Diese Liste zeigt eine Übersicht der 100 schnellsten japanischen Läufer über die Marathondistanz. Sie beinhaltet vom Weltverband World Athletics geführte Leistungen und listet auch Zeiten, mit denen sich Läufer mehr als einmal in den Top 100 platziert hätten.

Nationalrekordhalter ist seit Oktober 2018 Suguru Ōsako mit beim Chicago-Marathon erzielten 2:05:50 h. Er löste damit Yūta Shitara ab, der im Februar desselben Jahres in Tokio 2:06:11 h lief. Beide erhielten für ihre Zeiten jeweils eine Prämie von 100 Millionen Yen, die im Vorfeld der Olympischen Spiele 2020 in Tokio von japanischen Unternehmen für das Unterbieten des vorherigen Nationalrekords von Toshinari Takaoka (2:06:16 h) aus dem Jahr 2002 ausgelobt wurde.

Liste Ges.: Gesamtrang (inklusive mehr als einmal aufgeführter Athleten). Ein.: Rang per Einzelathlet. Pos.: Platzierung im Endklassement der Veranstaltung.