Candidatus Omnitrophica alias Ca. Omnitrophicaeota oder Ca. Omnitrophota ist ein 2013 vorgeschlagener KandidatenstammPhylum, äquivalent: Abteilung, lat. divisio, en. von Bakterien mit chemolithoautotropher Ernährungsweise. Diese Klade (Verwandtschaftsgruppe) war zuvor als oder bezeichnet worden. Diese Bakterien benötigen zum Gedeihen offenbar anoxische Umgebungen, wie z. B. in tiefe Meeressedimente, hypersaline Umgebungen, Süßwasserseen, Aquifere, überfluteten Böden und methanogene Bioreaktoren. Genomanalysen haben Gene gefunden, die auch in anderen bakteriellen Phyla vorhanden sind und für den Bau von Magnetosomen verantwortlich sind, Diese Organellen haben magnetische Eigenschaften, so dass die Bakterien in der Umgebung magnetisch orientiert sind. Ca. Omnitrophica gehört zur Gruppe der Planctobacteria (PVC-Gruppe) – zusammen mit den Phyla Planctomycetes, Verrucomicrobia und Chlamydiae, mit denen es einen gemeinsamen Vorfahren hat.
Systematik Systematik nach LPSN und NCBI Die nachstehende Systematik folgt in erster Linie der überkommenen taxonomischen Anforderungen folgenden (LPSN) und (nachrangig) der Taxonomie des (NCBI), Stand 13. August 2022. Nicht nach offiziellen taxonomischen Regeln veröffentlichte Kandidaten mit provisorischen Namen sind nur teilweise wiedergegeben.
Phylum (Abteilung): „Candidatus Omnitrophica“ et al. 2013 alias Ca. Omnitrophicaeota, Ca. Omnitrophota, , () in North Carolina () im Yellowstone-Nationalpark Klasse: incertae sedis Ordnung: incertae sedis Familie: incertae sedis Gattung: „Candidatus Omnitrophus“ et al. 2013 Spezies (Art): „Candidatus Omnitrophus fodinae“ et al. 2013 Stamm (en. ): SCGC AAA011-A17 Spezies: „Candidatus Omnitrophus magneticus“ et al. 2016 inkl. Ca. Omnitrophus sp. SKK-01 (nach der GTDB abgetrennt in eine eigene Gattung Omnitrophus_A, s. u.) Stamm: SKK-01 Gattung: „Candidatus Velamenicoccus“ et al. 2022, ursprünglich „Ca. Vampirococcus“" 2017 non et al. 1986 (Doppelvergabe), entspricht Vampirococcus_B (GTDB) Spezies: „Candidatus Velamenicoccus archaeovorus“ et al. 2022, veraltet Vampirococcus sp. LiM oder früher OP3 LiM, entspricht Vampirococcus_B archaeovorus (GTDB) Stamm: LiM Gattung: incertae sedis Spezies: Ca. Omnitrophica bacterium UBA6210, entspricht Vampirococcus_B sp002421805 (GTDB) Spezies: Ca. Omnitrophica bacterium 4484_213, entspricht 4484-213 sp002085025 (GTDB) Spezies: Ca. Omnitrophica bacterium isolate NC_groundwater_1466_Ag_S-0.65um_60_22, entspricht JACQVP01 sp016209715 (GTDB) Spezies: Ca. Omnitrophica bacterium isolate NC_groundwater_666_Ag_B-0.1um_57_48, entspricht JACPQZ01 sp016190205 (GTDB) Spezies: Spezies: Spezies: – in der GTDB als Spezies nicht gelistet, aber als Klasse Bacteria incertae sedis: Spezies: – nach OneZoom zum Phylum gehörig
Systematik nach GTDB Die nachstehende Systematik folgt der genomisch orientierten (GTDB) mit vier Klassen, Stand 13. August 2022. Vertreter mit provisorischen Bezeichnern sind nur teilweise wiedergegeben.
Phylum: Omnitrophota, entspricht Ca. Omnitrophica (LPSN,NCBI) bzw. Ca. Omnitrophicaeota (NCBI) Klasse: Omnitrophia (4 Ordnungen) Ordnung: Omnitrophales Familie: Omnitrophaceae Gattung: Omnitrophus Spezies: Omnitrophus fodinae Stamm: SCGC AAA011-A17 Gattung: JACQVP01 Spezies: JACQVP01 sp016209715, entspricht Ca. Omnitrophica bacterium isolate NC_groundwater_1466_Ag_S-0.65um_60_22 MAG: NC_groundwater_1466_Ag_S-0.65um_60_22 Klasse: 4484-213 (1Ordnung) Ordnung: 4484-213 Familie: 4484-213 Gattung: 4484-213 Spezies: 4484-213 sp002085025, entspricht Ca. Omnitrophica bacterium 4484_213 (NCBI) Stamm: 4484_213 Klasse: JACPQZ01 (1 Ordnung) Ordnung: JACPQZ01 Familie: JACPQZ01 Gattung: JACPQZ01 Spezies: JACPQZ01 sp016190205, entspricht Ca. Omnitrophica bacterium isolate NC_groundwater_666_Ag_B-0.1um_57_48 (NCBI) MAG: NC_groundwater_666_Ag_B-0.1um_57_48 Klasse Koll11 (32 Ordnungen) Ordnung SKK-01 Familie SKK-01 Gattung Omnitrophus_A (abgetrennt von der Gattung Omnitrophus) Spezies Omnitrophus_A magneticus, entspricht „Ca. Omnitrophus magneticus“ et al. 2016 (LPSN,NCBI) bzw. Ca. Omnitrophus sp. SKK-01 (NCBI) Stamm: SKK-01 Ordnung UBA1572 Familie UBA1572 Gattung Vampirococcus_B, entspricht Ca. Velamenicoccus (LPSN,NCBI) Spezies Vampirococcus_B archaeovorus, entspricht Ca. Velamenicoccus archaeovorus (NCBI) Stamm LiM Spezies Vampirococcus_B sp002421805, entspricht Ca. Omnitrophica bacterium UBA6210 (NCBI) Stamm UBA6210
Systematik nach OneZoom OneZoom listet unter OP3 lediglich folgende Vertreter (Stand 13. August 2022):
Phylum: Spezies: Spezies: Spezies: Spezies:
Anmerkungen
Weblinks Pranami Goswami, Kuang He, Jinhua Li, Yongxin Pan, Andrew P. Roberts, Wei Lin: Magnetotactic bacteria and magnetofossils: ecology, evolution and environmental implications. In: npj Biofilms and Microbiomes, 1. Juni 2022, Band 8, Nr. 43; doi:10.1038/s41522-022-00304-0
Einzelnachweise GTDB: Omnitrophota (phylum) LPSN: Phylum "Candidatus Omnitrophica" Rinke et al. 2013 NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Omnitrophica, Details: Candidatus Omnitrophica (phylum); homotypic synonym: Candidatus Omnitrophicaeota, Candidatus Omnitrophota; includes: candidate division WOR-2, candidate division White Oak River group 2; equivalent: Omnitrophica Rinke et al. 2013. Graphisch: Candidatus Omnitrophica, Lifemap NCBI Version. NCBI Nucleotide: MAG: Candidatus Omnitrophica bacterium isolate NC_groundwater_1466_Ag_S-0.65um_60_22,… NCBI Nucleotide: MAG: Candidatus Omnitrophica bacterium isolate NC_groundwater_666_Ag_B-0.1um_57_48,… NCBI Taxonomy Browser: Omnitrophica clone OPB2 (species) NCBI Taxonomy Browser: uncultured soil bacterium PBS-87 (species) NCBI Taxonomy Browser: mixed culture isolate koll11 (species) NCBI Taxonomy Browser: uncultured Banisveld landfill bacterium BVC56 (species) OneZoom: Candidate division OP3 Shirel Ben-Shimon, Daniel Stein, Raz Zarivach: Current view of iron biomineralization in magnetotactic bacteria. In: Journal of Structural Biology, 13. Oktober 2021, X, Band 5, S. 100052; ISSN 2590-1524; doi:10.1016/j.yjsbx.2021.100052, PMID 34723168, . Schemazeichnung von Ca. Omnitrophus magneticus SKK-01 siehe Fig. 1a.
Jana Kizina, Sebastian F. A. Jordan, Gerrit Alexander Martens, Almud Lonsing, Christina Probian, Androniki Kolovou, Rachel Santarella-Mellwig, Erhard Rhiel, Sten Littmann, Stephanie Markert, Kurt Stüber, Michael Richter, Thomas Schweder, Jens Harder: Methanosaeta and “Candidatus Velamenicoccus archaeovorus”. In: A. S. M. Journals: Applied and Environmental Microbiology, 21. März 2022, Band 88, Nr. 7; doi:10.1128/aem.02407-21. Dazu: Räuberische Bakterien. biologie-seite.de, Mikrobiologie: Bio-News, 23. März 2022. Räuberische Bakterien (deutsch); Predatory bacteria (englisch); EurekAlert!, 23. März 2022. Sebastian Kolinko et al.: Single‐cell genomics of uncultivated deep‐branching magnetotactic bacteria reveals a conserved set of magnetosome genes. In: Environmental microbiology, 2016, 18.1, S. 21-37. doi:10.1111/1462-2920.12907. Stefan Spring et al.: Characterization of the first cultured representative of Verrucomicrobia subdivision 5 indicates the proposal of a novel phylum. In: The ISME journal, 2016; doi:10.1038/ismej.2016.84.
Kategorie:Bakterien Kategorie:Bacteria