Filialkirche St. Margarethen bezeichnet folgende Kirchen in Österreich:
Filialkirche St. Margarethen (Bad Vigaun) in der Gemeinde Bad Vigaun, Salzburg Filialkirche St. Margarethen (St. Paul im Lavanttal) in der Gemeinde St. Paul im Lavanttal, Kärnten Filialkirche St. Margarethen (Tiffen) in der Gemeinde Steindorf am Ossiacher See, Kärnten Filialkirche St. Margarethen ob Köttmannsdorf in der Gemeinde Köttmannsdorf, Kärnten