Johann Rudolf Müller ist der Name folgender Personen:

* Johann Rudolf Müller (Geistlicher) (1824–1894), Schweizer Pfarrer und Strafvollzugsbeamter Johann Rudolf Müller (Holzschneider) (1833–1892), Schweizer Holzschneider

Siehe auch: Johann Rudolph Müller von Andolfingen (1737–1793), deutscher Oberst