Donauflottille steht für folgende militärische Einheiten:
K.u.k. Donauflottille, Flottille der österreichischen Marine (1514–1919), siehe Österreichische Marine #Donauflottille Donauflottille (Kriegsmarine), Flottille der deutschen Kriegsmarine im Zweiten Weltkrieg (1938–1945) Donauflottille (Russland), Flottille der Sowjetischen Marine