mini|hochkant=1.1|Herz-Jesu-Stadtpfarrkirche
Die Religionen in Bad Kissingen unterscheiden sich in ihrer Geschichte von anderen Städten in ihrem Spektrum, mit der typischen Ausprägung eines Weltbades, vergleichbar mit Baden-Baden. Traditionell ist in Bad Kissingen die römisch-katholische Kirche vorherrschend. Die heutige evangelische Kirche wurde erst im 19. Jahrhundert in Folge der steigenden Zahl evangelischer Kurgäste errichtet. Aus demselben Grund wurden in jener Zeit auch eine anglikanische und eine Russisch-Orthodoxe Kirche errichtet. In Bad Kissingen gab es erste jüdische Einwohner im 13. Jahrhundert.
Katholische Kirche Die genauen Anfänge der katholischen Gemeinde von Bad Kissingen liegen im Dunkeln. Für das Jahr 1206 ist die Existenz eines Kissinger Pfarrers namens Symon nachgewiesen. Dieser beanspruchte für sich ein Drittel des Zehnts in Haard, das zum durch den Henneberger Burggraf Godebold II. gegründeten Kloster Veßra gehörte. Als Pfarrer Symon 1207 eine Vorladung der päpstlichen Richter ignorierte, wurde er exkommuniziert. Daraufhin legte er vor den Richtern ein Schuldeingeständnis ab und bat unter anderem durch Leistung einer Bürgschaft erfolgreich um seine Lossprechung.
mini|links|St. Dionysius, einst Kloster Brachau in der Kleinbracher Saaleschleife
In archäologischer Hinsicht befand sich im heutigen Kissinger Stadtteil Kleinbrach das erstmals für das Jahr 823 verbürgte St. Dionysius-Klösterchen, dessen Grundrisse bei archäologischen Ausgrabungen durch das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege zwischen 1989 und 1991 rekonstruiert wurden. Auch in der 1122 erstmals erwähnten und 1394 verlassenen Wüstung Bremersdorf befinden sich Spuren einer Kirche. Im Jahr 1161 entstand im damaligen Dorf und heutigen Bad Kissinger Stadtteil Hausen das von Graf Heinrich von Henneberg gegründete, heute noch erhaltene, aber nicht mehr als Kloster genutzte Prämonstratenserinnenkloster Hausen.
mini|hochkant|Jakobuskirche<br/ >(um 1400/17. Jh.) mini|links|Marienkapelle am Kapellenfriedhof, links kath. Stadtpfarrkirche, um 1900
Die erste konkrete Spur einer Kissinger Pfarrei ist eine Urkunde aus dem Jahr 1286, in der von einer neu errichteten Kirche die Rede ist; jedoch ist unklar, ob sich diese Angabe auf die Jakobuskirche oder die Marienkapelle bezieht. Die ersten sicheren Nachweise für beide Kirchengebäude datieren aus den Jahren 1341 für die Jakobuskirche und 1348 für die Marienkapelle. Ebenfalls von 1348 stammt die erste bekannte Erwähnung des zur Marienkapelle gehörenden Kapellenfriedhofs. In einer Münnerstädter Klosterurkunde vom 30. April 1357 sind mit der Kirche der seligen Jungfrau Maria, der des heiligen Jakobus und der Kirche der seligen Jungfrau Katharina drei Gotteshäuser in Kissingen genannt.Adolar Zumkeller: Urkunden und Regesten zur Geschichte der Augustinerklöster Würzburg und Münnerstadt. In: Quellen und Forschung zur Geschichte des Bistums und Hochstifts Würzburg. Quellen und Forschung zur Geschichte des Bistums und Hochstifts Würzburg, Band XVIII, 1. Teilband, Würzburg 1966, Nr. 117, 1357 April 30
Im Jahr 1394 kam die Pfarrei zum Hochstift WürzburgErwin Riedenauer: Die Landämter des Hochstifts Würzburg, ihr Personal im 17. und 18. Jahrhundert. In: Würzburger Diözesangeschichtsblätter. 37./38. Band, 1975, S. 439ff. und war ab 1429 Teil des Archidiakonats Münnerstadt. Im Rahmen der Umstrukturierungen der Pfarrsprengel unter Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn im Jahr 1588 wurde auch die Pfarrei Kissingen verkleinert und bestand nur noch aus den Gemeinden Arnshausen, Botenlaube, Garitz, Hausen, Kleinbrach, Reiterswiesen und Winkels; Hintergrund war, dass die Pfarrer vor der Verkleinerung der Pfarrei zur Versorgung der Gläubigen allzu große Entfernungen zurückzulegen hatten. Ab 1574 hielt der vom Bischof eingesetzte Geistliche Rat jährliche Versammlungen der Pfarrer ab, auf denen kirchliche Angelegenheiten geregelt wurden.
Aus Rechnungen des 16. und 17. Jahrhunderts ist die Existenz einer dem Papst Urban I. gewidmeten Bruderschaft bekannt.Stadtarchiv Bad Kissingen – Kissingen Rechnungen aller Einnamb und Ausgab, 1603/1604 Der letzte diesbezügliche bekannte Nachweis der Bruderschaft stammt aus dem Jahr 1687.
Bereits 1629 versuchte Stadtpfarrer Melchior Pistorius, in Bad Kissingen erneut eine Skapulierbruderschaft zu gründen. Dazu wies er nach, dass in Bad Kissingen bereits eine solche Vereinigung bestanden hatte und begründete den Bedarf für eine Neugründung, dass die ehemalige Bruderschaft, »alß die Statt Kissingen zum Lutherthumb sich begeben in abgang gerathen und in eller (verödet) liegen blieben«. Doch gelang die Neugründung erst nach dem Dreißigjährigen Krieg im Jahr 1658 unter Stadtpfarrer Johannes Seuffert mit Hilfe des Karmelitenklosters in Neustadt/Saale.Pfarrarchiv Bad Kissingen – Urkunde Nr. 1 – Urkunde des Carmelitengenerals FR Marius VenturinusIgnaz Gropp: Collectio Novissima, Scriptorum, TOM IV – Würzburg. S. 251. Zum Ziel der Wallfahrten der Skapulierbruderschaft wurde die Marienkapelle. Zum Tag für das Skapulierfest wurde der 22. Juli, Gedenktag von Maria Magdalena, festgelegt.Pfarrarchiv Bad Kissingen – Gotteshaus-Rechnung 1760ff. 1854 initiierte Dietz die Gründung einer Vierzehnheiligen-Bruderschaft, die Gründung erfolgte am 1859.
mini|links|Der Terzenbrunn, an der Grenze zu Oerlenbach an B 286 nach Schweinfurt
1861 entstand am Terzenbrunn im heutigen Stadtteil Arnshausen ein Kapellenneubau wegen des zu kleinem Vorgängerbaus. Wegen zunehmender Zahl katholischer Kurgäste wurde Ende des 19. Jahrhunderts die Herz-Jesu-Stadtpfarrkirche errichtet; die Genehmigung zum Bau erteilte Ludwig II. nach mehreren Anträgen erst im Jahr 1881. Der Status der Pfarrkirche ging von der Jakobuskirche auf die Herz-Jesu Stadtpfarrkirche über.
Die begrenzten Kapazitäten des Kapellenfriedhofs machten in den Jahren 1855 und 1890 Erweiterungen nötig. Parallel dazu wurde 1871 die Anlage eines neuen Friedhofes am Sinnberg geplant; der Bau begann 1933, doch erst 1936 konnte der Parkfriedhof eingeweiht werden. Bereits 1906 wurde nahe dem jetzigen Parkfriedhof eine Madonnen-Großskulptur von Valentin Weidner aufgestellt, die vorher Bestandteil der Villa Rosenhügel am Altenberg gewesen war.
Am 30. Juli 1907 entstand nach dem Vorbild von Adolph Kolping der Katholische Gesellenverein Bad Kissingen, der neben Werten wie Tugend und Arbeitsamkeit auch Unterhaltung und Frohsinn zum Inhalt hatte.Pfarrarchiv Bad Kissingen – Katholischer Gesellenverein Bad Kissingen: Die Grundgesetze des Katholischen Gesellenvereins. bestätigt 1925. So entstand im Jahr 1960 die Gruppe „Närrische Gesellschaft“ zur Abhaltung von Karnevalssitzungen. Ein Angebot von beruflichen Weiterbildungskursen und die Wanderfürsorge für reisende Gesellen wurden in die Aktivitäten des „Gesellenvereins“ aufgenommen. In den 1930er Jahren fanden mehrere Wechsel des Vereinslokals statt; erst 1945 fand der Verein im Pfarrheim eine feste Unterkunft. Die Vereinsarbeit musste wegen Beeinträchtigungen durch die NSDAP eingestellt werden,Hans Karl Schäfer: 75jähriges Gründungsfest der Kolpingfamilie Bad Kissingen. 1907–1982" konnte aber nach dem Zweiten Weltkrieg erneut aufleben.
Im Jahr 1911 entstand unter Pfarrer Friedrich Roth in Bad Kissingen ein „Lehrlingsverein“, der die Freizeitgestaltung jugendlicher Schulabgänger zum Ziel hatte. 1922 spaltete sich der Lehrlingsverein in eine Faust- und eine Fußballabteilung. Im Jahr 1925 kam es im Verein zu einer Krise, woraufhin dieser sich auflöste, 1930 aber neu gegründet wurde. Ein Jahr später kam es zu einer Umstrukturierung, als der Verein begann, sich nicht nur um die Freizeitgestaltung der Jugendlichen, sondern auch um deren Hinführung zu Glauben und Kirche zu kümmern, was in der Zeit des Nationalsozialismus von Bedeutung werden sollte. Nach 1945 wurde unter Dekan Josef Stürmer ein Jugendheim errichtet.Pfarrarchiv Bad Kissingen – Anm. 90, Sitzung vom 19. September 1945.
Unter dem Eindruck der Arbeiterfrage entstand im Jahr 1918 der Katholische Arbeitnehmerverein Bad Kissingen. Im Dritten Reich fiel der Verein unter den Schutz des Reichskonkordats von 1933, solange er sich religiösen, kulturellen und karitativen Zwecken widmete und sich weder politisch noch gewerkschaftlich betätigte.Pfarrarchiv Bad Kissingen – Anm. 111, Abschrift eines Schreibens des Vereinspräses Leopold Schwarz, 1937. Im Jahr 1957 wurde der Verein in „Katholische Arbeitnehmer-Bewegung“ umbenannt und begann, die Erinnerung an die päpstlichen Sozialenzykliken wachzuhalten.
Unter Stadtpfarrer Albert Susann wurde am 8. Dezember 1926 der „Katholische Frauenbund“ Bad Kissingen gegründet, der sich an den Idealen der Hl. Elisabeth von Thüringen orientierte und sich u. a. der Unterstützung der Armen verpflichtete. So ließ der Frauenbund in der Krisenzeit der 1930er Jahre Arbeitslosen umfangreiche Hilfe in Form von Gutscheinen zukommen. In der Zeit des Dritten Reiches wurde die Tätigkeit des Frauenbundes zunächst geduldet, solange diese sich auf die Unterstützung älterer und kranker Menschen beschränkte und politische Themen außen vor blieben. Ab 1938 wurde der Bund immer strenger überwacht; die Mitgliederzeit sank stetig. Ein Neustart der Aktivitäten des Frauenbundes erfolgte erst im Jahr 1947.
Unter Stadtpfarrer Albert Susann entstand im heutigen Bad Kissinger Stadtteil Winkels die St.-Bonifatius-Kirche.
Name Tätigkeit Symon, presbyter de Kyzeche 1205; 1207/1208 Conrad, plebanus in Kizege 1286 März 2; 1300; 1313 Johannes 1341 Andreas de Helderic (von Heldrit) 1384–1400 Heinrich Tanne de (v. d. Tann) 1400 XI. 8 Johann Ubel(e) 1402 XII. 5 Johann Goswin 1403–1405 Heinrich Übelin (rect. par. eccl.) 1405 III. 5 Johann Dellich, viceplebanus 1421 V. 27 Johann Werner 1488 XI. 19 Kilian Passauer (rect. par. eccl.) 1490 II. 19 Johannes Wüst, wegen seiner Unterstützung der Bauern im Bauernaufstand hingerichtet 1524 I. 29 Jakob Niclaus(en) 1530 II. 26 – 1542 (†) Johann Mor 1542 IX. 25 Johann Müller (Möller) 1553–1554 Dekan Andres Siegman(n) 1555 VI. 2 – 1580 Johannes Philesius 1584–1586 Johannes Weinrichius 1587 Johannes Büchs 1587–1594 Pfarrverweser Wolfgang Scharf(f) 1594–1599 Georg Hofman(n) 1600–1624 Sacellanus Sebastian Ortloff 1619 Melchior Pistor 1615–1622 (Kaplan)1625–1635 (Pfarrer) Michael Forndran 1635 (drei Monate lang Pfarrer) Melchior Pistor 1635–1639 Michael Forndran 1639–1647 Joan Hohman(n) 1647–1657 Joannes Seuffert 1657–1669 Conrad Behr (Dekan) 1669–1685 Joannes Georgius Schunck 1686–1700 Johann Laurentius Helbig (Dekan) 1700–1718 Georg Wielez 1718–1724 Adam Seydel 1724–1726 Johann Georg Plaz (Platz) 1726–1729 Dekan Johann Molitor 1729–1775 Dekan Caspar Wehner 1775–1789 Joann Adam Huberth 1789–1809 Andreas Greis (Greys) 1810–1819 Josef Morsch 1819–1826 Pfarrverweser Johann Kaspar Schmitt 1826–1828 Dekan Peter Bauer 1828–1835 Georg Joseph Jüngling 1835–1854 Dekan Anton Joseph Gutbrod 1854–1870 Dekan Andreas Dietz 1871–1886 Joseph Krug 1886–1895 Friedrich Roth 1895–1926 Albert Susann 1926–1945 Dekan Josef Stürmer 1945–1961 Dekan Wilhelm Zirkelbach 1961–1981 Dekan Oskar Pflüger 1982–2005 Dekan Thomas Keßler seit 2005
Evangelische Kirche mini|hochkant|Evang. Erlöserkirche
Lange Zeit gab es in Kissingen nur wenige Bürger evangelischen Glaubens. Für das Jahr 1578 ist ein „Protestantischer Diakonus“ namens Nicolaus Nicander verbürgt. Die im Jahr 1803 einsetzende Säkularisation ermöglichte ein auch durch den Kurbetrieb gefördertes Anwachsen der evangelischen Gemeinde im Ort.