Nach den IUPAC-Regeln steht der Name Malonyl für die Gruppierung -OC-CH2-CO-, ein zweiwertiger oder zweibindiger Rest. Vermutlich wurde der Name erstmals für die chemische Verbindung Malonylharnstoff (= Barbitursäure) gebraucht, welche aus Malonsäurediethylester und Harnstoff synthetisiert wurde.Louis F. Fieser, Mary Fieser, Lehrbuch der Organischen Chemie, Übersetzt und bearbeitet von Hans R. Hensel, S. 257, Verlag Chemie, Weinheim 1954.
Der systematische Name wäre nach IUPAC-Regel C-403 Propandioyl.
In der Biochemie wird unter Malonyl der einbindige Rest HOOC-CH2-CO- verstanden. Er ist z. B. Bestandteil des Malonyl-Coenzym A. Systematisch würde er nach IUPAC-Regel C-451.1 mit dem Präfix 2-Carboxyethanoyl bezeichnet.
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