Werner Brunner ist der Name folgender Personen:
* Werner Brunner (Politiker) (um 1560–1639), Schweizer Politiker Werner Brunner (Mediziner) (Werner Josef Brunner; 1903–1996), Schweizer Chirurg und Hochschullehrer Werner Brunner (Fußballspieler, I), deutscher Fußballspieler Werner Brunner (Fussballspieler, II), Schweizer Fußballspieler, -trainer und -funktionär Werner Brunner (Maler) (* 1941), deutscher Maler und Architekt