Die (GTDB) ist eine Online-Datenbank, die Informationen über eine vorgeschlagene Nomenklatur von Prokaryonten enthält. Der Ansatz basiert dabei auf einer Genom-gestützten Phylogenie, die auf einer Reihe von konservierten Single-Copy-Proteinen beruht. Bei dieser Methode werden nicht nur paraphyletische Gruppen aufgelöst, sondern auch die taxonomischen Ränge algorithmisch neu zugewiesen, wobei in beiden Fällen neue provisorische Namen entstehen. Im Jahr 2020 wurden Informationen über Archaeen sowie eine auf der durchschnittlichen Nukleotididentität basierende Artenklassifizierung hinzugefügt. Bei jeder Aktualisierung werden neue Genome sowie händische (menschengemachte) Anpassungen der Taxonomie berücksichtigt.
Für die Einordnung von Genom-Entwürfen () in die GTDB-Hierarchie steht ein Open-Source-Tool namens GTDB-Tk zur Verfügung. Das GTDB-System wurde über GTDB-Tk zur Katalogisierung noch nicht benannter Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom und in anderen metagenomischen Quellen verwendet.
Die GTDB wurde 2019 in das als phylogenomische Ressource aufgenommen.
AnnoTree AnnoTree ermöglicht eine graphische Visualisierung der GTDB seit Release 03-RS86.
Siehe auch PhyloCode SILVA ribosomal RNA database List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) National Center for Biotechnology Information (NCBI): Taxonomy Browser Lifemap – Graphische Darstellung der NCBI-Taxonomie zellulärer Organismen OneZoom
Weblinks und Literatur Jonathan A. Eisen: Story Behind the Nature Paper on 'A phylogeny driven genomic encyclopedia of bacteria & archaea'. In: The Tree of Life (Blog auf blogspot.com), U. C. Davis 65 000 Mikroben erhalten neue Namen. Auf: VBiO. Quelle: Universität Innsbruck. Mark John Pallen, Nabil-Fareed Alikhan, Luis M. Rodríguez-R: Naming the unnamed: Over 65,000 Candidatus names for unnamed Archaea and Bacteria in the Genome Taxonomy Database. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 72, Nr. 9, 20. September 2022; doi:10.1099/ijsem.0.005482, PMID 36125864, ResearchGate:363695508 (). Dazu: Corrigendum, 12. Mai 2023: doi:10.1099/ijsem.0.005885. Version 2.0.0, 27. April 2022; doi:10.5281/zenodo.6477137, mit Protologues built from named genera. Brian P. Hedlund, Maria Chuvochina, Philip Hugenholtz, Konstantinos T. Konstantinidis, Alison E. Murray, Marike Palmer, Donovan H. Parks, Alexander J. Probst, Anna-Louise Reysenbach, Luis M. Rodríguez-R, Ramon Rossello-Mora, Iain C. Sutcliffe, Stephanus N. Venter, William B. Whitman: SeqCode: a nomenclatural code for prokaryotes described from sequence data. In: Nature Microbiology, Band 7, 19. September 2022, S. 1702–1708; doi:10.1038/s41564-022-01214-9 (). Robert A. Sanford, Karen G. Lloyd, Konstantinos T. Konstantinidis, Frank E. Löffler: Microbial Taxonomy Run Amok. In: Trends in Microbiology, Band 29, Nr. 5, Mai 2021, S. 394–404; 10.1016/j.tim.2020.12.010 ().
Einzelnachweise GTDB: About. Informationen zu den einzelnen Aktualisierungen finden sich in den entsprechenden Änderungsprotokollen. Bemerkenswerte Änderungen, die eine Veröffentlichung wert sind, finden sich im Abschnitt "Cite GTDB".
Preprint: doi:10.1101/256800. Preprint: doi:10.1101/771964.
Kategorie:Bioinformatik