Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications (VOTCA)Victor Rühle, Christoph Junghans, Alexander Lukyanov, Kurt Kremer and Denis Andrienko. "Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications" Journal of Chemical Theory and Computation 5 (2009): 3201. doi:10.1021/ct900369w ist ein Softwarepaket zur coarse-grainted Modellierung, das sich auf die Analyse molekulardynamischen Daten und die Entwicklung von systematische coarse-graining Methoden sowie Methoden zur Simulation des mikroskopischen Ladungsträgertransport in ungeordneten Halbleitern konzentriert. Es wurde ursprünglich am Max-Planck-Institut für Polymerforschung entwickelt und wird jetzt von Entwicklern am Max-Planck-Institut für Polymerforschung, Los Alamos National Laboratory, der technischen Universität Eindhoven und dem Beckman Institute for Advanced Science and Technology sowie mit Beiträgen von Forschern weltweit weiterentwickelt.
Eigenschaften VOTCA besteht aus drei Hauptteilen: dem Coarse-Graining-Toolkit (VOTCA-CSG), dem Ladungstransport-Toolkit (VOTCA-CTP) und dem Exzitontransport-Toolkit (VOTCA-XTP). Alle basieren auf der VOTCA-Tools Bibliothek, die gemeinsam genutzte Prozeduren implementiert.
Coarse-Graining-(VOTCA-CSG) VOTCA-CSG unterstützt eine Vielzahl verschiedener Coarse-gaining Methoden, inkl. (iterativer) Boltzmann-Inversion, Inverse Monte Carlo, Force Matching und der Relative Entropie Methode und Methoden- und Hybridkombinationen dieser sowie optimierungsgesteuerte Ansätze wie Simplex und CMA. Um Statistiken zu sammeln, kann VOTCA-CSG mehrere Pakete wie GROMACS, DL_POLY, ESPResSo, ESPResSo ++, LAMMPS und HOOMD-blue für die Simulation verwenden.
Ladungstransport-Toolkit (VOTCA-CTP) VOTCA-CTPVictor Rühle, Alexander Lukyanov, Falk May, Manuel Schrader, Thorsten Vehoff, James Kirkpatrick, Bjoern Baumeier, Denis Andrienko . "Microscopic simulations of charge transport in disordered organic semiconductors" Journal of Chemical Theory and Computation, 7 (2011): 3335. doi:10.1021/ct200388s. ist ein Modul, das Berechnungen zur Überlappung von Molekülorbitalen durchführt und energetische Störungen und elektronische Kopplungen bewerten kann, die zur Abschätzung der Ladungstransporteigenschaften erforderlich sind.
Exzitontransport-Toolkit (VOTCA-XTP) VOTCA-XTP ist eine Erweiterung von VOTCA-CTP, mit der Anregungstransporte und -eigenschaften simuliert werden können.Jens Wehner, Lothar Brombacher, Joshua Brown, Christoph Junghans, Onur Çaylak, Yuriy Khalak, Pranav Madhikar, Gianluca Tirimbò, and Björn Baumeier. "Electronic Excitations in Complex Molecular Environments: Many-Body Green's Functions Theory in VOTCA-XTP" Journal of Chemical Theory and Computation. doi:10.1021/acs.jctc.8b00617. Daher bietet es eine eigene Implementierung von GW - BSE und eine grundlegende DFT Implementierung unter Verwendung von lokalisierten Basissätzen. Polarisierte QM / MM-Berechnungen für angeregte Zustände werden im Thole-Framework bereitgestellt. Es bietet eine Schnittstelle zum Quantum Chemistry-Paket ORCA für große Produktionsläufe.
Release Names Major Releases tragen Namen: 1.1 SuperAnn 1.2 SuperDoris 1.3 SuperUzma 1.4 SuperKurt - zur Feier von Kurt Kremer's 60th Geburtstaghttps://groups.google.com/g/votca/c/XnzZRxvQMRA/m/N3Z0EYh9AQAJ 1.5 SuperVictor - Benannt nach Victor Rühle, einem der ehemaligen Hauptentwicklerhttps://groups.google.com/g/votca/c/W66eCZ1sn_s/m/tsk1kmp9DAAJ 1.6 SuperPelagia 1.6.2 SuperGitta
Siehe auch GROMACS LAMMPS
Einzelnachweise
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