Den Namen Markgrafenkrieg tragen mehrere Kriege im Heiligen Römischen Reich:
Norddeutscher Markgrafenkrieg (1308–1317), kriegerische Auseinandersetzungen zwischen Brandenburg, den Hansestädten Rostock, Wismar und Stralsund auf der einen, sowie Pommern, Mecklenburg und Dänemark auf der anderen Seite Erster Markgrafenkrieg (1449–1450) zwischen der Reichsstadt Nürnberg und dem Ansbacher Markgrafen Albrecht Achilles Zweiter Markgrafenkrieg (1552–1555) zwischen Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach und den Hochstiften Bamberg und Würzburg und der Reichsstadt Nürnberg und später Moritz von Sachsen