Die Liste der Museen in Bayern gibt einen Überblick über aktuelle und ehemalige Museen in Bayern.
Museen in Bayern werden größtenteils von der öffentlichen Hand unterhalten, vor allem vom Freistaat Bayern und seinen Städten, Märkten und Gemeinden. Daneben gibt es aber auch Museen, die von Privatleuten, Firmen, Vereinen oder Stiftungen getragen werden. Diese Museen werden von der Landesstelle für die nichtstaatlichen Museen in Bayern betreut, die auch Mindeststandards für die Anerkennung als Museum vorgibt.
Die vorliegende Liste führt entsprechend der Definition des Begriffs Museum durch das International Council of Museums lediglich Einrichtungen auf, die über eine eigene Sammlung verfügen und diese in für die Öffentlichkeit zugänglicher Weise ausstellen. Nicht aufgeführt sind reine Ausstellungshäuser, die ausschließlich Werke ausstellen, die sich nicht im Besitz der Institution befinden. Ebenfalls nicht aufgeführt sind Burgen, Schlösser und ähnliche Bauwerke, die außer Gebäude und Einrichtung keine weiteren Exponate zeigen. Sie sind in der Liste von Burgen und Schlössern in Bayern enthalten. Ausgrabungsstätten werden genannt, wenn sie ein eigenes Antiquarium haben, in dem Fundstücke der Ausgrabung gezeigt werden.
Der Übersichtlichkeit halber ist die Museenliste in Teillisten nach Kreisfreien Städten bzw. Landkreisen aufgeteilt.
Die folgende Auflistung verweist für Städte, Märkte und Gemeinden Bayerns (Gemeindeteile sind nicht aufgeführt) auf die jeweilige Teilliste.
A mini|Schwäbisches Handwerkermuseum, Augsburg Abenberg → Liste der Museen im Landkreis Roth Abensberg → Liste der Museen im Landkreis Kelheim Abtswind → Liste der Museen im Landkreis Kitzingen Adelschlag → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Adelsdorf → Liste der Museen im Landkreis Erlangen-Höchstadt Adlkofen → Liste der Museen im Landkreis Landshut Ahorn → Liste der Museen im Landkreis Coburg Aichach → Liste der Museen im Landkreis Aichach-Friedberg Aidhausen → Liste der Museen im Landkreis Haßberge Aindling → Liste der Museen im Landkreis Aichach-Friedberg Ainring → Liste der Museen im Landkreis Berchtesgadener Land Aldersbach → Liste der Museen im Landkreis Passau Allersberg → Liste der Museen im Landkreis Roth Altdorf → Liste der Museen im Landkreis Landshut Altdorf bei Nürnberg → Liste der Museen im Landkreis Nürnberger Land Altenbuch → Liste der Museen im Landkreis Miltenberg Altenkunstadt → Liste der Museen im Landkreis Lichtenfels Altenmarkt an der Alz → Liste der Museen im Landkreis Traunstein Altenstadt an der Waldnaab → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Waldnaab Altenthann → Liste der Museen im Landkreis Regensburg Altmannstein → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Altomünster → Liste der Museen im Landkreis Dachau Altötting → Liste der Museen im Landkreis Altötting Altusried → Liste der Museen im Landkreis Oberallgäu Alzenau → Liste der Museen im Landkreis Aschaffenburg mini|Naturwissenschaftliches Museum, Aschaffenburg Amberg → Liste der Museen in Amberg Amerang → Liste der Museen im Landkreis Rosenheim Amorbach → Liste der Museen im Landkreis Miltenberg Ansbach → Liste der Museen in Ansbach Arnstorf → Liste der Museen im Landkreis Rottal-Inn Arrach → Liste der Museen im Landkreis Cham Arzberg → Liste der Museen im Landkreis Wunsiedel im Fichtelgebirge Aschaffenburg → Liste der Museen in Aschaffenburg Aschau im Chiemgau → Liste der Museen im Landkreis Rosenheim Aschheim → Liste der Museen im Landkreis München Aub → Liste der Museen im Landkreis Würzburg Auerbach in der Oberpfalz → Liste der Museen im Landkreis Amberg-Sulzbach Aufseß → Liste der Museen im Landkreis Bayreuth Augsburg → Liste der Museen in Augsburg Aurach → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Aying → Liste der Museen im Landkreis München
B mini|Salzbergwerk, Berchtesgaden Babenhausen → Liste der Museen im Landkreis Unterallgäu Bach an der Donau → Liste der Museen im Landkreis Regensburg Bad Abbach → Liste der Museen im Landkreis Kelheim Bad Aibling → Liste der Museen im Landkreis Rosenheim Bad Alexandersbad → Liste der Museen im Landkreis Wunsiedel im Fichtelgebirge Bad Bayersoien → Liste der Museen im Landkreis Garmisch-Partenkirchen Bad Bocklet → Liste der Museen im Landkreis Bad Kissingen Bad Brückenau → Liste der Museen im Landkreis Bad Kissingen Bad Füssing → Liste der Museen im Landkreis Passau Bad Griesbach im Rottal→ Liste der Museen im Landkreis Passau Bad Hindelang → Liste der Museen im Landkreis Oberallgäu Bad Kissingen → Liste der Museen im Landkreis Bad Kissingen Bad Königshofen im Grabfeld → Liste der Museen im Landkreis Rhön-Grabfeld Bad Kötzting → Liste der Museen im Landkreis Cham Bad Neualbenreuth → Liste der Museen im Landkreis Tirschenreuth Bad Neustadt an der Saale → Liste der Museen im Landkreis Rhön-Grabfeld Bad Rodach → Liste der Museen im Landkreis Coburg Bad Reichenhall → Liste der Museen im Landkreis Berchtesgadener Land Bad Staffelstein → Liste der Museen im Landkreis Lichtenfels Bad Steben → Liste der Museen im Landkreis Hof Bad Tölz → Liste der Museen im Landkreis Bad Tölz-Wolfratshausen mini|Fränkisches Freilandmuseum, Bad Windsheim Bad Weißenstadt → Liste der Museen im Landkreis Wunsiedel im Fichtelgebirge Bad Windsheim → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Aisch-Bad Windsheim Bad Wörishofen → Liste der Museen im Landkreis Unterallgäu Baierbrunn → Liste der Museen im Landkreis München Baiersdorf → Liste der Museen im Landkreis Erlangen-Höchstadt Bamberg → Liste der Museen in Bamberg Baunach → Liste der Museen im Landkreis Bamberg Bärnau → Liste der Museen im Landkreis Tirschenreuth Bayerisch Eisenstein → Liste der Museen im Landkreis Regen Bayreuth → Liste der Museen in Bayreuth Bayrischzell → Liste der Museen im Landkreis Miesbach Bechhofen → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Beilngries → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Benediktbeuern → Liste der Museen im Landkreis Bad Tölz-Wolfratshausen Benningen → Liste der Museen im Landkreis Unterallgäu Berching → Liste der Museen im Landkreis Neumarkt in der Oberpfalz Berchtesgaden → Liste der Museen im Landkreis Berchtesgadener Land Bergen (Chiemgau) → Liste der Museen im Landkreis Traunstein Bernbeuren → Liste der Museen im Landkreis Weilheim-Schongau mini|Buchheim-Museum, Bernried am Starnberger See Bernried → Liste der Museen im Landkreis Deggendorf Bernried am Starnberger See → Liste der Museen im Landkreis Weilheim-Schongau Betzenstein → Liste der Museen im Landkreis Bayreuth Biessenhofen → Liste der Museen im Landkreis Ostallgäu Birgland → Liste der Museen im Landkreis Amberg-Sulzbach Bischberg → Liste der Museen im Landkreis Bamberg Blindheim → Liste der Museen im Landkreis Dillingen an der Donau Bodenmais → Liste der Museen im Landkreis Regen Bogen → Liste der Museen im Landkreis Straubing-Bogen Breitenberg → Liste der Museen im Landkreis Passau Bruck in der Oberpfalz → Liste der Museen im Landkreis Schwandorf Bruckberg → Liste der Museen im Landkreis Landshut Bruckmühl → Liste der Museen im Landkreis Rosenheim Buch am Erlbach → Liste der Museen im Landkreis Landshut Buchenberg → Liste der Museen im Landkreis Oberallgäu Buchhofen → Liste der Museen im Landkreis Deggendorf Buchloe → Liste der Museen im Landkreis Ostallgäu Burgau → Liste der Museen im Landkreis Günzburg Burghausen → Liste der Museen im Landkreis Altötting Burgheim → Liste der Museen im Landkreis Neuburg-Schrobenhausen Burgkunstadt → Liste der Museen im Landkreis Lichtenfels Burglengenfeld → Liste der Museen im Landkreis Schwandorf Burgpreppach → Liste der Museen im Landkreis Haßberge Bürgstadt → Liste der Museen im Landkreis Miltenberg Burgthann → Liste der Museen im Landkreis Nürnberger Land Burkardroth → Liste der Museen im Landkreis Bad Kissingen Buttenheim → Liste der Museen im Landkreis Bamberg Buxheim → Liste der Museen im Landkreis Unterallgäu
C mini|Kunstsammlungen Veste Coburg Cadolzburg → Liste der Museen im Landkreis Fürth Castell → Liste der Museen im Landkreis Kitzingen Cham → Liste der Museen im Landkreis Cham Chieming → Liste der Museen im Landkreis Traunstein Chiemsee → Liste der Museen im Landkreis Rosenheim Coburg → Liste der Museen in Coburg Creußen → Liste der Museen im Landkreis Bayreuth
D mini|KZ-Gedenkstätte Dachau Dachau → Liste der Museen im Landkreis Dachau Deggendorf → Liste der Museen im Landkreis Deggendorf Denkendorf → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Denklingen → Liste der Museen im Landkreis Landsberg am Lech Dettelbach → Liste der Museen im Landkreis Kitzingen Diedorf → Liste der Museen im Landkreis Augsburg Dießen am Ammersee → Liste der Museen im Landkreis Landsberg am Lech Dietenhofen → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Dietfurt an der Altmühl → Liste der Museen im Landkreis Neumarkt in der Oberpfalz Dillingen an der Donau → Liste der Museen im Landkreis Dillingen an der Donau Dingolfing → Liste der Museen im Landkreis Dingolfing-Landau Dinkelsbühl → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Dinkelscherben → Liste der Museen im Landkreis Augsburg Dittelbrunn → Liste der Museen im Landkreis Schweinfurt Dollnstein → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Donauwörth → Liste der Museen im Landkreis Donau-Ries Dorfen → Liste der Museen im Landkreis Erding Dorfprozelten → Liste der Museen im Landkreis Miltenberg
E mini|Pfefferminzmuseum, Eichenau Ebermannstadt → Liste der Museen im Landkreis Forchheim Ebern → Liste der Museen im Landkreis Haßberge Ebersberg → Liste der Museen im Landkreis Ebersberg Ebrach → Liste der Museen im Landkreis Bamberg Eckersdorf → Liste der Museen im Landkreis Bayreuth Egenhofen → Liste der Museen im Landkreis Fürstenfeldbruck Ehingen → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Eibelstadt → Liste der Museen im Landkreis Würzburg Eichenau → Liste der Museen im Landkreis Fürstenfeldbruck Eichendorf → Liste der Museen im Landkreis Dingolfing-Landau Eichstätt → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Eisenberg → Liste der Museen im Landkreis Ostallgäu Eisenheim → Liste der Museen im Landkreis Würzburg Eitensheim → Liste der Museen im Landkreis Eichstätt Ellingen → Liste der Museen im Landkreis Weißenburg-Gunzenhausen Ellzee → Liste der Museen im Landkreis Günzburg Elsenfeld → Liste der Museen im Landkreis Miltenberg Eltmann → Liste der Museen im Landkreis Haßberge Emskirchen → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Aisch-Bad Windsheim Erbendorf → Liste der Museen im Landkreis Tirschenreuth Erding → Liste der Museen im Landkreis Erding Erdweg → Liste der Museen im Landkreis Dachau Eresing → Liste der Museen im Landkreis Landsberg am Lech Ergoldsbach → Liste der Museen im Landkreis Landshut Erkheim → Liste der Museen im Landkreis Unterallgäu Erlangen → Liste der Museen in Erlangen Eschenbach in der Oberpfalz → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Waldnaab Eschlkam → Liste der Museen im Landkreis Cham Eslarn → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Waldnaab Essenbach → Liste der Museen im Landkreis Landshut Euerdorf → Liste der Museen im Landkreis Bad Kissingen
F mini|Ludwig Erhard Zentrum, Fürth Falkenberg → Liste der Museen im Landkreis Tirschenreuth Falkenstein → Liste der Museen im Landkreis Cham Feucht → Liste der Museen im Landkreis Nürnberger Land Feuchtwangen → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Fichtelberg → Liste der Museen im Landkreis Bayreuth Fischen im Allgäu → Liste der Museen im Landkreis Oberallgäu Flachslanden → Liste der Museen im Landkreis Ansbach Fladungen → Liste der Museen im Landkreis Rhön-Grabfeld Flintsbach am Inn → Liste der Museen im Landkreis Rosenheim Floß → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Waldnaab Flossenbürg → Liste der Museen im Landkreis Neustadt an der Waldnaab Forchheim → Liste der Museen im Landkreis Forchheim Forstern → Liste der Museen im Landkreis Erding