Desulfobacterium ist eine Gattung Sulfat-reduzierender Bakterien () aus der Familie Desulfobacteraceae.UniProt: Desulfobacterium (GENUS)Friedhelm Bak, Friedrich Widdel: Anaerobic degradation of indolic compounds by sulfate-reducing enrichment cultures, and description of Desulfobacterium indolicum gen. nov., sp. nov., in: Archives of Microbiology, Band 146, S. 170–176, November 1986, doi:10.1007/BF00402346, ISSN 0302-8933 Die Gattung ist in Brackwasser- und Meeressedimenten weit verbreitet. Die Form der Bakterien reicht je nach Art (Spezies) von meist stäbchenförmig über oval bis zitronenförmig. Der Stamm Desulfobacterium autotrophicum HRM2 ist der erste Vertreter von SRBs, dessen Genom sequenziert wurde.
Etymologie Der Gattungsname leitet sich ab von ‚de‘ (von, weg) und ‚sulfur‘ (Schwefel), was zusammen den Präfix ‚desulfo-‘ (desulfurierend) ergibt. Dieses Präfix deutet auf die Charakterisierung der Spezies als dissimilatorische sulfatreduzierende Prokaryoten (hier: Bakterien) hin.
Systematik Die folgende Systematik richtet sich in erster Linie nach der LPSN (, L), zudem sind Einträge in WoRMS (, W)WoRMS: Desulfobacterium Bak & Widdel, 1988 und vom NCBI (, N)NCBI: Desulfobacterium Bak and Widdel 1988 (genus), graphisch: Desulfobacterium, auf: Lifemap, NCBI Version. wiedergegeben (Stand 9. September 2021): Desulfobacterium anilini 1989/1990(L,W)alias Desulfatiglans anilini ( et al. 1990) et al. 2014(N) — Referenzstamm: Ani (alias ATCC:49792, DSM:4660)NCBI: Desulfatiglans anilini (species, homotypic synonym: Desulfobacterium anilini) Desulfobacterium autotrophicum et al. 1988(L,N) — Referenzstamm: HRM2 (alias ATCC:43914, DSM:3382, VKM:B-1955) Desulfobacterium catecholicum 1988(L,N) — Referenzstamm NZ (alias ATCC 43955, DSM 3882, JCM 39068, NZva20, NZva20, Nelson)NCBI: [Desulfobacterium] catecholicum (species) Desulfobacterium cetonicum 1994(L) alias Desulfosarcina cetonica corrig. et al. 2006(N) — Referenzstamm 480 (alias DSM 7267, JCM 12296, VKM B-1975)NCBI: Desulfosarcina cetonica (species, homotypic synonym: …, Desulfobacterium cetonicum) Desulfobacterium corrodens , 2004(W,N) — alias Desulfobacterium sp. IS4Hang T. Dinh, Jan Kuever, Marc Mußmann, Achim W. Hassel, Martin Stratmann, Friedrich Widdel: Iron corrosion by novel anaerobic microorganisms, in: Nature, Band 427, S. 829–832, 26. Februar 2004, doi:10.1038/nature02321 Desulfobacterium indolicum 1988(L,W,N) — Typus, Referenzstamm: In04 (alias ATCC:43938, DSM:3383) Desulfobacterium macestii 1989(L) alias Desulfomicrobium macestii et al. 2003(N) — Referenzstamm M-9 (alias DSM 4194, VKM B-1598)NCBI: Desulfomicrobium macestii (species, homotypic synonym: Desulfobacterium macestii) Desulfobacterium niacini et al. 2006(L,N) — Referenzstamm: DSM 2650 (alias DSM2650T) Desulfobacterium phenolicum 1988(L) alias Desulfobacula phenolica et al. 2001(N) — Referenzstamm Ph01 (alias ATCC 43956, DSM 3384)NCBI: Desulfobacula phenolica (species, homotypic synonym: Desulfobacterium phenolicum) Desulfobacterium vacuolatum et al. 2006(L,W,N) — Referenzstamm: IbRM (alias DSM:3385, JCM:12295) Desulfobacterium zeppelinii et al. 2007(N) — Referenzstamm: DSM 9120Birte Meyer, Jan Kuever: Phylogeny of the alpha and beta subunits of the dissimilatory adenosine-5'-phosphosulfate (APS) reductase from sulfate-reducing prokaryotes--origin and evolution of the dissimilatory sulfate-reduction pathway, in: Microbiology, Band 153, Pt 7, Juli 2007, S. 2026–2044, doi:10.1099/mic.0.2006/003152-0, PMID 17600048 Desulfobacterium sp. 4572_20(N) Desulfobacterium sp. AK1(N) Desulfobacterium sp. BG18(N) Desulfobacterium sp. BG33(N) Desulfobacterium sp. BSv41(N) Desulfobacterium sp. LSv25(N) Desulfobacterium sp. PM4(N) Desulfobacterium sp. SCGC MDAE08(N) Desulfobacterium sp. SCGC MDAE10(N) Desulfobacterium sp. SCGC MDAM14(N) Desulfobacterium sp. CE24 — uncultured(N) Beim Vergleich der zugrunde liegenden Datenbanken wird deutlich, dass die Diskussion über die Mitgliedschaft einzelner Spezies zur Gattung bei weitem noch nicht abgeschlossen ist. Einerseits werden für Spezies, die nach LPSN bestätigte Mitglieder der Gattung sind, andere Gattungszugehörigkeiten vorgeschlagen (ein „Splitting“ im Sinn der Lumper und Splitter), andererseits werden neue Funde (z. T. aus der Metagenomik) als Mitglieder der Gattung vorgeschlagen, sind aber in der LPSN noch nicht als bestätigt gelistet.
Desulfobacterium autotrophicum Desulfobacterium autotrophicum ist ein mesophiles sulfatreduzierendes Bakterium. Mit einer Größe von 5,6 Mbp (Megabasenpaaren) ist das Genom von Db. autotrophicum HRM2 etwa 2 Mbp größer als die sequenzierten Genome anderer Sulfatreduzierer (SRBs). Eine hohe Anzahl von Genomplastizitätselementen (en. ) (mehr als 100 Transposon-artige Gene), mehrere Regionen mit GC-DiskontinuitätEine GC-Diskontinuität ist ein im Verlauf des RNA- oder DNA-Strangs plötzlich stark veränderter GC-Gehalt, ein Hinweis auf unterschiedliche Herkunft der einzelnen Abschnitte (Gene oder ORFs), etwa durch Horizontalen Gentransfer (HGT). und eine hohe Anzahl von repetitiven Elementen (132 paraloge Gene pro Mbp)Paraloge Gene sind Gene, die über Duplikationsereignisse im letzten gemeinsamen Vorfahren (LCA) der zu vergleichenden Arten oder Stämme miteinander verwandt sind. deuten auf eine unterschiedliche Genomevolution im Vergleich zu Desulfovibrio-Arten hin.
Die metabolische Vielseitigkeit von Db. autotrophicum HRM2 zeigt sich in Genen für den Abbau einer Vielzahl organischer Verbindungen einschließlich langkettiger Fettsäuren und für den Wood-Ljungdahl-Weg wider, der es dem Organismus ermöglicht, Acetyl-CoA vollständig zu Kohlendioxid (CO2) zu oxidieren, aber auch chemolithoautotroph zu wachsen und gedeihen.
Desulfobacterium catecholicum Desulfobacterium catecholicum ist ein BrenzcatechinBrenzcatechin ist die übliche deutsche Bezeichnung für (Pyro-)Catechol oder Benzen-1,2-diol, einem aromatischen Alkohol.-abbauendes zitronenförmiges, nicht sporenbildendes sulfatreduzierendes Bakterium (Referenzstamm ist Nzva20).
Desulfobacterium indolicum Desulfobacterium indolicum ist ein ovales bis stäbchenförmiges, gramnegatives, nicht sporenbildendes, sulfatreduzierendes Bakterium (Referenzstamm In04). Die Spezies zeichnet sich durch die Nutzung spezifischer Stoffwechselwege aus, darunter die Entschwefelung von Dieselkraftstoff.
Weblinks
Anmerkungen
Einzelnachweise
Kategorie:Desulfuromonadales Kategorie:Desulfuromonadales (Ordnung)