Das FASTQ-Format ist ein textbasiertes Format zum Speichern einer biologischen Sequenz (meist Nukleotidsequenz) und ihrer entsprechenden Qualitätskennzahlen. Sowohl der Sequenzbuchstabe als auch die Qualitätskennzahl sind mit einem einzigen ASCII-Zeichen codiert.
Es wurde ursprünglich am Wellcome Trust Sanger Institute entwickelt, um eine Sequenz im FASTA-Format mit ihren Qualitätsdaten zu verbinden und gemeinsam abzuspeichern. Das Format ist aber mittlerweile zum Standard für die Speicherung von high-throughput Sequenzdaten geworden.
Format Eine FASTQ-Datei hat vier Zeilen pro Sequenz:
Zeile 1 beginnt mit einem „@“-Zeichen, gefolgt von einer Sequenzkennung und einer optionalen Beschreibung (wie eine FASTA-Titelzeile). Zeile 2 beinhaltet die Sequenzbuchstaben. Zeile 3 beginnt mit einem „+“-Zeichen und kann optional dieselbe Sequenzkennung (und eine beliebige Beschreibung) aufweisen. Zeile 4 codiert die Qualitätskennzahlen für die Sequenz in Zeile 2 und muss die gleiche Anzahl an Symbolen enthalten wie Buchstaben in der Sequenz sind.
Eine FASTQ-Datei mit einer einzigen Sequenz kann folgendermaßen aussehen:@SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
Einzelnachweise
Weblinks
MAQ webpage discussing FASTQ variants Kategorie:Bioinformatik