thumb|350px|Übersicht über die wichtigsten Wasserläufe Ugandas Uganda ist ein relativ regen- und gewässerreiches Land im Bereich des ostafrikanischen Seenhochlandes.
Tierwelt Bedeutende Speisefische sind die Tilapia, der Nilbarsch, Stachelwels, Kiemensackwels oder Schlammfisch, Lungenfisch und die als Trockenfisch geschätzte Victoriasee-Sardine. Sowohl die Nil-Tilapia als auch der Nilbarsch sind zwar in Uganda heimisch (Albertsee, Weißer Nil) wurden aber auch in vielen Gewässern Ugandas ausgesetzt, wo sie die ökologischen Nischen der dort ursprünglich vorhandenen Arten besetzt und diese verdrängt haben. Besonders der Nilbarsch (als Victoriabarsch im Speisefischhandel) wird für das größte Massenaussterben von Wirbeltieren seit Menschengedenken verantwortlich gemacht, da er hunderte von Buntbarscharten (Haplochromis) im Victoriasee zum Verschwinden gebracht hat.
Ökologie Das Einschleppen ursprünglich nicht heimischer Arten wie der Wasserhyazinthe oder des Nilbarsches haben die relativ empfindlichen Ökosysteme der Gewässer in Uganda stark gestört. Allerdings bewirkt auch die Rodung der Wälder zur Brennholz- und Holzkohlegewinnung und daraus folgend das Ausschwemmen der Humusschichten zur Eutrophierung der Gewässer bei, wodurch starke Wassertrübungen, übermäßiges Algenwachstum und schlimmstenfalls sauerstofffreie Zonen am Gewässergrund der Seen entstehen. Der Gebrauch von Pestiziden in der Landwirtschaft bewirkt nach starken Regenfällen immer wieder ein Massenfischsterben in manchen Seen. Auch die relativ häufigen Vulkanausbrüche im Südwesten des Landes und das Abregnen der Schwefelwolken führen zu gelegentlichen massenhaften Fischsterben in näher gelegenen Seen.
Liste der Seen mini|Albertsee beim Abfluss in den Albert-Nil mini|Mutandasee mit den Virunga-Vulkanen Muhabura, Gahinga und Sabinyo im Hintergrund (von links) mini|Küste vor Munyonyo in Kampala am Victoriasee
Albertsee Bisinasee Bunyonyi-See Chibwerasee Eduardsee Georgsee Kacherasee Kijanebalolasee Kwaniasee Kyamwigasee Kyaningasee Kyogasee Mburosee Mugogosee Mulehesee Mutandasee Nabugabo-See Nakivalisee Nakuwasee Nawampasasee Nkurubasee Nyaguosee Nyamusingiresee Nyasalasee Opetasee Wamalasee Victoriasee
Liste der Flüsse Besondere Bedeutung unter den ugandischen Gewässern hat der Nil, der, als Kagera aus Ruanda kommend, die ugandische Grenze streift, um dann abermals aus Tansania kommend kurz hinter der Grenze in den Victoriasee mündet. Bei Jinja tritt er wieder aus ihm hervor und setzt als Victoria-Nil nordwärts bis zum Kyogasee seinen Weg fort. Nach dem Austritt aus dem See bis zur Grenze zum Südsudan nennt er sich schließlich Albert-Nil. Gemeinsam mit dem Victoriasee entwässert der Nil fast das gesamte Uganda mit Ausnahme der äußeren Ränder des Landes im Osten und Westen.
thumb|550px|Detailkarte der Flusssysteme Ugandas mini|Der Ishasha bildet in seinem Unterlauf die Grenze zwischen Uganda und der Demokratischen Republik Kongo mini|Flusspferde am Ishasha mini|Fischer am Ufer des Kazinga-Kanals im Südwesten Ugandas mini|Kyambura, ein Zufluss des Kazinga-Kanals mini|Ruizi in Mbarara mini|Semliki an der Grenze zur Demokratischen Republik Kongo Fluss → fließt in Nil Abalang → Kwaniasee Acha → Albert-Nil Achwa → Albert-Nil Adip → Kwaniasee Agago → Achwa Ajaki → Moroto Akokoroi → Bisinasee Alamachar → Okere Albert-Nil (Nilteil) Apa → Ome Aparro → Ngalalapolon Apule → Ngalalapolon Araca → Viktoria-Nil Aringa → Pager Asiya → Albert-Nil Ateng → Achwa Ayago → Viktoria-Nil Baya → Moroto Birira → Ntungwe Dopeth → Longiro Dwamanyanja → Mpanga Erudzi → Albert-Nil Howa → Albertsee Ibaralibe → Kizingu Ishasha → Munyaga Joliya → Waiga Jurej → Albert-Nil Kabobo → Kagera-Nil Kadokodot → Moroto Kafu → Albertsee Kagera-Nil (Nilteil) Kakinga → Nabakazi Kalinyang → Okok Kalokwanaethe → Akokoroi Kamagole → Kalinyang Kapelepelot → Lakalas Kapeta → Pager Katabok → Kadokodot Katolo → Albert-Nil Katonga → Nabakazi Katonga → Viktoriasee Kaya → Albert-Nil Kendra → Kochi Kibimba → Kitonga Kidepo → Südsudan Kii → Kochi Kiizi → Kafu Kiko → Viktoria-Nil Kipinyo → Pager Kitumbi → Kafu Kizingu → Kafu Kochi → Limika Kongorututui → Lakalas Koputh → Kalinyang Kyogya → Nabakazi Lakalas → Kapeta Limika → Albert-Nil Longiro → Koputh Lonyang → Pager Loyoro → Longiro Lugogo → Kafu Lwajiali → Sezibwa Mayanja → Kizingu Mayanja Kato → Mayanja Waswa Mayanja Waswa → Mayanja Minakulu → Viktoria-Nil Moroto → Achwa Mpanga → Georgsee Mpologoma → Nakuwasee Mukekemya → Nabakazi Munyaga → Edwardsee Musamya → Sezibwa Muzizi → Albertsee Nabajuzi → Katonga Nabakazi → Mpanga Nakaromarengak → Kamagole Namatala → Mpologoma Nangololekalale → Agogo Nara → Albert-Nil Narus → Südsudan Natapara → Kenia Natele → Ngalalapolon Natoo → Ngalalapolon Nchwera → Edwardsee Ngalalapolon → Alamachar Nkusi → Albertsee Ntungwe → Edwardsee Nyadiang → Pager Nyarwodo → Ora Nyimur → Ateng Oceke → Albert-Nil Okere → Akokoroi Okok → Akokoroi Okole → Viktoria-Nil Ome → Albert-Nil Omoro → Südsudan Omunyal → Kyogasee Omunyari → Akokoroi Ora → Albert-Nil Oripowi → Kenia Oruyubu → Rusangwe Oya → Nara Pager → Achwa Ruemamba → Rushango Rufuha → Kagera-Nil Rusangwe → Mpanga Rushango → Rusangwe Rutshuru → Eduardsee Rwempunu → Edwardsee Semliki → Albertsee Seri → Erudzi Sezibwa → Kyogasee Suam → Kenia Tangi → Albert-Nil Unyama → Albert-Nil Viktoria-Nil (Nilteil) Waiga → Albertsee Waisoke → Albertsee Waki → Albertsee Wambabya → Albertsee Wasa → Albertsee Zoka → Albert-Nil
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