Sonic the Hedgehog (jap.: , Hepburn: Sonikku za Hejjihoggu), zur besseren Unterscheidung zum gleichnamigen ersten Spiel der Serie auch bekannt als Sonic the Hedgehog 2006 oder nur Sonic '06, ist ein 3D-Jump-’n’-Run-Videospiel, das von Sonic Team entwickelt und von Sega erstmals in Nordamerika am 14. November 2006 für Xbox 360 und wenig später für PlayStation 3 veröffentlicht wurde.

Aufgrund des bewusst gewählten gleichen Namens wie das Originalspiel aus dem 1991, dem ersten CGI-Trailer im Jahre 2005, dem Versprechen, das "ultimative Sonic-Erlebnis" bieten zu wollen und dass dieses Spiel für die damalige, neue Konsolengeneration zugeschnitten sein sollte, trieb die Erwartungen von Fachpresse und Fans im Vorfeld in die Höhe.

Durch den Ausstieg von Yūji Naka mitten in der Entwicklung des Spiels, das Halbieren des Entwicklungsteams und dem unbedingt halten wollenden Terminplan der Geschäftsleitung, was zur Folge hatte, dass das Spiel voreilig herausgebracht wurde, ohne dass Spielfehler entfernt werden konnten, ließ dieses Spiel zur durchschnittlichen größten Enttäuschung in der Serie avancieren. Mit seinen gravierenden Spielfehlern gilt es als einer der größten, vermutlich sogar als der größte Tiefpunkt der Sonic-Serie und wird sehr kritisch, inzwischen teils sogar von Sega selbst satirisch behandelt.

Das Spiel ist der Nachfolger von Shadow the Hedgehog (2005) und der Vorgänger von Sonic Unleashed (2008).

Handlung In der idyllischen Hafenstadt Soleanna finden die alljährlichen, prunkvollen Feierlichkeiten statt, bei der die schüchterne, zurückhaltende Prinzessin Elise symbolisch ein Feuer entzündet, damit die Götter ihr Volk beschützen. Doch inmitten der Festlichkeiten erscheint Dr. Eggman, bringt mit seiner Roboterarmee Zerstörung über die Stadt und fordert Prinzessin Elise auf, ihn zu begleiten, da sie über die "Flammen des Unheils" und einen Chaos Emerald verfügt. Gerade rechtzeitig erscheint auch Sonic the Hedgehog, zerstört die Roboter und rettet Prinzessin Elise im letzten Moment, indem er mit ihr zusammen entkommt. Mit Tails’ Hilfe kann Dr. Eggman zunächst besiegt werden. Prinzessin Elise erzählt Sonic, dass ihr Volk an einen Sonnengott namens Solaris glaubt und dass sein Zorn die "Flammen des Unheils" genannt werden. Zehn Jahre zuvor brachen diese bereits einmal aus und Elises Vater verlor an diesem Tag sein Leben. Er forderte Elise auf, niemals zu weinen, egal was geschieht und Elise hat Angst davor, dass Dr. Eggman die "Flammen des Unheils" erneut provozieren kann.

200 Jahre in der Zukunft ist die Welt vollkommen von den "Flammen des Unheils" zerstört, es existiert kaum noch Leben und ein unsterbliches Feuermonster namens Iblis stellt sicher, diesen postapokalyptischen Zustand niemals vergehen zu lassen. Silver the Hedgehog und Blaze the Cat, die in dieser zerstörten Welt aufgewachsen sind, verfügen zwar über telekinetische und übernatürliche Fähigkeiten, doch auch wenn sie Iblis besiegen, so kehrt es immer wieder zurück. Eines Tages erscheint ein mysteriöses Wesen namens Mephiles, welches Shadow the Hedgehog sehr ähnlich sieht. Er verspricht Silver und Blaze den endgültigen Sieg über Iblis, wenn sie mit ihm in die Vergangenheit reisen und den "Iblis Trigger" ausschalten: Die Person, die dafür verantwortlich sein soll, dass Iblis erschienen ist, ein blauer Igel namens Sonic. In der Gegenwart angekommen, hält Amy Silver für einen kurzen Moment für Sonic. Nichtsahnend will Amy Silver helfen, Sonic zu finden.

Shadow erfüllt den Auftrag, einen Agenten aus einer Basis von Dr. Eggman zu befreien. Dieser Agent stellt sich als Rouge the Bat heraus, die dort das "Zepter der Finsternis" gestohlen hat. Schon kurz darauf werden Shadow und Rouge von Dr. Eggman eingeholt und es kommt zum Kampf, bei dem das Zepter aus hoher Distanz in die Tiefe fällt und zerbricht. Dr. Eggman sucht augenblicklich das Weite, während Shadow und Rouge auf den freigelassenen Mephiles treffen, der im Zepter eingeschlossen war. Mephiles ist aus unbekannten Gründen sehr wütend auf Shadow und schickt Shadow und Rouge 200 Jahre in die Zukunft, in die zerstörte Welt, in der Iblis herrscht, kurz nach Silvers und Blazes Abreise.

In der Gegenwart treffen Silver und Amy auf Sonic und Elise. Silver attackiert Sonic und es kommt zum Kampf, bei dem Silver aufgrund seiner telekinetischen Kräfte die Oberhand gewinnt, doch Amy wirft sich dazwischen und rettet Sonic, während Dr. Eggman die unübersichtliche Situation ausnutzt, um Elise zu entführen. Später folgt Sonic einer Einladung von Dr. Eggman, wonach er in seiner Basis Elise gegen einen Chaos Emerald tauschen soll. In Begleitung von Tails und Knuckles übergibt Sonic den Chaos Emerald, doch Dr. Eggman schickt die drei mit seiner neusten Erfindung ebenfalls 200 Jahre in die Zukunft, wo Sonic, Tails und Knuckles auf Shadow und Rouge treffen. Um wieder in ihre Zeit zurückgelangen, gilt es Chaos Emeralds zu finden, um Chaos Control einzusetzen. So können die Helden tatsächlich eine Raum-Zeit-Spalte öffnen, doch Shadow geht als einziges nicht hindurch, weil er Mephiles sieht und zur Rede stellen will. Mephiles versucht Shadow einzureden, dass er von den Menschen getötet wird, da sie seine Macht fürchten, doch Shadow glaubt ihm nicht und nimmt den Kampf gegen Mephiles, der dafür seine wahre Gestalt annimmt, auf. Mitten im Kampf erscheint E-123 Omega: Nachdem Rouge bei ihrer Rückkehr in die Gegenwart auffiel, dass Shadow in der fernen Zukunft zurückblieb, suchte sie E-123 Omega auf, sodass dieser sich mit einem Chaos Emerald 200 Jahre deaktiviert und nun Shadow beisteht. Shadow und Omega können Mephiles vertreiben und kehren daraufhin in die Gegenwart zurück.

Silver hadert inzwischen mit dem Gedanken, Sonic zu töten. Doch nachdem Mephiles ihm erneut ins Gewissen redet, fordert er Sonic wieder zum Duell und zwingt ihn in die Knie. Diesmal wird Sonic von Shadow gerettet, der nun gegen Silver kämpft, während Sonic entkommt. Bei Shadows und Silvers Kampf nutzen beide zeitgleich Chaos Control und reisen daraufhin zehn Jahre in die Vergangenheit. Dort werden sie Zeitzeugen des gescheiterten "Solaris Project", mit dem Elises Vater, der Herzog von Soleanna, Solaris kontrollieren wollte, aber stattdessen die "Flammen des Unheils" heraufbeschwörte und damit Mephiles und Iblis erschuf. Elises Vater überreicht Shadow das "Zepter der Finsternis" und Shadow kann Mephiles, der erstmals Shadow trifft und seine Gestalt annimmt, in das Zepter einschließen, damit es später in der Gegenwart zerbricht. Elises Vater sieht sich gezwungen, die "Flammen des Unheils" in die kleine Elise und in ihre Seele zu versiegeln, ehe er verstirbt. Anschließend kehren Shadow und Silver in die Gegenwart zurück.

Shadow beauftragt Rouge, ein neues "Zepter der Finsternis" herzustellen, um Mephiles erneut zu versiegeln. Silver berichtet Blaze, dass Sonic nicht der "Iblis Trigger" ist, sondern Mephiles versucht, seine eigenen Ziele zu erreichen. Dr. Eggmans Egg Carrier stürzt ab, wodurch Dr. Eggman und Prinzessin Elise ums Leben kommen. Sonic macht sich Vorwürfe, Elise nicht rechtzeitig gerettet zu haben und erfährt ausgerechnet von Silver Unterstützung, der bei einer doppelten Chaos Control hilft, um eine Raum-Zeit-Spalte zu öffnen, womit Sonic eine Stunde in die Vergangenheit reist, Silver und Blaze jedoch in ihre postapokalyptische Zukunft zurückkehren. Im Kampf gegen Iblis opfert sich Blaze, um Iblis nun doch tatsächlich dauerhaft in ihrer Zeitlinie zu besiegen. Sonic ist diesmal rechtzeitig auf dem Egg Carrier vor Ort, rettet Prinzessin Elise und auch Dr. Eggman überlebt das Unglück. Derweil folgen Shadow, Rouge und E-123 Omega der Spur von Mephiles und wollen ihn im neuen "Zepter der Finsternis" versiegeln, was jedoch fehlschlägt und Mephiles entkommt.

Gerade als Sonic und Elise den scheinbar gewonnenen Frieden genießen wollen, erscheint Mephiles und durchbohrt Sonics Körper mit einem dunklen Energiestrahl. Sonic stirbt und obwohl ihr Vater ihr einst klarmachte, niemals weinen zu dürfen, beweint Elise lautstark Sonics Tod, woraufhin die in ihr versiegelten "Flammen des Unheils" freigesetzt werden. Mephiles absorbiert die "Flammen des Unheils", wird zu einem dunklen Solaris und lässt alle Welten und Zeitlinien zu einer abstrakten, wirren Masse verschmelzen. In dieser Raum-Zeit-Verzerrung finden Tails, Knuckles, Amy, Shadow, Rouge, Omega, Silver, Dr. Eggman, Elise und Sonics Leiche zusammen und alle erfahren nun von Sonics Ableben, was emotional betrauert wird. Auch wird allen klar, dass dies alles von Mephiles inszeniert wurde, um die Prinzessin zum Weinen zu bringen und damit die "Flammen des Unheils" freizusetzen. Die Protagonisten beschließen, gemeinsam die sieben Chaos Emeralds in der Raum-Zeit-Verzerrung zu finden. Mit dieser Macht und einem Kuss von Prinzessin Elise wird Sonic als Super Sonic wiederbelebt. Zusammen mit Super Shadow und Super Silver kann Super Sonic den bösen Solaris zum ursprünglichen, guten Solaris von vor dem "Solaris Project" zurückverwandeln. Es stellt sich heraus, dass Elises Vater das "Solaris Project" anstrebte, in der Hoffnung, mit Zeitreisen Elises verstorbene Mutter wiederzubeleben, da er seiner Tochter versprach, sie könne ihre Mutter wiedersehen. Nun sind die Welt und alle Zeiten bis auf Sonic, Elise und Solaris ausgelöscht und es ist Elises Entscheidung, ob sie für immer mit Sonic allein zusammenbleibt oder alles Geschehene rückgängig macht, womit sie Sonic aber komplett vergessen und niemals kennenlernen würde. Obwohl Elise herausschreit, dass ihr die Welten egal sind, entschließt sie sich unter Tränen dann doch dazu, alles zurückzusetzen, indem sie Solaris’ Flamme auspustet. In der Welt ohne Solaris nimmt Sonic an Soleannas Feierlichkeiten teil, an denen sich Elise als starke und glückliche Prinzessin zeigt, sie Sonic aber nicht kennenlernt, da das Fest friedlich bleibt und sie nur seinen Windhauch spürt, als er an ihr vorbeirennt.

Gameplay