Die deutsche Krimi-Fernsehserie Babylon Berlin besteht aus zahlreichen parallelen Handlungssträngen, die persönliche Lebensläufe, aber auch allgemeine gesellschaftliche und politische Entwicklungen zur Zeit der Weimarer Republik darstellen und vielfach miteinander verwoben sind. Hier werden einzelne Entwicklungslinien der Gesamterzählung episoden- und staffelübergreifend dargestellt. Für eine chronologische Schilderung der Serienhandlung, gegliedert nach Staffeln und Episoden, siehe Babylon Berlin/Episodenliste.
Personen Gereon Rath und Familie Der Polizist Gereon Rath wird aus Köln zur Berliner Sittenpolizei versetzt. Grund dafür ist der Geheimauftrag, einen vermutlich dort aufbewahrten illegal gedrehten Pornofilm aufzufinden und zu vernichten, mit dem der Kölner Oberbürgermeister Konrad Adenauer erpresst wird. Gemeinsam mit Oberkommissar Bruno Wolter, dem Chef der „Sitte“, gelingt ihm dies auch nach einigen Fehlschlägen. Danach beschließt er, nicht mehr nach Köln zurückzukehren, und wird in die Mordkommission unter Kriminalrat Ernst Gennat versetzt.
Gereon leidet unter einer posttraumatischen Belastungsstörung aus dem Ersten Weltkrieg, weil er aus dem Schützengraben an der Westfront zusehen musste, wie sein Bruder Anno schwer verletzt vor ihm auf dem Schlachtfeld zurückblieb, während er selbst gefangen genommen wurde. Er geht davon aus, dass sein Bruder (zu dem er in einem Konkurrenzverhältnis stand) gefallen ist. Gegen seine Tremoranfälle nimmt Gereon Morphium, von dem er bereits körperlich abhängig ist, was er geheim halten muss. Außerdem befindet er sich in psychiatrischer Behandlung bei Dr. Schmidt, der sich schließlich als Anno Rath unter neuer Identität entpuppt (bzw. projiziert Gereon Rath sein Trauma um seinen Bruder auf den Psychiater). In die Pornofilm-Erpressung scheint Dr. Schmidt eingebunden zu sein und zunächst auf Seiten der Erpresser zu stehen; dies wird bis zur dritten Staffel nicht aufgelöst. Die Sitzungen mit Dr. Schmidt, der mehrere Hauptpersonen behandelt, sind als Rahmenhandlung oder Meta-Ebene der Serie interpretierbar, so dass die ihn betreffende Geschichte möglicherweise nur in Gereons Fantasie abläuft bzw. nacherlebt wird. Am Ende der vierten Staffel meint Gereon, er habe sein Kriegstrauma überwunden, und will sich von seinem übermächtigen Bruder lossagen.
Schon vor Annos (scheinbarem) Tod hatte Gereon ein Verhältnis mit dessen Frau Helga. Während seines Aufenthaltes in Berlin erscheint Helga mit ihrem 12-jährigen Sohn Moritz überraschend und berichtet, der vermisste Anno sei offiziell für tot erklärt worden, und drängt auf eine Heirat. Ihre Leidenschaft füreinander lebt zwar zunächst wieder auf, ist aber stets überschattet von Gereons Arbeit mit ihren Verwicklungen und Zwischenfällen und dem wiederholten Zwang, sich zu verstecken. Auch Moritz ist von den Entwicklungen nicht begeistert, und so erkalten ihre Gefühle füreinander schließlich. Helga verlässt Gereon und geht ein Verhältnis mit dem reichen Industriellen Alfred Nyssen ein, der ihr ein luxuriöses Hotelzimmer zur Verfügung stellt.
Moritz hält nach der Trennung zunächst zu Helga, doch als sie ihm verbietet, an einem Lager der Hitlerjugend teilzunehmen, verlässt er sie und wohnt lieber bei seinem Onkel Gereon. Der Junge kommt mit seinem eigenen unsicheren und weichherzigen Wesen nicht klar; er bewundert die geradlinigen, kernigen Charaktere bei der Hitlerjugend. Mit 14 Jahren tritt er der Organisation schließlich bei, später der SA.
Charlotte Ritter und Familie Die junge Charlotte Ritter, zweite Hauptperson der Serie, arbeitet anfangs tagsüber stundenweise als Stenotypistin für die Polizei und nachts als Prostituierte im Nachtclub Moka Efti, womit sie ihrer Familie ein Einkommen sichert. Bei einem Sonderauftrag, bei dem sie zurückliegende Morde für eine Kartei verschlagworten soll, erwacht ihr Interesse für die Kriminalistik, und sie entwickelt den Ehrgeiz, die erste Frau in der Mordkommission zu werden. Bruno Wolter hat sie in der Hand, da sie als Prostituierte nicht gemeldet ist und somit schwarz arbeitet. Das nutzt er aus, indem er sie sexuell in Anspruch nimmt und sie dienstlich auf Gereon Rath ansetzt, dem er nicht traut. So erfährt er von Gereons Morphiumabhängigkeit.
Nach Wolters späterem Tod wird Charlottes Bewerbung zur Kriminalassistentin angenommen. So wird sie Gereon Raths direkte Mitarbeiterin und kann durch ihre Kenntnis der Berliner Unterwelt oft wertvolle Tipps geben. Im Verlauf der Serie erweist sie sich zunehmend als kluge und mutige Ermittlerin, obwohl die reine Männerwelt der Mordkommission ihr dies nicht leicht macht. Ernst Gennat hält zwar viel von ihr als Ermittlerin, doch der stockkonservative Oberkommissar Wilhelm Böhm trägt ihr bewusst nur Botengänge auf.
Charlotte lebt zunächst gemeinsam mit ihrer Mutter, ihrem Großvater, ihrer älteren Schwester Ilse, deren Mann Erich und ihrer jüngeren Schwester Toni in einer engen Wohnung. Der erwerbs- und charakterlose Erich sieht sich als Familienoberhaupt, und nachdem die Mutter gestorben ist, wird das Zusammenleben mit ihm für Charlotte und Toni unerträglich. Die zwei nehmen sich ein gemeinsames Zimmer im Haus nebenan.
Als Ilses Augenleiden schlimmer wird, finanziert Charlotte ihr aus eigenen Mitteln eine Operation, doch können sie sich keinen teuren Arzt leisten und geraten an einen Quacksalber. Ilse erblindet bald nach der Operation, und die Familie trennt sich von Charlotte, die auf die Operation gedrängt hatte. Auch Toni verlässt sie und schließt sich einer Gruppe von Straßenkindern an.
Greta Overbeck Sie ist eine Kindheitsfreundin von Charlotte Ritter, ein etwas einfältiges und naives, aber gutherziges Mädchen vom Lande, vom Schicksal nach Berlin gespült, wo sie zufällig wieder auf Charlotte trifft. Weil sie wegen einer entzündeten Kaiserschnittwunde nicht im Rotlichtmilieu arbeiten kann, empfiehlt Charlotte sie für die gerade freigewordene Stelle als Hausmädchen bei der Familie von August Benda, dem Chef der Politischen Polizei, wo sie sich schnell wohlfühlt und geschätzt wird.
Greta lernt zwei junge Männer kennen, „Fritz“ und „Otto“, Angehörige der Kommunistischen Partei, und verliebt sich in Fritz. Später wird Fritz vor ihren Augen von der Polizei niedergeschossen; Otto, der sie schnell von der Szene wegzieht, erklärt ihr, Benda habe dazu den Befehl gegeben. Greta ist entschlossen, Fritz zu rächen. Gemeinsam platzieren sie eine Bombe in Bendas Schreibtisch zu Hause.
Als sie plangemäß nach dem Scharfmachen der Bombe mit dem Zug abreisen will, sieht sie auf dem Bahnsteig einen SA-Schlägertrupp und erkennt darin Otto und Fritz. Letzterer gibt vor, sie nicht zu kennen, und stößt sie brutal von sich. Sobald sie begriffen hat, dass Fritz und Otto mittlerweile Nazischläger geworden sind, der Polizeiangriff auf Fritz nur vorgetäuscht war und sie selbst von beiden ausgenutzt wurde, um Benda zu beseitigen, eilt sie zurück zu Bendas Haus. Die Bombe explodiert in dem Moment, als sie vor dem Haus ankommt, und tötet Benda und seine Tochter Margot. Greta wird vollkommen verstört als verdächtige Person festgenommen.
Im Ermittlungsprozess legt sie ein wahrheitsgemäßes Geständnis ab, doch die Identitäten von Fritz und Otto (zwei falsche Namen) bleiben rätselhaft. Als der eigentliche Drahtzieher des Anschlags, Oberst Günther Wendt, Greta zu verstehen gibt, dass er um ihr Baby weiß und es in seine Gewalt bringen kann, ändert sie vor Gericht ihre Aussage und gibt die Schuld den Kommunisten. Gereon Rath und Charlotte Ritter sind überzeugt davon, dass das nicht stimmt, und kommen der Wahrheit nahe, doch da Greta nicht mehr kooperiert, muss der bereits festgenommene Richard Pechtmann (alias „Fritz“) wieder auf freien Fuß gesetzt werden. Greta wird schließlich zum Tode verurteilt. Charlotte Ritter erwirkt zwar einen Aufschub der Exekution, kann diesen jedoch nicht rechtzeitig übermitteln, weil der Drahtzieher des Todesurteils, Regierungsrat Wendt, dafür gesorgt hat, dass sie aufgehalten wird – Greta wird vor ihren Augen enthauptet.
Ereignisketten Der Kesselwagenzug In der Sowjetunion wird ein Güterzug aus lauter Kesselwagen mit Fahrtziel Berlin überfallen, die deutsche Besatzung wird ermordet. Vor der Weiterfahrt wird ein zusätzlicher Kesselwagen angehängt. An der deutschen Grenze wird der Zug zunächst aufgehalten, dann durch Eingreifen von Generalmajor Wilhelm Seegers durchgelassen. In Berlin wird er wegen eines Zwischenfalls am Anhalter Güterbahnhof, bei dem die Frachtpapiere vorübergehend verloren gehen, zur Untersuchung in einen Lokschuppen rangiert.
In dem beim Überfall angehängten Wagen befindet sich der Goldschatz der Sorokins, der mit gefälschten Papieren nach Istanbul weiterfahren soll, von wo aus Leo Trotzki seinen Aufstand gegen Josef Stalin vorbereitet. Alexej Kardakow, der in Berlin den Goldwagen übernehmen und weiterleiten soll, wird von Swetlana Sorokina, seiner vorgeblichen Partnerin, tatsächlich aber Gegenspielerin, daran gehindert: Sie will das Gold für sich selbst nach Paris umleiten und versucht mehrmals, Kardakow zu töten, der jedoch immer knapp überlebt und schließlich den „Armenier“ (einflussreiche Unterweltgröße in Berlin) um Hilfe bittet. Als sich herausstellt, dass die Ladung der übrigen Wagen nicht aus den in den Papieren verzeichneten Pestiziden, sondern aus dem Kampfgas Phosgen besteht, rückt der Zug in den Fokus der Politischen Polizei, denn das Giftgas wurde, ähnlich wie zuvor schon geschmuggelte Waffen, über einen Strohmann von nationalistischen Kräften zur Bewaffnung der Schwarzen Reichswehr bestellt (siehe folgender Abschnitt). Die Führung der Reichswehr erwirkt, dass der Zug in die Sowjetunion zurückgeschickt wird, um weiteres Aufsehen zu vermeiden, und plant, ihn unterwegs zu kapern.
Charlotte Ritter kommt dahinter und alarmiert Gereon. Sie überleben einen von Bruno Wolter forcierten Autounfall und besetzen den Zug schon etwas vor dem Punkt des geplanten Überfalls. Dort wird das Überfallkommando der Reichswehr von Truppen des „Armeniers“ erschossen, diese wiederum werden von der Polizei mit Betäubungsgas außer Gefecht gesetzt. Im anschließenden Zweikampf zwischen Gereon Rath und Bruno Wolter stellt sich heraus, dass die scheinbaren Goldbarren im Sorokin-Wagen lediglich vergoldete Kohlebriketts sind. Wolter entkoppelt den Wagon, auf dem sich Rath befindet, und fährt triumphierend mit dem vorderen Teil des Zuges davon. Aus einem Einschussloch ausströmendes Gas entzündet sich an seiner Zigarette, der Wagen explodiert und Wolter stirbt. Schließlich stellt sich heraus, dass nicht die Ladung des Kesselwagens der Goldschatz ist, sondern dass die Kesselwand selbst aus massivem Gold besteht, das dunkel angestrichen wurde.
Die Schwarze Reichswehr
In der Zusammenarbeit mit Bruno Wolter, dem er immer weniger vertraut, kommt Gereon Rath hinter eine Verschwörung hochrangiger Militärs und anderer einflussreicher Leute, der auch Wolter angehört und die eine geheime deutsche Streitmacht aufbauen, womit sie den Versailler Vertrag hintergehen. Politisches Ziel dieser Verschwörung ist ein Staatsstreich zur Wiedereinsetzung der deutschen Monarchie. Mit den Nationalsozialisten verbindet sie die Verachtung der (Weimarer) Republik; für Gewaltmaßnahmen bedienen sie sich der gut organisierten SA. Ein Attentat auf den französischen Außenminister Aristide Briand kann Rath knapp verhindern; eine weitere ihrer Aktionen besteht in dem Bombenattentat auf Benda, das dem Mitverschwörer Günter Wendt einen einflussreichen Posten, schließlich sogar die Präsidentschaft der Berliner Polizei sichern soll.