„Idotea-Virus IWaV278“ (Idotea wosnesenskii associated virus 278, IWaV-278) ist die vorgeschlagene Bezeichnung für eine Spezies (Art) von Viren mit einem Genom aus einer zyklischen Einzelstrang-DNA (ssDNA). Das Genom hat das für Mitglieder des Phylums Cressdnaviricota typische REP-Gen und Haarnadelstruktur (), verantwortlich für den Replikationsstart. „Idotea-Virus IWaV278“ ist vergesellschaftet (assoziiert) mit Asseln der Spezies Pentidotea wosnesenskii (Synonym: Idotea wosnesenskii) aus der Familie Idoteidae, Unterordnung Valvifera,NCBI Taxonomy Browser: Pentidotea wosnesenskii Brandt, 1851 (species); homotypic synonym: Idotea wosnesenskii. die im Intertidalbereich (Litoral) der US-Pazifikküste vorkommen. IWaV278 teilt Sequenzähnlichkeit und genomische Merkmale mit den Tombusviridae (ssRNA) und Circoviridae (ssDNA) und wurde der vorgeschlagenen Familie „Cruciviridae“ zugeordnet, die eine vermutete Klade chimärer Viren (genauer: DNA-RNA-Hybridviren) umfasst.
Entdeckung Im Jahr 2017 veröffentlichten Kalia Bistolas und Kollegen eine Metagenom-Studie, in der die phylogenetischen Beziehungen zwischen neuartigen Cressdnaviricota-Genotypen (Genomen von CRESS-DNA-Viren) untersucht wurden, die mit pazifischen Asseln aus dem Intertidal assoziiert sind. Bei dem mit der Asselspezies Idotea wosnesenskii assoziierten Genotyp IWaV278 wurde dabei die bezeichnete hybride Genomzusammensetzung gefunden. Die Untersuchungen lieferten weitere Hinweise zur Klärung der Evolution einer möglichen Familie „Cruciviridae“.
Genom mini|hochkant=0.39|Die Haarnadelstruktur () von IWaV278.
Das rechnerisch vervollständigte Genom von IWaV278 hat eine Länge von 3478 nt (Nukleotiden). Es enthält die für die virale Replikationsfähigkeit mindestens erforderlichen Offenen Leserahmen (en. , ORFs) Rep (für das Replikations-Initiations-Protein) und Cp (auch Cap, für das Kapsidprotein).Es wird hier einer allgemeinen Praxis gefolgt, die Abkürzungen für Gene bzw. ORFs kursiv zu schreiben, dagegen die Abkürzungen für die kodierten Proteine in Normalschrift. Das Kapsid-ORF von IWaV278 ist homolog zu denen, die in den (+)RNA-Viren der Familie Tombusviridae gefunden wurden. Das Rolling-Circle-Replikations-ORF Rep ist homolog zu jenen, wie sie üblicherweise in CRESS-DNA-Viren der Familie Circoviridae anzutreffen sind. Daher wird vermutet, dass IWaV278 ein neues Mitglied der vorgeschlagenen Familie „Cruciviridae“ sein könnte. Das IWaV278-Genom ist größer als bei den meisten CRESS-DNA-Viren, aber in der Größe vergleichbar mit anderen mutmaßlichen Mitgliedern der Cruciviridae/Tombusviridae-Klade (Cruciviren mit Tombusviridae-Homologie). IWaV278 enthält eine 728 nt lange nicht-kodierende intergenische Sequenz (Zwischengensequenz oder -region, en. , IGR) mit zwei flankierenden Ambisense-ORFs: das Rep, homolog zum Replikase-Gen von Tadarida brasiliensis circovirus 1,NCBI: Tadarida brasiliensis circovirus 1 (no rank) einem Stamm (Genotyp) der Spezies (BatACV4) der Circoviridae. das Cp, homolog zum „Cruciviridae“-Genotyp CRUV-15-B (AQU11701.1)NCBI: capsid protein [Cruciviridae sp.] GenBank: AQU11701.1 Offenbar zeigt IWaV278 keine Anzeichen von Intra-Gen-Chimärismus (d. h. Anzeichen von mehrfachen Rekombinationen innerhalb von Rep) oder partiellem Rep-Gen-Austausch – im Gegensatz zu mehreren anderen zuvor bekannt gewordenen Genomen von Cruciviren, die auch Homologien zu anderen CRESS-DNA-Viren (neben Circoviridae auch Nanoviridae oder Geminiviridae) zeigen.
Phylogenie Kalia Bistolas et al. ermittelten 2017 die Phylogenie von IWaV278. Diese phylogenetische Analyse zeigt, dass das Rep von IWaV278 mit einer monophyletischen Klade nicht-chimären Reps homolog zu Circovirus verbunden ist, was möglicherweise eine singuläre (stammesgeschichtlich einmalige) Übernahme dieses Gens/ORFs durch einen Vorfahren der CRESS-DNA-Viren (Cressdnaviricota) anzeigt. mini|links|hochkant=2.7|Maximum-Likelihood-Phylogenie von IWaV278 für folgende Offene Leserahmen (ORFs):(A) Rep (Replikations-Initiation) und (B) Cp (Kapsid).Details zu den beiden angegebenen Kladogrammen: (A) Rep-Phylogenie: NCBI Human stool-associated circular virus NG13 (no rank, ADD62475.1) — ICTV: Species Human associated circovirus 1 — Gattung Circovirus — Außengruppe 1 NCBI: Silurus glanis circovirus (no rank, AEW70742.1) — ICTV: Species European catfish circovirus — Gattung Circovirus NCBI: Odonata-associated circular virus-20 (species, AJD07502.1, unclassified, circular ssDNA) NCBI: Circoviridae 14 LDMD-2013 (species, YP_009109670.1, environmental samples) — Familie Circoviridae NCBI: Idotea virus IWaV278 (species, MG023125.1) — Familie „Cruciviridae“ NCBI: Lake Sarah-associated circular virus-42 (species, YP_009237578.1, unclassified —NCBI: Isolate LSaCV-42-LSCO-2013, circular DNA) NCBI: Chimpanzee stool avian-like circovirus Chimp17 (species, ADD62465.1) — ICTV: Species Chimpanzee associated circovirus 1 — Gattung Circovirus NCBI: Canary circovirus (species, NP_573442.1) — ICTV: Species Canary circovirus — Gattung Circovirus NCBI: Tick circovirus (no rank, ARO77516.1) — ICTV: Species Tick associated circovirus 2 — Gattung Circovirus NCBI: Beak and feather disease virus (species, ACU57088.1, AGC55152.1, AGC55154.1, AKO63030.1, AKO63024.1, AKO63008.1, AFM55150.1, AKO63028.1) — ICTV: Species Beak and feather disease virus — Gattung Circovirus NCBI: Duck circovirus (species, AFJ74615.1) sowie NCBI: Muscovy duck circovirus (no rank, ACT79249.1, ADX06802.1) — ICTV: Species Duck circovirus — Gattung Circovirus NCBI: Rhinolophus ferrumequinum circovirus 1 (no rank, AFK85001.1) — ICTV: Species Bat associated circovirus 3 — Gattung Circovirus NCBI: Tadarida brasiliensis circovirus 1 (no rank, YP_009170674.1) — ICTV: Species Bat associated circovirus 4 — Gattung Circovirus NCBI: Porcine circovirus 3 (species, APC65715.1, ARD71104.1) — ICTV: Species Porcine circovirus 3 - Gattung Circovirus NCBI: Bat associated cyclovirus 6 (species, AIF76249.1) — ICTV: Species Bat associated cyclovirus 6 — Gattung Cyclovirus — Außengruppe 2(B) Cp-Phylogenie: Cruciviridae sp. NCBI: AQU11706.1 (Isolat CRUV-16-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-16-B“ - Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11708.1 (Isolat CRUV-17-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-17-B“ - Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11716.1 (Isolat CRUV-19-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-19-B“ - Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11721.1 (Isolat CRUV-21-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-21-B“ - Familie „Cruciviridae“ NCBI: Hubei narna-like virus 10 (species, unclassified RNA viruses ShiM-2016) — Phylum Lenarviricota? — Realm Riboviria NCBI: Changjiang narna-like virus 2 (species, unclassified RNA viruses ShiM-2016) — Phylum Lenarviricota? — Realm Riboviria NCBI: YP_009142777.1 verweist auf Chimeric virus 14 (species, CHIV14) — CHIV4 ist offenbar ein Verschreiber, vgl. Krupovic et al. (2015) Cruciviridae sp. NCBI: AQU11701.1 (Isolat CRUV-15-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-15-B“ — Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11727.1 (Isolat CRUV-24-F) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-24-F“ — Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11725.1 (Isolat CRUV-23-F) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-23-F“ — Familie „Cruciviridae“ NCBI: RDHV-like virus SF1 (species, AKM12421.1) — San Francisco wastewater, „RDHV-like“ heißt vielleicht „Cruciviridae“, vermutlich aber einfach nur Cressdnaviricota uncultured chimeric virus NCBI: AOV86298.1 — Isolat Wastewater_Circular_Virus_FL44 Tallahassee uncultured chimeric virus NCBI: AOV86314.1 — Isolat Wastewater_Circular_Virus_FL52 Tallahassee Cruciviridae sp. NCBI: AQU11772.1 (Isolat CRUV-40-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-40-B“ — Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11775.1 (Isolat CRUV-41-F) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-41-F“ — Familie „Cruciviridae“ NCBI: Idotea virus IWaV278 (species, MG023125.1) - Familie „Cruciviridae“ NCBI: Circoviridae 2 LDMD-2013 (species, YP_009109631.1, environmental samples) — Familie Circoviridae NCBI: Boiling Springs Lake RNA-DNA hybrid virus (species, YP_009094499.1, environmental samples, unclassified virus) — „Boiling Springs Lake RNA-DNA Hybrid Virus“ (BSL-RDHV) ist aber erstes der BSL-RDHV-like viruses, d. h. Typus seiner Klade in dieser Gruppe, und diese wurde vorgeschlagen als Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11796.1 (Isolat CRUV-49-B) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-49-F“ — Familie „Cruciviridae“ Cruciviridae sp. NCBI: AQU11800.1 (Isolat CRUV-50-F) — nach Quaiser et al. (2016) „Crucivirus-50-F“ — Familie „Cruciviridae“ NCBI: Tomato yellow margin leaf curl virus (species, YP_006456.1) — ICTV: Spezies Tomato yellow margin leaf curl virus — Gattung Begomovirus — Familie Geminiviridae — Phylum Cressdnaviricota — Außengruppe
Der untere Teil (B) zeigt die Verwandtschaft des Cp-Gens/ORFs. Die IWaV278 bzgl. des Cp am nächsten stehenden Vertreter sind drei Sequenzen, die bereits für die „Cruciviridae“ vorgeschlagen wurden, darunter „Boiling Springs Lake RNA-DNA Hybrid Virus“ (BSL-RDHV); aus dem Rahmen fällt jedoch „Circoviridae 14 LDMD-2013“ Weiter entfernt finden sich in diesem Baum andere Sequenzen chimärer Viren (), teilweise für die „Cruciviridae“ vorgeschlagen. „RDHV-like virus SF1“ mit einer Genomlänge von 3.040 nt ist zusammen mit SF2 und SF3 nahe verwandt mit dem Stamm Marine RNA virus JP-BAlexander L. Greninger, Joseph L. DeRisi: Draft Genome Sequences of Marine RNA Viruses SF-1, SF-2, and SF-3 Recovered from San Francisco Wastewater, in: Genome Announc. 3(3), Mai-Juni 2015, Epub 18. Juni 2015, e00653-15 doi:10.1128/genomeA.00653-15, , PMID 26089423NCBI: Marine RNA virus JP-B (no rank) der Spezies Jericarnavirus B (Gattung Locarnavirus in der Familie Marnaviridae).
Der obere Teil (A) zeigt die Verwandtschaft des Rep-Gens/ORFs. Am nächsten zu IWaV278 bzgl. des Rep steht die nicht klassifizierten Spezies „Lake Sarah-associated circular virus-42“,NCBI: Lake Sarah-associated circular virus-42 (species) danach die Spezies „Circoviridae 14 LDMD-2013“,NCBI: Circoviridae 14 LDMD-2013 (species), siehe auch NCBI: LDMD-2013 (list) ein vorgeschlagenes Mitglied der Circoviridae. Offenbar gruppiert sich IWaV278 in die von Simon Roux und Kollegen 2013 identifizierte Klade der RDHVs (bzw. „Cruciviridae“) mit Circoviridae-ähnlichem Rep.
Biogeographie mini|links|hochkant=1.5|Biogeographie von IWaV278 unter intertidalen Asseln an der Pazifikküste Nordamerikas (CA: Kalifornische Kanalinseln, WA: Washington, AK: Alaska):IWaV278 wurde in Idotea wosnesenskii (IW), aber weder in den verwandten Asseln Idotea resecata (IR), noch in den sympatrischen Asseln Gnorimosphaeroma oregonensis (GO) oder im primären Nahrungssubstrat (dem Seetang Nereocystis sp.) nachgewiesen.