100 m Freistil und Rang 35 über 100 m Schmetterling. Ein Jahr später nahm er an den Europameisterschaften 1995 in Wien teil und wurde 29. über 100 m Freistil sowie 28. über 100 m Schmetterling.
Bei den Olympischen Spielen 1996 in Atlanta trat er über 100 m Freistil und 100 m Schmetterling an und belegte die Plätze 36 und 41. Zwei Jahre später startete er bei den Weltmeisterschaften 1998 in Perth und wurde 37. über 50 m Freistil, 41. über 100 m Freistil und 33. über 100 m Schmetterling.
Seinen letzten olympischen Start hatte Gojković bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney, wo er über 100 m Schmetterling den 39. Platz belegte.
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