mini|REM-Aufnahme von Atribacter laminatus RT761T. Balken 1,5 µm.
Atribacterota ist ein Phylum (Abteilung) thermophiler (wärmeliebender) Bakterien, die in anoxischen (sauerstofffreien), methanreichen Sedimenten häufig vorkommen. Frühere provisorische Bezeichnungen sind „Candidatus Caldatribacteriota“, „Candidatus Atribacteria“ (steht jetzt für die Typusklasse), und (jeweils im weiteren Sinn verstanden).
Die Atribacterota sind weltweit verbreitet (kosmopolitisch) und wurden einigen Fällen in anaeroben Meeressedimenten, Geothermalquellen und Ölvorkommen reichlich nachgewiesen. Die Typusart Atribacter laminatus und Metagenomdaten der Kandidatengattung Ca. Caldatribacterium sowie 16S-rRNA-Gen-Phylotypen von Mitgliedskandidaten des Phylums stammen aus einer Vielzahl von Umgebungen, darunter oberirdische und untermeerische geothermische Systeme, Erdöllagerstätten, anaerobe Fermenter und Abwasseraufbereitungsanlagen.
Nach Genanalysen zeigen die Atribacterota Genexpressionsmuster, die auf einen fermentativen, acetogenen Stoffwechsel hindeuten. Diese Ergebnisse lassen auf einen heterotrophen Stoffwechsel schließen, bei dem Gärungsprodukte wie Acetat, Ethanol und Kohlendioxid entstehen. In der mikrobiellen Gemeinschaft des Sediments können von diesen Produkten wiederum Methanogene leben, was das häufige Vorkommen von Atribacterota in methanreichen anoxischen Sedimenten erklärt.
Dank ihrer Eigenschaften sind die Atribacterota in der Lage, katabolische und anabolische Funktionen auszuführen, die für die Reproduktion der Zellen notwendig sind, selbst wenn die Energieversorgung aufgrund des Mangels an gelöstem Sauerstoff in Meeres-, Süß- oder Grundwasser eingeschränkt ist.
Systematik Nach phylogenetischen Analysen scheinen die Atribacterota mit mehreren thermophilen Phyla innerhalb der Terrabacteria verwandt zu sein oder könnten basal (an der Basis) innerhalb der PseudomonadatiDie Quelle lautet hier auf die veraltete Bezeichnung „Gracilicutes“, aus der die Pseudomonadati nach Abtrennung nicht verwandten Kladen (Cyanobakterien) u. a. hervorgingen. stehen.
Der nachstehenden inneren Systematik liegen folgende Quellen zugrunde (Stand 27. Juli 2022): L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) N – National Center for Biotechnology Information (NCBI), visualisiert durch Lifemap G – Genome Taxonomy Database (GTDB), visualisiert durch AnnoTree
Anmerkungen: Die Gattung Caldatribacterium ist nach LPSN und NCBI ohne Zuordnung (incertae sedis), wird aber in der GTDB einer Familie Caldatribacteriaceae innerhalb der Ordnung Atribacterales zugeordnet, es gibt keine eigene Ordnung „Caldatribacteriales“ (d. h. eine solche ist ein Synonym von Atribacterales). Nach der GTDB werden die Kladen OP9 und JS1 (im engeren Sinn verstanden) als die beiden Klassen innerhalb des gemeinsamen Phylums Atribacterota aufgefasst. Im weiteren Sinn sind OP9 und JS1 identisch mit dem gesamten Phylum (Phylum alias , ‚Abteilung‘). OneZoom verortet abweichend die Kladen OP9 und JS1 als Kandidatenphyla an verschiedenen Stellen des bakteriellen Stammbaums. Da die Bezeichnung Atribacteria früher für das ganze Phylum verwendet wurde, haben auch Stämme der GTDB-Klasse JS1 bei NCBI oft provisorische Speziesnamen mit dieser Bezeichnung, obwohl sie nicht zur Klasse Atribacteria gehören. Vorschläge (etwa aus der Metagenomik) mit vorläufigen Bezeichnungen sind nicht komplett, sondern nur beispielsweise wiedergegeben. Stand ist 17. August 2026.
Phylum Atribacterota et al. 2021, veraltet auch „Candidatus Caldatribacteriota“ et al. 2020 (L,N,G), „Candidatus Atribacteria“ et al. 2013 (steht jetzt für die Typusklasse), im weiteren Sinn als Phylum im weiteren Sinn als Phylum OP9/JS1 als beide Teilkladen umfassendes Taxon Klasse Atribacteria et al. 2021 (L,N,G), veraltet im Rang eines eigenständigen Phylums Ordnung Atribacterales et al. 2021 (L,N,G) [„Caldatribacteriales“] Familie Atribacteraceae et al. 2021 (L,N,G) Gattung Atribacter et al. 2021UniProt: Taxonomy – Atribacter (genus). (L,N,G) Spezies Atribacter laminatus et al. 2021 mit Stamm RT761 alias DSM 105538 oder NBRC 112890 (L,N,G) Spezies „Ca. Atribacter allofermentans“ et al. 2024 (L) [Atribacter sp002069605 (G), Ca. Atribacteria bacterium ADurb.Bin276 (N)] mit Stamm ADurb.Bin276 alias GCA_002069605 oder GCA_002069605.1 Spezies „Ca. Atribacter alterifermentans“ et al. 2024 (L) [Atribacter sp012517635 (G)], Ca. Atribacteria bacterium isolate AS27yjCOA_164 (N)] mit Stamm AS27yjCOA_164 alias GCA_012517635, GCA_012517635.1 oder S15NCBI: MAG: Candidatus Atribacteria bacterium isolate AS27yjCOA_164. Spezies Atribacter sp003542295 (G) mit Stamm UBA11188 Spezies Atribacter sp012517485 (G) mit MAG AS27yjCOA_181NCBI: MAG: Candidatus Atribacteria bacterium isolate AS27yjCOA_181. Spezies Atribacter sp018056205 (G) mit MAG Gw_SlDig_bin_239NCBI: MAG: Candidatus Atribacteria bacterium isolate Gw_SlDig_bin_239. Gattung „Candidatus Nitricultor“ et al. 2024 [SKXZ01 (G)] Spezies „Ca. Nitricultor lacus“ et al. 2024 (L) [SKXZ01 sp007128145 (G)] mit Stamm/MAG CSSed162cmB_266 alias GCA_007128145 oder GCA_007128145.1 Spezies „Ca. Nitricultor siberiensis“ et al. 2024 (L) [SKXZ01 sp003561145 (G)] mit Stamm/MAG CSSed11_91 alias GCA_003561145 oder GCA_003561145.1 Familie Atrimonadaceae et al. 2024 (L) Gattung Atrimonas et al. 2024 (L) Spezies Atrimonas thermophila et al. 2024 (L) Familie „Candidatus Caldatribacteriaceae“ et al. 2020 (L;G) Gattung „Candidatus Caldatribacterium“ et al. 2013, früher OP9-1/Genus 33 Spezies „Ca. Caldatribacterium californiense“ corrig. et al. 2013 (N,G) [„Ca. C. californiensis“, Caldatribacterium californiense_A (G)] mit Stamm OP9-cSCG (G) Spezies „Caldatribacterium californiense_B“ (G) mit Stamm SpSt-747 Spezies „Ca. Caldatribacterium caloriphilum“ et al. 2024 (L) mit Stamm DG_2.bin.200.Tibet Spezies „Ca. Caldatribacterium oleiphilum“ et al. 2024 (L) [„Caldatribacterium sp014359405“ (G)] mit Stamm/MAG MAG-105 (G) alias MAG 105 (L) Spezies „Ca. Caldatribacterium saccharofermentans“ et al. 2013 (L,N,G) mit Stämmen SpSt-82, SpSt-31 und Referenzstamm OP9-77CS alias MAG-77CS (N,G) Spezies „Ca. Caldatribacterium thermophilum“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG JZ-1.bins.129.201901 Gattung „Candidatus Profundicultor“ et al. 2024 (L) Spezies „Ca. Profundicultor aquiphilus“ et al. 2024 (L) mit Stamm Ch31 alias GCA_013314795, GCA_013314795.1 oder S4 Gattung „Candidatus Sordicultor“ et al. 2024 (L) Spezies „Ca. Sordicultor aquaticus“ et al. 2024 (L) mit Stamm GCA_018056825 alias GCA_018056825.1 oder Gw_SIDig_bin_137 Spezies „Ca. Sordicultor fermentans“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG UBA3950 Familie Thermatribacteraceae et al. 2024 (L) Gattung Thermatribacter et al. 2024 (L) Spezies Thermatribacter velox et al. 2024 (L) mit Stamm B 11 alias CCAM 969 oder JCM 39351
Klasse „Candidatus Phoenicimicrobiia“ et al. 2024 (L) [c__JS1 (G)] – im Rang eines eigenständigen PhylumsDie Identifizierung von c__JS1 mit „Ca. Phoenicimicrobiia“ erfolgte wegen des gemeinsamen Stamms/MAGs UBA4082 und der Taxon History von „Ca. Sediminicultor tertius“ (GTDB). Ordnung „Candidatus Phoenicimicrobiales“ et al. 2024 (L) [o__SB-45 (G)]Die Identifizierung von o__SB-45 mit „Ca. Phoenicimicrobiales“ erfolgte wegen des gemeinsamen Stamms/MAGs UBA4082 und der Taxon History von „Ca. Sediminicultor tertius“ (GTDB). Familie „Candidatus Phoenicimicrobiaceae“ et al. 2024 (L) [f__34-128 (G)]Die Identifizierung von f__34-128 mit „Ca. Phoenicimicrobiaceae“ erfolgte wegen des gemeinsamen Stamms/MAGs UBA4082 und der Taxon History von „Ca. Sediminicultor tertius“ (GTDB). Gattung „Candidatus Immundihabitans“ et al. 2024 (L) [UBA6251 (G), UBA4082 (G), JS1-2/Genus 5, JS1-5] Spezies „Ca. Immundihabitans aquiphilus“ et al. 2024 (L) [„UBA6251 sp002441285“ (G), Ca. Atribacteria bacterium UBA4082 (N),NCBI: Candidatus Atribacteria bacterium UBA4082 (species). Ca. Atribacteria bacterium UBA6251 (N),NCBI: Candidatus Atribacteria bacterium UBA6251 (species). Ca. Atribacteria bacterium UBA5772 (N)NCBI: Candidatus Atribacteria bacterium UBA5772 (spezies).] mit Stämmen/MAGs UBA4082, UBA6251 und UBA5772 Gattung „Candidatus Infernicultor“ et al. 2024 (L) [ CG2-30-33-13 (G), JS1-7/Genus] Spezies „Ca. Infernicultor aquiphilus“ et al. 2024 (L) [CG2-30-33-13 sp002782675 (G) alias Ca. Atribacteria bacterium CG_4_8_14_3_um_filter_34_18 (N)NCBI: Candidatus Atribacteria bacterium CG_4_8_14_3_um_filter_34_18 (species).] mit Stamm/MAG CG2 30 33 13 (CG = Crystal Geyser) alias GCA_001873345 oder GCA_001873345.1 Gattung „Candidatus Phoenicimicrobium“ et al. 2024 (L) [UBA9904 (G)] Spezies „Ca. Phoenicimicrobium oleiphilum“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG HX_OS.bin.34 und UBA9904 Gattung „Candidatus Sediminicultor“ et al. 2024 (L) [34-128 (G), JS1-1/Genus 1] Spezies „Ca. Sediminicultor primus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG Maxbin010 alias PRJNA970932 Spezies „Ca. Sediminicultor secundus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG RS-JS1 Spezies „Ca. Sediminicultor tertius“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG UBA9311GTDB: 003527405.1 Sediminicultor tertius. Siehe insbes. Taxon History. Spezies „Ca. Sediminicultor quartus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG SpSt-1241 Spezies „Ca. Sediminicultor quintus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG GCA_001773955 alias GCA_001773955.1 oder RBG_19FT_COMBO_35_14 Spezies „Ca. Sediminicultor sextus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG Bin1_7.2m alias GCA_014894735 oder GCA_014894735.1 Spezies „Sediminicultor sp000405605“ (G) [34-128 sp000405605 (G), Atribacteria bacterium SCGC AAA255-G05, (N)NCBI: Atribacteria bacterium SCGC AAA255-G05 (species).] mit Stamm/MAG SCGC AAA255-G05 Spezies „Sediminicultor sp002084865“ (G) [34-128 sp002084865 (G) alias Ca. Atribacteria bacterium 4572_76 (N)NCBI: Candidatus Atribacteria bacterium 4572_76 (species).] mit Stamm/MAG 4572_76 (Guaymas-Becken) Spezies 34-128 sp000405345 (G) [Atribacteria bacterium SCGC AAA255-N14, (N)NCBI: Atribacteria bacterium SCGC AAA255-N14 (species).] Familie „Candidatus Stramentimicrobiaceae“ et al. 2024 (L) [f__UBA6794 (G)]Die Identifizierung von f__UBA6794 mit „Ca. Stramentimicrobiaceae“ erfolgte wegen des gemeinsamen Stamms/MAGs UBA6794 und der Taxon History von „Oleihabitans sp002452835“ (GTDB). Gattung „Candidatus Oleihabitans“ et al. 2024 (L) [UBA6794 (G), JS1-4/Genus 9] Spezies „Ca. Oleihabitans oleiphilus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG Maxbin017 alias PRJNA970932 Spezies „Oleihabitans sp002452835“ (G) [UBA6794 sp002452835 (G), Ca. Atribacteria bacterium UBA6794 (N)NCBI: Candidatus Atribacteria bacterium UBA6794 (species). mit Stamm UBA6794 Gattung „Candidatus Oleincola“ et al. 2024 (L) Spezies „Ca. Oleincola primus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG Maxbin015 alias PRJNA970932 Spezies „Ca. Oleincola secundus“ et al. 2024 (L) mit Stamm/MAG M50B99 Gattung „Candidatus Stramentimicrobium“ et al. 2024 (L) Spezies „Ca. Candidatus Stramentimicrobium fermentans“ et al. 2024 (L) [JAAYOB01 sp012520575 (G), Ca. Atribacteria bacterium isolate AS21ysBPME_310 (N)NCBI: MAG: Candidatus Atribacteria bacterium isolate AS21ysBPME_310.] mit Stamm/MAG AS27yjBPME_310 alias GCA_012520575, GCA_012520575.1 oder S19
Atribacter
mini|Die Kryo-ET-Detailaufnahme von A. laminatus RT761T mit äußerer, mittlerer und innerer Membran (schwarze Pfeilspitzen 1, 2, bzw. 3). Weiße Pfeilspitzen deuten weitere Schichten an.
Einzige offizielle Spezies der Gattung Atribacter ist A. laminatus mit Referenzstamm RT761 (notiert als RT761T). Zur Zeit seiner Entdeckung war dies der einzige bekannte Vertreter der Prokaryoten, dessen Zellen eine Kompartimentierung durch innere Membranen (insbesondere um das DNA-Genom herum) aufweisen, ein ansonsten für Eukaryoten (komplex-zelluläre Organismen: Tiere, Pilze, Pflanzen, Protisten) typisches Merkmal (inzwischen hat man zellinterne Membranen auch bei den Riesenbakterien der Gattung Thiomargarita gefunden).